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Neue Konzepte fĂŒr das Protein-Engineering am Beispiel von Enzymen mit alpha/beta-Hydrolasefaltung
(2010)
Trotz einer sehr groĂen funktionellen DiversitĂ€t, zeichnen sich die Enzyme innerhalb der α/ÎČ-Hydrolasefaltung-Superfamilie durch eine sehr hohe strukturelle Homologie aus, weshalb man annimmt, dass sich deren Vertreter ĂŒber divergente Evolution aus einem gemeinsamen Vorfahren entwickelt haben. Unter Zuhilfenahme von Methoden des Protein-Engineerings sollte im ersten Teil der Arbeit untersucht werden, ob es möglich ist, Enzyme innerhalb dieser Superfamilie ineinander umzuwandeln. Als Modelenzyme dienten eine Esterase aus Pseudomonas fluorescens (PFE) und eine Epoxidhydrolase aus Agrobacterium radiobacter (EchA). Nach der Etablierung geeigneter Analysemethoden fĂŒr EsteraseaktivitĂ€t und EpoxidhydrolaseaktivitĂ€t wurden mittels verschiedener Sequenz- und Strukturalignments AminosĂ€uren identifiziert, die essentiell fĂŒr den jeweiligen Reaktionsmechanismus sind. Diese wurden nachfolgend mittels positionsgerichteter Mutagenese in die jeweiligen Enzyme eingefĂŒgt und die entsprechenden Mutanten auf die jeweilige AktivitĂ€t hin untersucht. Leider zeigte weder die PFE EpoxidhydrolaseaktivitĂ€t, noch die EchA EsteraseaktivitĂ€t. AnschlieĂend wurden ĂŒber weitere Strukturvergleiche ganze Bereiche in Epoxidhydrolasen identifiziert, die möglicherweise von Wichtigkeit fĂŒr die FunktionalitĂ€t des Enzyms sind. Es wurden also ganze Bereiche der PFE durch solche der EchA ersetzt und auf diese Weise drei ChimĂ€r-Enzyme hergestellt. Diese ChimĂ€ren wurden mittels Coexpression von Chaperonen hergestellt und anschlieĂend aufgereinigt. Eines dieser ChimĂ€renzyme zeigte eindeutig EpoxidhydrolaseaktivitĂ€t. Es wird angenommen, dass der Eingangsbereich ins aktive Zentrum der PFE im Wildtyp-Enzym versperrt war und dieser durch den Austausch eines Loops geöffnet wurde. Weiterhin wurde ein Ansatz entwickelt, EsteraseaktivitĂ€t in der EchA zu generieren. Dieser basiert auf einem strukturbasierten Sequenzalignment, das es erlaubt AminosĂ€uren zu identifizieren, die sich in Epoxidhydrolasen und Esterasen unterscheiden. Leider fĂŒhrte dieser Ansatz bisher noch nicht zum Erfolg, weshalb weitere Untersuchungen nötig sind. Im zweiten Teil der Arbeit ging es darum, Mutantenbibliotheken fĂŒr die fokussierte, gerichtete Evolution möglichst klein, aber qualitativ hochwertig herzustellen. Zu diesem Zweck wurde ebenfalls ein strukturbasiertes multiples Sequenzalignment herangezogen, das es erlaubt die AminosĂ€ureverteilung an verschiedenen Positionen des Enzyms in einer riesigen Anzahl strukturell verwandter Enzyme zu bestimmen. Auf diese Weise kann ermittelt werden, welche AminosĂ€uren an definierten Positionen sehr hĂ€ufig sind und welche eher selten. Von solchen Resten, die sehr selten sind, wird angenommen, dass sie negative Auswirkungen auf die strukturelle IntegritĂ€t des Proteins haben und deshalb von der Natur nicht berĂŒcksichtigt wurden. Diese Annahme wurde zur Herstellung von Proteinbibliotheken ausgenutzt. In einer fokussierten, gerichteten Evolution wurden einmal 3 und einmal 4 AminosĂ€uren der PFE simultan und zufĂ€llig durch AminosĂ€uren ersetzt, die sehr hĂ€ufig in 2800 verwandten Sequenzen an diesen Positionen vorkommen. Die auf diese Weise generierten Bibliotheken wurden einmal auf eine verbesserte ThermostabilitĂ€t (fĂŒr die 3 Positionen) und einmal auf eine verbesserte EnantioselektivitĂ€t untersucht (4 Positionen). Hierbei wurde zusĂ€tzlich die Auswirkung der Mutationen auf die SubstratspezifitĂ€t untersucht. Als Vergleichsbibliotheken wurden ebenfalls einmal alle 20 proteinogenen AminosĂ€uren eingefĂŒgt und einmal nur solche, die sehr selten im Alignment auftauchen. Das Ergebnis war in beiden FĂ€llen eine sehr viel bessere Bibliothek, wenn nur solche Reste vertreten waren, die auch in der Natur bevorzugt vorkommen. Dies galt sowohl in Bezug auf die Anzahl aktiver Klone in jeder Bibliothek, als auch auf die Chance eine verbesserte Variante zu finden (stabiler bzw. selektiver). Die besten Mutanten der Bibliotheken hatten im Vergleich zum Wildtyp einen 8°C höheren Schmelzpunkt bzw. einen bis 18fach höheren E-Wert (bei 50facher katalytischer Effizienz). Weiterhin konnten die SubstratspezifitĂ€t um den Faktor 4.300 verĂ€ndert werden.