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Boronic acid assisted assembly and activity control of split nucleic acid enzymes

  • The hairpin ribozyme is a small Mg2+-dependent catalytic RNA molecule able to catalyze the trans-cleavage of an RNA substrate via a reversible trans-esterification mechanism. In this study, the cleavage activities of several fragmented hairpin ribozyme systems were examined. Due to the complex catalytic structure of the hairpin ribozyme, a new boronic acid ester was used as a covalent linkage to hold the folding of the functional system. It has been demonstrated the possibility of replacing the phosphodiester linkage, at specific positions, with a boronic acid ester to restore or improve the catalytic activity of fragmented hairpin ribozyme.
  • Das Hairpin-Ribozym ist ein kleines Mg2+-abhängiges katalytisches RNA-Molekül, das in der Lage ist, die Spaltung eines RNA-Substrats über einen reversiblen Transesterfikationsmechanismus zu katalysieren. In dieser Studie wurden die Spaltungsaktivitäten mehrerer fragmentierter Hairpin-Ribozymsysteme untersucht. Aufgrund der komplexen katalytischen Struktur des Hairpin-Ribozyms wurde ein neuer Boronsäureester als kovalente Bindung verwendet, um die Faltung des funktionellen Systems aufrechtzuerhalten. Es wurde die Möglichkeit demonstriert, die Phosphodiesterbindung an spezifischen Positionen durch einen Boronsäureester zu ersetzen, um die katalytische Aktivität von fragmentiertem Hairpin-Ribozym wiederherzustellen oder zu verbessern.

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Metadaten
Author: Amandine Lelievre
URN:urn:nbn:de:gbv:9-opus-64109
Title Additional (German):Boronsäure unterstützte Assemblierung und Aktivitätskontrolle von gespaltenen Nukleinsäureenzymen
Referee:Prof. Dr. Sabine Müller, Prof. Dr. Benoît Masquida
Document Type:Doctoral Thesis
Language:English
Year of Completion:2022
Granting Institution:Universität Greifswald, Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät
Date of final exam:2022/03/10
Release Date:2022/08/11
GND Keyword:split hairpin ribozyme, boronic acid, catalytic activity, boronate linkage, oligonucleotides
Page Number:151
Faculties:Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät / Institut für Chemie und Biochemie
DDC class:500 Naturwissenschaften und Mathematik / 540 Chemie