@phdthesis{Dittmann2011, author = {Kathleen Dittmann}, title = {Identifizierung von an chromosomalen Translokationen beteiligten Genen}, journal = {Identification of genes located at chromosomal breakpoints}, url = {https://nbn-resolving.org/urn:nbn:de:gbv:9-001063-8}, year = {2011}, abstract = {Maligne Erkrankungen zeigen oft charakteristische genetische Ver{\"a}nderungen. Das Auffinden derartiger Ver{\"a}nderungen wurde in den letzten Jahren durch verfeinerte molekulare Techniken erleichtert. Viele genetische Ereignisse in den maligne transformierten Zellen sind jedoch noch ungekl{\"a}rt. Die pr{\"a}zise Bestimmung der Bruchpunktregionen chromosomaler Ver{\"a}nderungen bei T-Zell akuten lymphatischen Leuk{\"a}mien ist Inhalt dieser Arbeit. Hierzu wurde die „Fine Tiling-Comparative Genomhybridisierung“ (FT-CGH) mit der „Ligation mediated-PCR“ (LM-PCR) kombiniert. Diese Methoden wurden zun{\"a}chst an Zelllinien etabliert und anschlie{\"s}end in verschiedenen Leuk{\"a}mieproben eingesetzt. Chromosomale Aberrationen gehen h{\"a}ufig mit Verlust oder Gewinn von genetischem Material einher. Diese unbalancierten Anomalien lassen sich durch die Comparative Genomhybridisierung (CGH) ermitteln. Dieses Verfahren erm{\"o}glicht Differenzen der DNA-Menge einer zu untersuchenden Probe bezogen auf eine interne Kontrollprobe zu detektieren. Bei der Fine Tiling-CGH werden gezielt chromosomale Abschnitte hochaufl{\"o}send auf eventuelle Abweichungen des DNA-Gehaltes analysiert. Anschlie{\"s}end werden die detektierten Bruchpunktregionen der DNA Schwankungen mittels der LM-PCR untersucht. Ein Abgleich mit einer internen Kontrollzelllinie HEK 293-T l{\"a}sst atypische PCR-Fragmente bei der untersuchten Probe aufsp{\"u}ren. Der anschlie{\"s}ende Sequenzabgleich unter der Verwendung des BLASTn Suchprogramms (National Center for Biotechnology Information) f{\"u}hrte in den untersuchten Zelllinien, wie auch in den T-Zell akuten lymphatischen Leuk{\"a}mieproben zur Identifizierung verschiedener genomischer Ver{\"a}nderungen. Neben einfachen Deletionen wurden auch bisher ungekl{\"a}rte komplexere chromosomale Translokationen nachgewiesen. So konnte unter anderem bei einer lymphoblastischen T-Zell-Leuk{\"a}mie die Translokation t(12;14)(q23;q11.2) auf genomischer Ebene gekl{\"a}rt werden. Hierbei fand im Abschnitt 14q11 innerhalb des TRA/D Locus eine Deletion von 89 Kilobasen statt. Die Bruchenden wurden mit der Sequenz des open reading frames C12orf42, welches im 12q23 Chromosomenabschnitt lokalisiert ist, zusammengelagert. Bei dieser chromosomalen Aberration wurde die C12orf42 Sequenz zerst{\"o}rt und 1,3 Kilobasen deletiert. Des Weiteren konnte bei einer akuten lymphoblastischen T-Zell-Leuk{\"a}mie die Inversion inv(14)(q11q32) mit involvierten TRA/D und IGH Locus auf Sequenzebene gekl{\"a}rt werden. Der Bruch des 14q11 Bereiches fand zwischen dem Genabschnitt der konstanten Region (TRAC) des TRA/D Locus und dem DAD1 (defender against cell death 1) Gens statt, wobei im beteiligten genetischen Abschnitt keine Rekombinasesignalsequenz (RSS) zu finden ist. Dieses belegt, dass fehlerhafte Umlagerungen innerhalb des Genoms nicht ausschlie{\"s}lich auf die Rekombinase zur{\"u}ckzuf{\"u}hren sind. Die vorliegende Arbeit zeigt, dass die Kombination aus FT-CGH und LM-PCR eine pr{\"a}zise Bruchpunktanalyse unbekannter chromosomaler Aberrationen, welche mit Imbalancen einhergehen, erm{\"o}glicht. Diese genaue Analyse dient der Identifizierung von Genen, welche direkt und indirekt durch diese genomischen Umlagerungen betroffen sind. Das Wissen {\"u}ber diese Ver{\"a}nderungen kann f{\"u}r das Verst{\"a}ndnis der Pathogenese, f{\"u}r diagnostische Zwecke und zum Nachweis der minimalen Resterkrankung eingesetzt werden. Eine Kl{\"a}rung beteiligter Gene und Signalwege wird es erlauben, zielgerichtete und individualisierte Therapiestrategien zu entwickeln.}, language = {de} }