@phdthesis{Fischer2018,
  author    = {Susanne Fischer},
  title     = {Objektive Eingruppierung sequenzierter Tollwutisolate mithilfe des Affinity Propagation Clusterings.},
  journal    = {Objective Clustering of sequenced Rabies samples by means of Affinity Propagation Clustering.},
  url       = {https://nbn-resolving.org/urn:nbn:de:gbv:9-opus-23846},
  pages     = {148},
  year      = {2018},
  abstract  = {Das International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) reguliert die Nomenklatur von Viren sowie die Entstehung neuer Taxa (dazu geh{\"o}ren: Ordnung, Familie, Unterfamilie, Gattung und Art/Spezies). Dank dieser Anstrengungen ist die Einteilung f{\"u}r verschiedenste Viren in diese Kategorien klar und transparent nachvollziehbar. In den vergangenen Jahrzehnten sind insgesamt mehr als 21.000 Datens{\"a}tze der Spezies „rabies lyssavirus“ (RABV) sequenziert worden. Eine weiterf{\"u}hrende Unterteilung der sequenzierten Virusisolate dieser Spezies ist bislang jedoch nicht einheitlich vorgeschlagen. Die gro{\"s}e Anzahl an sequenzierten Isolaten f{\"u}hrte auf Basis von phylogenetischen B{\"a}umen zu uneindeutigen Ergebnissen bei der Einteilung in Cluster. Inhalt meiner Dissertation ist daher ein Vorschlag, diese Problematik mit der Anwendung einer partitionierenden Clusteringmethode zu l{\"o}sen. Dazu habe ich erstmals die Methodik des affinity propagation clustering (AP) f{\"u}r solche Fragestellungen eingesetzt. Als Datensatz wurden alle verf{\"u}gbaren sequenzierten Vollgenomisolate der Spezies RABV analysiert. Die Analysen des Datensatzes ergaben vier Hauptcluster, die sich geographisch separieren lie{\"s}en und entsprechend als „Arctic“, „Cosmopolitain“, „Asian“ und „New World“ bezeichnet wurden. Weiterf{\"u}hrende Analysen erlaubten auch eine weitere Aufteilung dieser Hauptcluster in 12-13 Untercluster. Zus{\"a}tzlich konnte ich einen Workflow generieren, der die M{\"o}glichkeit bietet, die mittels AP definierten Cluster mit den Ergebnissen der phylogenetischen Auswertungen zu kombinieren. Somit lassen sich sowohl Verwandtschaftsverh{\"a}ltnisse erkennen als auch eine objektive Clustereinteilung vornehmen. Dies k{\"o}nnte auch ein m{\"o}glicher Analyseweg f{\"u}r weitere Virusspezies oder andere vergleichende Sequenzanalysen sein.},
  language  = {de}
}