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Ziel dieses Projektes war die Entwicklung eines neuen Ansatzes zur Senkung der Harnsäurekonzentration im Blutserum von Patienten mit Hyperurikämie und der damit verbundenen Verringerung der Anzahl von schmerzhaften Gichtanfällen. Dafür sollten Purine in Lebensmitteln mit einem Gemisch aus purinabbauenden Enzymen zu dem gut löslichen Allantoin abgebaut werden. Durch diesen neuen Ansatz ist eine abwechslungsreiche Ernährung von Hyperurikämiepatienten ohne oder mit reduzierter zusätzlicher medikamentöser Behandlung zur Senkung der Harnsäurebildung, Erhöhung der Harnsäureausscheidung bzw. enzymatischen Reduktion von Harnsäure möglich. Die Analyse des Wachstumsverhaltens von Arxula adeninivorans LS3 zeigte die Vermehrung des Zellmaterials in einer Kultivierung mit Adenin als Kohlenstoff- und Stickstoffquelle bzw. mit Hypoxanthin und Harnsäure als alleiniger Stickstoffquelle. Die Fähigkeit des Wachstums mit Adenin, Hypoxanthin oder Harnsäure als alleiniger Stickstoffquelle bestätigte das Vorhandensein des Purinabbauweges in der nicht-konventionellen Hefe A. adeninivorans LS3. Das Guanin-Deaminase-Gen (AGDA) aus A. adeninivorans LS3 kodierte für ein Protein aus 475 Aminosäuren, das in der Zelle als Dimer vorlag (55 kDa je Untereinheit). Das Guanin-Deaminase-Protein (Agdap) zeigte eine Homologie auf Aminosäureebene zwischen 44 und 55 % zu anderen pilzlichen Guanin-Deaminasen. Beim Wachstum auf Medien mit Adenin, Hypoxanthin oder Guanin als alleiniger Stickstoffquelle erfolgten eine Induktion der Genexpression des AGDA-Gens sowie eine intrazelluläre Akkumulation des Guanin-Deaminase-Proteins in der Vakuole wie auch dem Zytoplasma der Hefezelle. Einen weiteren Schwerpunkt dieser Arbeit bildete die biochemische Charakterisierung der Uratoxidase. Das Uratoxidase-Gen (AUOX) aus A. adeninivorans LS3 lag auf Chromosom 4 und kodierte für das Uratoxidase-Protein (Auoxp) mit 306 Aminosäuren. Bei dem Auoxp handelte es sich um ein 35 kDa großes Protein, das als Dimer in der Zelle vorlag. Ein Vergleich mit anderen pilzlichen Uratoxidasen ergab eine Homologie von 61 bis 65 % auf der Ebene der Aminosäuresequenz. Das Enzym zeigte konservierte Sequenzmotive, die in den Uratoxidasen einer Vielzahl von Organismen beschrieben wurden. Die AUOX-mRNA-Konzentration stieg bei Wachstum auf Medien mit Harnsäure, Adenin und Hypoxanthin als alleiniger Stickstoffquelle. Die Akkumulation von Auoxp zeigte einen Maximalwert nach achtstündiger Kultivierung im Medium mit Harnsäure und zeitlich verschoben mit den Stickstoffquellen Adenin bzw. Hypoxanthin (nach 12 Stunden). Der biotechnologische Einsatz der purinabbauenden Enzyme der Hefe A. adeninivorans erforderte eine Überexpression der Uratoxidase- bzw. der Guanin-Deaminase-Gene in transgenen A. adeninivorans-Stämmen aufgrund zu niedriger, natürlicher Expressionshöhe im Wildtypstamm LS3. Als Transformations-/Expressionssystem fand das etablierte Xplor®2-Vektorsystem Verwendung. Diese Plattform bietet den Vorteil, dass keine Resistenzgene in die Hefe übertragen werden. Die Hefen wurden mit unterschiedlichen Expressionsmodulen transformiert, um die optimalen Expressionsbedingungen für die Guanin-Deaminase bzw. die Uratoxidase zu ermitteln. Vergleichende Untersuchungen bezüglich der Integrationshäufigkeit, dem Wirtsorganismus (homolog/heterolog) und der optimalen Expression (konstitutiv/induziert) zeigten, dass A. adeninivorans ein geeigneter Organismus für die Expression des Guanin-Deaminase- bzw. Uratoxidase-Gens darstellte. Für weiterführende Analysen erfolgte die nähere Untersuchung der Hefetransformanden mit der höchsten Guanin-Deaminase-Aktivität bzw. der über einen längeren Zeitraum konstant hohen Uratoxidase-Aktivität. Das über den C-terminalen His-Tag gereinigte rekombinante Protein zeigte eine hohe Übereinstimmung der biochemischen Eigenschaften (Substratspektrum, intrazelluläre Lokalisation, usw.) im Vergleich zum endogenen Protein der Hefe A. adeninivorans LS3 (nach induzierter Genexpression). Die rekombinanten Enzyme des Purinabbauweges (Uratoxidase, Guanin-Deaminase, Adenin-Deaminase und Xanthin-Oxidoreduktase) bewirkten nach deren Zugabe zu einem reinen Puringemisch aus Adenin, Guanin, Xanthin, Hypoxanthin und Harnsäure eine Reduktion der Konzentration sämtlicher Purine. Das Gemisch aus purinabbauenden Enzymen der Hefe A. adeninivorans belegte bei ersten Anwendungen in einem Lebensmittel (Rinderbrühe) die abbauende Wirkung auf sämtliche, im Lebensmittel befindlichen, Purine. Es gelang in dieser Arbeit, den Puringehalt eines Lebensmittels mit in transgenen A. adeninivorans-Stämmen hergestellten Proteinen enzymatisch abzubauen.
Purines of exogenous and endogenous sources are degraded to uric acid in human beings. Concentrations >6.8 mg uric acid/dl serum cause hyperuricemia and its symptoms. Pharmaceuticals and the reduction of the intake of purine-rich food are used to control uric acid levels. A novel approach to the latter proposition is the enzymatic reduction of the purine content of food by purine-degrading enzymes. Here we describe the production of recombinant guanine deaminase by the yeast Arxula adeninivorans LS3 and its application in food. In media supplemented with nitrogen sources hypoxanthine or adenine, guanine deaminase (AGDA) gene expression is induced and intracellular accumulation of guanine deaminase (Agdap) protein occurs. The characteristics of the guanine deaminase isolated from wild-type strain LS3 and a transgenic strain expressing the AGDA gene under control of the strong constitutive TEF1 promoter were determined and compared. Both enzymes were dimeric and had temperature optima of 55°C with high substrate specificity for guanine and localisation in both the cytoplasm and vacuole of yeast. The enzyme was demonstrated to reduce levels of guanine in food. A mixture of guanine deaminase and other purine degradation enzymes will allow the reduction of purines in purine-rich foods.
Hyperuricemia and its symptoms are becoming increasingly common worldwide. Elevated serum uric acid levels are caused by increased uric acid synthesis from food constituents and reduced renal excretion. Treatment in most cases involves reducing alcohol intake and consumption of meat and fish or treatment with pharmaceuticals. Another approach could be to reduce uric acid level in food, either during production or consumption. This work reports the production of recombinant urate oxidase by Arxula adeninivorans and its application to reduce uric acid in a food product. The A. adeninivorans urate oxidase amino acid sequence was found to be similar to urate oxidases from other fungi (61-65% identity). In media supplemented with adenine, hypoxanthine or uric acid, induction of the urate oxidase (AUOX) gene and intracellular accumulation of urate oxidase (Auoxp) was observed. The enzyme characteristics were analyzed from isolates of the wild-type strain A. adeninivorans LS3, as well as from those of transgenic strains expressing the AUOX gene under control of the strong constitutive TEF1 promoter or the inducible AYNI1 promoter. The enzyme showed high substrate specificity for uric acid, a broad temperature and pH range, high thermostability and the ability to reduce uric acid content in food.
A Metabolic Labeling Strategy for Relative Protein Quantification in Clostridioides difficile
(2018)
Bacterial kidney disease (BKD) is a chronic bacterial disease affecting both wild and farmed salmonids. The causative agent for BKD is the Gram-positive fish pathogen Renibacterium salmoninarum. As treatment and prevention of BKD have proven to be difficult, it is important to know and identify the key bacterial proteins that interact with the host. We used subcellular fractionation to report semi-quantitative data for the cytosolic, membrane, extracellular, and membrane vesicle (MV) proteome of R. salmoninarum. These data can aid as a backbone for more targeted experiments regarding the development of new drugs for the treatment of BKD. Further analysis was focused on the MV proteome, where both major immunosuppressive proteins P57/Msa and P22 and proteins involved in bacterial adhesion were found in high abundance. Interestingly, the P22 protein was relatively enriched only in the extracellular and MV fraction, implicating that MVs may play a role in host–pathogen interaction. Compared to the other subcellular fractions, the MVs were also relatively enriched in lipoproteins and all four cell wall hydrolases belonging to the New Lipoprotein C/Protein of 60 kDa (NlpC/P60) family were detected, suggesting an involvement in the formation of the MVs.
We analyzed the proteomic response of the Gram-negative fish pathogen A. salmonicida to iron limitation, an elevated incubation temperature, and the antibiotic florfenicol. Proteins from different subcellular fractions (cytosol, inner membrane, outer membrane, extracellular and outer membrane vesicles) were enriched and analyzed. We identified several iron-regulated proteins that were not reported in the literature for A. salmonicida before. We could also show that hemolysin, an oxidative-stress-resistance chaperone, a putative hemin receptor, an M36 peptidase, and an uncharacterized protein were significantly higher in abundance not only under iron limitation but also with an elevated incubation temperature. This may indicate that these proteins involved in the infection process of A. salmonicida are induced by both factors. The analysis of the outer membrane vesicles (OMVs) with and without applied stresses revealed significant differences in the proteomes. OMVs were smaller and contained more cytoplasmic proteins after antibiotic treatment. After cultivation with low iron availability, several iron-regulated proteins were found in the OMVs, indicating that A. salmonicida OMVs potentially have a function in iron acquisition, as reported for other bacteria. The presence of iron-regulated transporters further indicates that OMVs obtained from ‘stressed’ bacteria might be suitable vaccine candidates that induce a protective anti-virulence immune response.