@phdthesis{TRINH2012, author = {Thanh Trung TRINH}, title = {Burkholderia pseudomallei in Northern Vietnam: environmental detection and molecular characterization of strains}, journal = {Burkholderia pseudomallei in Nord-Vietnam: Detektion in der Umwelt und molekulare Charakterisierung der St{\"a}mme}, url = {https://nbn-resolving.org/urn:nbn:de:gbv:9-001308-7}, year = {2012}, abstract = {Melioidose ist eine Infektionskrankheit, verursacht vom Gram-negativen Bodenbakterium Burkholderia pseudomallei, deren weltweite Verteilung und Pr{\"a}valenz unklar ist. Gelegentliche F{\"a}lle von Melioidose wurden {\"u}ber Dekaden in Vietnam beschrieben, allerdings sind klinische und epidemiologische Daten zur einheimischen Bev{\"o}lkerung selten. In dieser Arbeit wurden klinische und demographische Daten von Patienten mit kulturell best{\"a}tigter Melioidose betrachtet. Alle Patienten wurden zwischen November 1997 and Dezember 2005 im Bachmai Hospital in Hanoi behandelt und deren Daten akquiriert. Die h{\"a}ufigste klinische Manifestation war die schwere Sepsis. Eine signifikant (p < 0,05) erh{\"o}hte Fallzahl konnte, wie in anderen Studien belegt, w{\"a}hrend der Regenzeit beobachtet werden. Die geographische Verteilung zeigte das Vorkommen von Melioidose in mindestens 18 n{\"o}rdlichen vietnamesischen Provinzen. Durch die Charakterisierung mittels „multilocus sequence typing“ (MLST) konnten die klinischen B. pseudomallei Isolate 17 verschieden Sequenztypen (ST) zugeordnet werden. Zehn dieser Sequenztypen wurden bis jetzt nicht au{\"s}erhalb von Vietnam beschrieben. Etliche Sequenztypen entwickelten sich durch naheliegende evolution{\"a}re Ereignisse, was die begrenzte geographische Ausbreitung kurz nach Auftreten von Melioidose erkl{\"a}rt. Um die Verteilung von B. pseudomallei in der Umwelt besser erfassen zu k{\"o}nnen, wurde eine sensitivere Kultur-Methodik f{\"u}r Nachweis und Quantifizierung aus Boden erarbeitet. Durch den Einsatz von Polyethylenglycol und Natrium-Deoxycholat anstatt Wasser wurde die Abl{\"o}sung der Bakterien von Bodenpartikeln verbessert und eine erh{\"o}hte Anzahl vitaler B. pseudomallei nachgewiesen. Verglichen mit der konventionellen Methodik konnten in Bodenproben aus Nordost Thailand signifikant (p < 0,0001) h{\"o}here Koloniezahlen von B. pseudomallei {\"u}ber weite Konzentrationsbereiche nachgewiesen werden. Zudem war eine Verschiebung der isolierten bakteriellen Spezies zu beobachten. Einschr{\"a}nkungen traditioneller mikrobiologischer Verfahren k{\"o}nnen durch molekulare Methoden, die auf direkter Nukleins{\"a}ureextraktion mit anschlie{\"s}ender Amplifikation derselben beruhen, umgangen werden. Zudem ben{\"o}tigen Kultur-abh{\"a}ngige Techniken spezielle Expertise um die unterschiedlichen Morphotypen von B. pseudomallei erkennen zu k{\"o}nnen. Daher werden sensitive, Kultur-unabh{\"a}nge Methoden zum direkten Nachweis und zur Quantifizierung von ben{\"o}tigt. Ein solches Protokoll zur Isolierung von B. pseudomallei DNA aus Bodenproben und Quantifikation wurde erarbeitet. Die Bestimmung der B. pseudomallei Anzahl erfolgte per quantitativer real-time PCR (qPCR) anhand eines spezifischen Einzel-Kopie Genes des Typ 3 Sekretionssystems 1. Die Validierung und der Vergleich zu Kultur-abh{\"a}ngigen Verfahren erfolgte an 40 Umweltproben aus dem Nordosten Thailands. Alle 26 Kultur-positiven Proben zeigten sich auch qPCR-positiv. Mit einem Median von 1,84 x 104 Genom-Equivalenten (GE; Bereich 3,65 x 1 02 bis 7,85 x 105) pro Gram Boden wurden im Vergleich zur Kultur 10,6-fach (Geometrischer Mittelwert; 1,1 bis 151,3) h{\"o}here B. pseudomallei Zahlen nachgewiesen. Zus{\"a}tzlich wurde B. pseudomallei in sieben Kultur-negativen Proben per qPCR nachgewiesen und quantifiziert (Median 36,9 GE / g Boden; 9,4 bis 47,3). Die Best{\"a}tigung dieser Ergebnisse erfolgte {\"u}ber den erfolgreichen Nachweis einer zweiten B. pseudomallei spezifischen, unabh{\"a}ngigen Sequenz durch eine nested PCR. Zwei Proben zeigten sich nur mit dieser nested PCR positiv. F{\"u}nf Proben waren mit allen angewendeten Proben B. pseudomallei negativ. Zusammenfassend wurden in dieser Arbeit erstmals klinische und epidemiologische Charakteristika von Melioidose und korrespondierenden B. pseudomallei-Isolaten bei einer Reihe von Erkrankten in Nord-Vietnam beschrieben. Zudem wurde eine neue, verbesserte Kultur-abh{\"a}ngige als auch Kultur-unabh{\"a}ngige Methodik zu Nachweis und Quantifizierung von B. pseudomallei erarbeitet. Diese bieten nun spezifische und sensitive M{\"o}glichkeiten zur quantitativen Betrachtung von B. pseudomallei in der Umwelt.}, language = {en} }