Refine
Year of publication
Document Type
- Doctoral Thesis (131)
- Article (88)
Has Fulltext
- yes (219)
Is part of the Bibliography
- no (219)
Keywords
- - (47)
- Biopharmazie (17)
- Wirkstofffreisetzung (14)
- Pharmazeutische Technologie (10)
- In vitro (8)
- Gastrointestinaltrakt (7)
- Bacillus (6)
- Cytotoxizität (6)
- Magen (6)
- Feste Arzneiform (5)
- Glutathionperoxidase (5)
- Organische Synthese (5)
- antibiotic resistance (5)
- biorelevant dissolution (5)
- in vitro (5)
- Apoptose (4)
- Bacillus licheniformis (4)
- Bakterien (4)
- ESBL (4)
- In vivo (4)
- Pharmazie (4)
- Plasma (4)
- Polymere (4)
- Polysaccharide (4)
- Zellkultur (4)
- drug release (4)
- drug resistance (4)
- 3D-Druck (3)
- Atmosphärendruckplasma (3)
- Bacillus subtilis (3)
- Biorelevante Wirkstofffreisetzung (3)
- Dünndarm (3)
- Enzyminhibitor (3)
- Epigenetik (3)
- Glaskörper (3)
- HPLC (3)
- In vitro-Modell (3)
- Magenentleerung (3)
- Naturstoff (3)
- Oxidativer Stress (3)
- Photochemie (3)
- Plasmamedizin (3)
- Proteomics (3)
- antimicrobial resistance (3)
- broiler (3)
- flupirtine (3)
- hydrogel (3)
- inhibition (3)
- retigabine (3)
- salivary tracer technique (3)
- <i>E. coli</i> (2)
- Antimicrobial resistance (2)
- Autophagie (2)
- Biotechnologie (2)
- Cyanobakterien (2)
- Drug-eluting Stent (2)
- E. coli (2)
- Escherichia coli (2)
- Extrakt (2)
- Flupirtin (2)
- Flupirtine (2)
- Fused Deposition Modeling (2)
- HPMC (2)
- Hepatotoxicity (2)
- Heterologe Genexpression (2)
- Immunsystem (2)
- Immuntoxizität (2)
- In-vitro-Kultur (2)
- Jurkat (2)
- KCNQ (2)
- Keratinozyt (2)
- Kernspintomografie (2)
- Ketamin (2)
- Krebszelle (2)
- MRT (2)
- Metacyclophane (2)
- MimiCol (2)
- Molekularbiologie (2)
- Mukoadhäsion (2)
- One Health (2)
- Patient (2)
- Pentathiepine (2)
- Pharmakokinetik (2)
- Pharmazeutische Chemie (2)
- Phytochemie (2)
- Platin (2)
- Proteom (2)
- Retigabin (2)
- Stabilität (2)
- Stent (2)
- Stoffwechselphysiologie (2)
- THP-1 (2)
- Tablette (2)
- Toxizität (2)
- Transkriptom (2)
- Wirkstoffverteilung (2)
- Wundheilung (2)
- Zellzyklus (2)
- Zytotoxizität (2)
- aerogel (2)
- anti-biofilm (2)
- antibacterial (2)
- anticancer drug (2)
- antimicrobial photodynamic therapy (2)
- apoptosis (2)
- biofilm (2)
- biological activities (2)
- biorelevant in vitro model (2)
- biorelevante Wirkstofffreisetzung (2)
- bolaform amphiphilic lipids (2)
- bolalipids (2)
- caffeine (2)
- celecoxib (2)
- cell cycle (2)
- chorioallantoic membrane model (2)
- colonic microbiota (2)
- cytotoxicity (2)
- diclofenac (2)
- drug delivery system (2)
- dynamic colon model (2)
- efavirenz (2)
- fenofibrate (2)
- feste Arzneiformen (2)
- gastric emptying (2)
- hot melt extrusion (2)
- in vitro metabolization (2)
- in vivo (2)
- ketamine (2)
- magnetic marker monitoring (2)
- metabolic engineering (2)
- metaproteomics (2)
- molecular docking (2)
- motility (2)
- nanoemulsion (2)
- natural products (2)
- one health (2)
- oxidative stress (2)
- oxylipins (2)
- proteomics (2)
- self-assembly (2)
- solid oral dosage forms (2)
- stomach (2)
- structure activity (2)
- sulfasalazine (2)
- supercritical fluid chromatography (2)
- synthesis (2)
- virulence (2)
- -anethole (1)
- 1,2,3-benzotriazoles (1)
- 1,2,4-triazoles (1)
- 1048715485 (1)
- 16S rRNA Gensequence (1)
- 2,4-diamino-1,3,5-triazines (1)
- 2-imino-2<i>H</i>-chromen-3-yl-1,3,5-triazines (1)
- 2-imino-coumarins (1)
- 2<i>H</i>-chromen-3-yl-1,3,5-triazines (1)
- 3-> (1)
- 3D printing (1)
- 3D-QSAR (1)
- 3D-printing (1)
- 4010153-8 (1)
- 4070959-0 (1)
- 4274237-7 (1)
- 4628922-7 (1)
- 5637 (1)
- 5‐lipoxygenase (1)
- 7651795-0 (1)
- <i>Enterobacteriaceae</i> (1)
- <i>Lannea barteri</i> (1)
- <i>N</i>-acylhydrazones (1)
- <i>N</i>-sulfonylhydrazones (1)
- A549 (1)
- ABC-Transporter (1)
- ADMET analysis (1)
- AMR (1)
- APJ (1)
- Aborigines (1)
- Absorption (1)
- Acetate (1)
- Acetoin (1)
- Acylhydrazone (1)
- Adenylylcyclase (1)
- Aerobes Wach (1)
- Aerosol (1)
- Agaritin (1)
- Alkylierung (1)
- Alkylresorcinole (1)
- Allergie (1)
- Alzheimer’s disease (1)
- AmpC (1)
- Amylase (1)
- Analytik (1)
- Analytische Chemie (1)
- Antarktis (1)
- Anti-adhesive (1)
- Antibiotic Stewardship (1)
- Antibiotikaresistenz (1)
- Antibiotikum (1)
- Antifungals (1)
- Antigenität (1)
- Antimicrobial (1)
- Antimikrobiel (1)
- Antimikrobielle Aktivität (1)
- Antimykotika (1)
- Apelin (1)
- Apoptosis (1)
- Armillaria ostoyae (1)
- Arzneiform (1)
- Arzneimittel-bezogenes Problem (1)
- Arzneimitteldesign (1)
- Arzneimittelnebenwirkung (1)
- Arzneimittelrückstand (1)
- Arzneimitteltransport (1)
- Arzneimitteltransporter (1)
- Arzneistofffreisetzende Stents (1)
- Arzneistoffmetabolismus (1)
- At-line Monitoring (1)
- At-line monitoring (1)
- Atropa belladonna (1)
- Atropin (1)
- Auge (1)
- Augenbewegung (1)
- Autophagocytose (1)
- Autophagy (1)
- Axenization (1)
- Azobenzene (1)
- Azofarbstoffe (1)
- BCL11B (1)
- Bacillus cereus (1)
- Bacterial virulence (1)
- Balticidin (1)
- Bathymodiolus (1)
- Bathymodiolus symbiosis (1)
- Benzimidazolderivate (1)
- Beschichtung (1)
- Bestimmung Arzneistoffkonzentration (1)
- Bicarbonate (1)
- Bioavailability (1)
- Biochemie (1)
- Biochip (1)
- Bioinformatics (1)
- Bioinformatik (1)
- Biology and Natural Sciences (1)
- Biom (1)
- Biopharmacy (1)
- Biorefinery process (1)
- Biorelevant (1)
- Biorelevante Freisetzung (1)
- Biotransformation (1)
- Bioverfahrenstechnik (1)
- Brown-Relaxation (1)
- CAM (1)
- CAZymes (1)
- CCHC zinc finger (1)
- CD-Spektroskopie (1)
- CTX-M-1 (1)
- Caco-2 (1)
- Calvatia gigantea (1)
- Carbamidocyclophane (1)
- Cellulose (1)
- Centaurothamnus maximus (1)
- Chaperonin (1)
- Charakterisierung (1)
- Chelate (1)
- Chemische Analyse (1)
- Chinin (1)
- Chinolin (1)
- Chlorella vulgaris (1)
- Chromatographie (1)
- Cisplatin (1)
- Co-selection (1)
- Coating (1)
- Codakia orbicularis (1)
- Compatibility (1)
- Cyanbacteria (1)
- Cyanobacteria (1)
- Cyanonacteria (1)
- Cylindrocyclophane (1)
- Cylindrospermum (1)
- Cytochrom P-450 (1)
- Cytotoxic (1)
- DFT (1)
- DNA (1)
- DNA immunization (1)
- DNA-Immunisierung (1)
- DNA-Schädigung (1)
- DNA–DNA hybridization (ddH) (1)
- DNS (1)
- DUOCAP (1)
- Deep-sea hydrothermal vents (1)
- Dekontamination (1)
- Delphi-Technik (1)
- Depression (1)
- Diabetes (1)
- Dickdarm (1)
- Diclofenac (1)
- Diffusion (1)
- Dioxindolderivat (1)
- Dissolution/Six Solutions (1)
- Drosera intermedia (1)
- Drosera rotundifolia (1)
- Drug release (1)
- Drug stability (1)
- Drug-Targeting (1)
- EGFR (1)
- EGFR inhibitor (1)
- EGFR-mutated (1)
- EMP-hybrid (1)
- EMT (1)
- ESBL – (1)
- ESBL- (1)
- ESBL/AmpC- (1)
- ESBL— (1)
- ESKAPE strain (1)
- Elastase inhibitions (1)
- Elastase inhibitor (1)
- Elastase inhibitoren (1)
- Electrical chip (1)
- Endothel (1)
- Enhanced Sampling (1)
- Entladung (1)
- Entropie (1)
- Enzyminhibition (1)
- Epidermaler Wachstumsfaktor-Rezeptor (1)
- Equiden (1)
- Erkrankungen der Speiseröhre (1)
- Ethinylestradiol (1)
- Ethiopia (1)
- Ethnomedizin (1)
- Etonogestrel (1)
- Expression system (1)
- Extended-Spectrum Beta-Lactamase (1)
- Extrakorporale Dialyse (1)
- Extraktion (1)
- Eye Movement System (EyeMoS) (1)
- EyeFlowCell (1)
- EyeMovementSystem (1)
- FDM (1)
- Fed batch (1)
- Fed-batch-Verfahren (1)
- Feed supplementation (1)
- Fermentation (1)
- Film (1)
- Fische (1)
- Flavobacteria (1)
- Fluidized-bed technology (1)
- Flüssigkeiten (1)
- Fomitopsis betulina (1)
- Food effect (1)
- Freisetzung (1)
- Funktionalisierung <Chemie> (1)
- Fällung (1)
- GC-MS (1)
- GPx1 knockout (1)
- Gastro-Intestinal Passage von Arznei (1)
- GastroDuo (1)
- Gastrointestinaler Transit (1)
- Gastroretention (1)
- Gastroretentive Arzneiform (1)
- Gatrointestinaltrakt (1)
- Gefäß-simulierende Durchflusszelle (1)
- Genexpression (1)
- Gentechnologie (1)
- Gerbstoff (1)
- Germany (1)
- Geschmack (1)
- Gewebemodelle (1)
- Glaskörper-Modell (GK-Modell) (1)
- Global protein analysis (1)
- Glucane <beta-1 (1)
- Glucane <beta-1,3-> (1)
- Glutathion (1)
- Glykokalyx (1)
- Glykoprotein (1)
- Glyoxylat (1)
- Glyoxylatzyklus (1)
- Goldkomplexe (1)
- Green algae (1)
- Gruppendiskussion (1)
- GumbiGumbi (1)
- GumbyGumby (1)
- H. aspersa Müller (1)
- HEK293 (1)
- HaCaT (1)
- Haftkleber (1)
- Hallimasch (1)
- Hauthaftung (1)
- Hautzelle (1)
- HepG2 (1)
- Heparin (1)
- Heparin-induzierte Thrombozytopenie (1)
- Hepatitis B (1)
- Heterocycles (1)
- Heubacillus (1)
- High resolution proteomics (1)
- High-risk clonal lineages (1)
- Histon-Deacetylase (1)
- Histon-Demethylase (1)
- Histon-Demethylierung (1)
- Hitzestress (1)
- Homöopathisches Arzneibuch (1)
- Honig (1)
- Hospital (1)
- Hospitalisierung (1)
- Human interleukin-1β (1)
- Hydrazide (1)
- Hydrocortison (1)
- Hydrogele (1)
- Hydrogencarbonatpuffer (1)
- Hydrothermal vent (1)
- Hydrothermalquelle (1)
- Hydroxyl (1)
- Hydroxylradikale (1)
- Immune system (1)
- Immunisierung (1)
- Immunstimulation (1)
- Immunsuppression (1)
- Implantat (1)
- Implantate (1)
- In vitro Modelle (1)
- In vitro-Freisetzungsmodell (1)
- In vitro-Freisetzungsuntersuchung (1)
- In vivo Methoden (1)
- In-vitro (1)
- IncI1 (1)
- Indonesian marine fungi (1)
- Induktion (1)
- Inhibition (1)
- Injektionssuspensionen (1)
- Instrumentelle Analytik (1)
- Interactome (1)
- Interaktion (1)
- Interaktom (1)
- Interindividuelle Variabilität (1)
- Interventionsmaßnahmen (1)
- Intravitreale Arzneiformen (1)
- Intravitreale Pharmakotherapie (1)
- Isomer (1)
- Jejunum (1)
- K (1)
- KDM4A (1)
- KV7 (1)
- KV7-Kanäle (1)
- KYSE 70 (1)
- Kernrezeptor (1)
- Kernspintomographie (1)
- Klinische Studien (1)
- Klinisches Experiment (1)
- Klonierung (1)
- Kolik (1)
- Kombinatorische Synthese (1)
- Komplementärmedizin (1)
- Konformationsänderungen (1)
- Kontrollierte Wirkstofffreisetzung (1)
- Koronarstent (1)
- Kras-Mutation (1)
- Krebsresistenz (1)
- Krebstherapie (1)
- Kreuzresistenz (1)
- Kultivierung (1)
- Kulturbedingungen (1)
- Kv 7.2/3 channel activators (1)
- Kv7.2/7.3 (1)
- L-SNEDDS (1)
- L. (1)
- Lactobacillus brevis (1)
- Lactobacillus plantarum (1)
- Lactobacillus rossiae (1)
- Lactose (1)
- Langwirksame Kontrazeptiva (1)
- Laparotomie (1)
- Leber (1)
- Legionella (1)
- Legionellen (1)
- Levdopa (1)
- Levonorgestrelbutanoat (1)
- Liposom (1)
- Löslichkeit (1)
- MDR (1)
- MRG (1)
- MRI (1)
- MRI study (1)
- MRSA (1)
- MS (1)
- Magen-Darm-Trakt (1)
- Magenmotilität (1)
- Magenstraße (1)
- Magnet (1)
- Magnetic Drug Targeting (1)
- Magnetic Relaxation Immnoassay (1)
- Magnetic nanoparticles (1)
- Magnetisches Drug Targeting (1)
- Magnetorelaxometry (1)
- Marine Pilze (1)
- Marine fungi (1)
- Marine polysaccharide (1)
- Masthähnchen (1)
- Mathematische Modellierung (1)
- Mechanotransduktion (1)
- Medicinal Chemistry (1)
- Medizinische Chemie (1)
- Medroxyprogesteronacetat (1)
- Mehrdimensionale Chromatographie (1)
- Melanin (1)
- Mercaptobernsteinsäure (1)
- Mesalazin (1)
- Metabolic Engineering (1)
- Metagenomics (1)
- Metagenomik (1)
- Metallkomplexe (1)
- Metaproteomics (1)
- Microarray (1)
- Microbial ecology (1)
- Microbiology (1)
- Mikroalge (1)
- Mikroalgen (1)
- Mikrobiologie (1)
- Mikrobiom (1)
- Mikrobiota (1)
- Mikroorganismen (1)
- Mikrowellensynthese (1)
- MimiCol3 (1)
- MimiCol³ (1)
- Mobilität (1)
- Molecular modeling (1)
- Moleküldynamik (1)
- Molke (1)
- Mongolia (1)
- Morphologie (1)
- Myricaria germanica (1)
- NMR (1)
- NRPS (1)
- NSCLC (1)
- Nahrungsmitteleffekt (1)
- Nanopartikel (1)
- Natürliche Killerzelle (1)
- Nekrose (1)
- Nicht-kleinzelliges Bronchialkarzinom (1)
- Nichtionisches Tensid (1)
- Niedertemperaturplasma (1)
- Non-thermal plasma (1)
- Nostoc (1)
- Nucleotidanaloga (1)
- Nukleoprotein (1)
- Nutztierhaltung (1)
- Onkologie (1)
- Ophthalmologie (1)
- Overproduction (1)
- Oxidation (1)
- Oxidation Potential (1)
- Oxidation potential (1)
- PAR2 (1)
- PBPK (1)
- PKS (1)
- PLK1 inhibitors (1)
- Pancreatitis (1)
- Pankreaskarzinom (1)
- Pankreatitis (1)
- Pantoprazol (1)
- Pappel-Ritterling (1)
- Paracetamol (1)
- Paracyclophane (1)
- Parkinson-Patienten (1)
- Pectat-Lyase (1)
- Pediatric drug product (1)
- Pektinesterase (1)
- Penicillin G, Formulation development, Helicobacter pylori (1)
- Pentathiepin (1)
- Permeabilität (1)
- Permeabilitätskoeffizient (1)
- Petrotoga (1)
- Pferd (1)
- Pharmacokinetics (1)
- Pharmakobezoare (1)
- Pharmazie Greifswald (1)
- Phosphate (1)
- Photoaktivierbarkeit (1)
- Photodynamische Therapie (1)
- Photon Correlation Spetroscopy (1)
- Photopharmakologie (1)
- Photoreduktion (1)
- Photoswitches (1)
- Phytopharmaka (1)
- Pigmentierung (1)
- Pigs (1)
- Pilze (1)
- Pittosporum angustifolium (1)
- Pittosporum-angustifolium (1)
- Plasma medicine (1)
- Plasmachemie (1)
- Plasmaspektroskopie (1)
- Plasmid (1)
- Plasmodium (1)
- Platin-Komplexe (1)
- Platinkomplexe (1)
- Plättchenfaktor 4 (1)
- Polymer (1)
- Polysaccharide utilization (1)
- Poorly soluble drugs (1)
- Precipitation inhibitor (1)
- Pressure Sensitive Adhesives (1)
- Primärtsoffanalytik (1)
- Probe-Tack-Test (1)
- Proliferation (1)
- Protease deficiency (1)
- Protein complexes (1)
- Protein secretion (1)
- Proteinexpression (1)
- Proteinfaltung (1)
- Proteinkomplexe (1)
- Proteomanalyse (1)
- Prozessüberwachung (1)
- Präzipitation (1)
- Pseudoalteromonas (1)
- Pseudosaccharin amines (1)
- Psychrophiler Mikroorganismus (1)
- Pt Komplexe (1)
- Pt complexes (1)
- Pt(II)-Komplexe (1)
- Pylorus (1)
- Pädiatrie (1)
- Pädiatrische Patienten (1)
- Quality-by-Design (1)
- Qualitätskontrolle (1)
- Qualitätssicherung (1)
- Quantifizierung (1)
- R. chamaemorus (1)
- RNA-Seq (1)
- RNS (1)
- ROS (1)
- Rapid Prototyping <Fertigung> (1)
- Rasterkraftmikroskopie (1)
- Reaktivität (1)
- Regenbogenforelle (1)
- Relaxationsmessung (1)
- Replica Exchange (1)
- Reporterenzyme (1)
- Reporterenzymes (1)
- Retention (1)
- Retentionsmechanismen (1)
- Retigabine (1)
- Reversible inhibitions (1)
- Riftia pachyptila (1)
- Rwanda (1)
- SEA (1)
- SFC-MS (1)
- SIRT2 (1)
- SLA 3D-printing (1)
- ST1159 (1)
- Salivary Tracer Technique (1)
- Salzstress (1)
- Sandwich-Hybridisierung (1)
- Sandwich-hybridization (1)
- Sandwichkultivierte Rattenhepatozyten (1)
- Saponine (1)
- Scanning electron microscopy (1)
- Scenedesmus (1)
- Schalteffekte (1)
- Scherstress (1)
- Schluckbare Sensoren (1)
- Schmelzextrusion (1)
- Schwarze Tollkirsche (1)
- Sekundärmetabolit (1)
- Selektivität (1)
- Shigella (1)
- Shockwaves (1)
- SiSo (1)
- Sigma-Rezeptoren (1)
- Signalgeber (1)
- Signaltransduktion (1)
- Simulation (1)
- Sir2-like Proteine (1)
- Sirolimus (1)
- Sirt2 (1)
- Sirtuin (1)
- Sirtuine (1)
- Southern Ocean (1)
- Splitomicin (1)
- Stabilitätsuntersuchungen (1)
- Staphylococcus aureus (1)
- Stickstoffmonoxid-Synthase (1)
- Stilben (1)
- Stresstest (1)
- Strukturaufklärung (1)
- Studie (1)
- Subpopulation (1)
- Substanzinteraktionen (1)
- Sulfanderivate (1)
- SuperPred (1)
- Supercritical fluid chromatography (1)
- SwissTargetPrediction (1)
- Symbiose (1)
- Synergismus (1)
- Synthese (1)
- Systembiologie (1)
- Systems biology (1)
- T-Lymphozyt (1)
- TIGER2h (1)
- TIGER2hs (1)
- Tabletten (1)
- Targeted drug delivery (1)
- Technologie (1)
- Temoporfin (1)
- Tetrahydroindolon (1)
- Tetrazol (1)
- Tetrazole (1)
- Therapie der Speiseröhre (1)
- Thermophile (1)
- Tiopronin (1)
- Tracking (1)
- Transdermales therapeutisches System (1)
- Tricholoma populinum (1)
- Triglyceridabbau (1)
- Triterpenes (1)
- U-5637 (1)
- USP apparatus 4 (1)
- USP apparatus 7 (1)
- UV-Schutz (1)
- UVB (1)
- Ultraviolett B (1)
- Ulvan (1)
- Umkehrphasen-HPLC (1)
- Umweltproteomics (1)
- Urtinktur (1)
- Ussing Kammer (1)
- V (1)
- Vagina (1)
- Vaginale Ringe (1)
- Vaginalringe (1)
- Validierung (1)
- Validität (1)
- Valproinsäure (1)
- Vector flies (1)
- Versorgungsforschung (1)
- Vielfalt (1)
- Virale hämorrhagische Septikämie (1)
- Virulence (1)
- Virulenz (1)
- Wafer (1)
- Wandschubspannung (1)
- Was (1)
- Wasseraufbereitung (1)
- Wiederanheftbarkeit (1)
- Wirbelschichtverfahren (1)
- Wirkstofffreisetzung , Wirkstoff , Löslichkeit , Pharmazie , Forschung , Entwicklung , Formulierung (1)
- Wound healing (1)
- X-ray analysis (1)
- XGND (1)
- Yeast sulfhydryl oxidase (1)
- ZEB1 (1)
- Zellheterogenität (1)
- Zelluläre Heterogenität (1)
- Zinc (1)
- Zirkulardichroismus (1)
- Zunge (1)
- [1,2,4]Triazolo[1,2-a]pyridazine (1)
- accelerated drug release testing (1)
- acetylcholinesterase inhibitors (1)
- acute toxicity (1)
- acylhydrazones (1)
- additive manufacturing (1)
- adenylylcyclase (1)
- adherent human carcinoma cell lines (1)
- adhesion (1)
- advanced oxidation processes (1)
- algicolous fungi (1)
- alkylresorcinols (1)
- allergy (1)
- amides (1)
- amorphous formulations (1)
- amorphous solid dispersion (1)
- anaerobic metabolism (1)
- animal husbandry (1)
- anti-cancer (1)
- anticancer drugs (1)
- antifungal (1)
- antimicrobial activity (1)
- antimicrobial peptides (1)
- antimikrobielle Aktivität (1)
- antimikrobiellen Screening (1)
- antioxidant (1)
- antioxidant activity (1)
- arginine biosynthesis (1)
- ascariasis (1)
- aspiration (1)
- atmospheric pressure plasma (1)
- autophagy (1)
- azo dyes (1)
- bacterial membrane extensions (1)
- beschleunigte Freisetzungstests (1)
- bicarbonate buffer (1)
- biocontrol (1)
- bioenergetics (1)
- biofilm inhibitor (1)
- biological decontamination (1)
- biopharmaceutics (1)
- biorelevant (1)
- biorelevant dissolution stress test device (1)
- biorelevant test conditions (1)
- biorelevante Freisetzung (1)
- biorelevanter Freisetzungstest (1)
- biorelevanter mechanischer Stress (1)
- biosecurity (1)
- biosynthesis gene cluster (BGC) (1)
- bivalve (1)
- bortezomib (1)
- calves (1)
- cancer (1)
- cancer cells (1)
- cancer stem cells (1)
- capsule-in-capsule (1)
- carbamidocyclophanes (1)
- carbon dioxide–based separation (1)
- carbon–carbon lyase (1)
- carboxyesterase (1)
- cattle (1)
- cell proliferation regulating inhibitor of protein phosphatase 2A (1)
- cell signaling (1)
- cell-mediated cytotoxicity (1)
- checkerboard (1)
- chemical synthesis (1)
- chemische Synthese (1)
- chemosynthesis (1)
- chiral resolution (1)
- chiral stationary phase (1)
- clinical chemistry (1)
- clinical study (1)
- coated (1)
- combination with antibiotic (1)
- commensal (1)
- compression-coated tablet (1)
- continuous manufacturing (1)
- control measure (1)
- copolymer (1)
- cormorants (1)
- coronary stent (1)
- coumarins (1)
- culture conditions (1)
- cylindrocyclophanes (1)
- cytotoxic (1)
- cytotoxic activity (1)
- deep sea (1)
- degranulation (1)
- dehydronorketamine (1)
- depression (1)
- dermatophytosis (1)
- determination of drug concentration (1)
- dialysis (1)
- diamine (1)
- diet (1)
- diffusion (1)
- dihydrochalcones (1)
- dissolution (1)
- dissolution method (1)
- dissolution methods (1)
- dissolution stress test (1)
- dissolution testing (1)
- dose dumping (1)
- drucksensitive Arzneiform (1)
- drug delivery (1)
- drug design (1)
- drug distribution (1)
- drug screening (1)
- drug-drug-interaction (1)
- drug-eluting (1)
- drug-eluting stents (1)
- drug-related problem (1)
- drug-targeting (1)
- dynamic simulation (1)
- ease of swallowing (1)
- educast (1)
- educational podcast (1)
- elektrischer Biochip (1)
- environmental epidemiology (1)
- environmental proteomics (1)
- eosinophilic esophagitis (1)
- epidermal growth factor receptor (1)
- epigenetic (1)
- epigenetics (1)
- epigenetik (1)
- esophageal diseases (1)
- esophageal transport (1)
- esophagus (1)
- esophagus therapy (1)
- essentail oils (1)
- essential oil (1)
- essentials elements (1)
- ethnobotany (1)
- ex vivo measurements (1)
- exopolysaccharides (1)
- extended-spectrum beta-lactamases (1)
- extended-spectrum ß-lactamase-producing (1)
- extracellular vesicles (1)
- extractions (1)
- fasted and fed state conditions (1)
- fatty acid (1)
- films (1)
- flavonoids (1)
- flesh (1)
- fluorescent substrates (1)
- fluoreszierende Modellsubstrate (1)
- food chain (1)
- food effects (1)
- food safety (1)
- formulation design (1)
- fungi (1)
- fungicide (1)
- gastric empying (1)
- gastroretention (1)
- gastroretentive dosage form (1)
- gel matrix tablets (1)
- glass transition (1)
- globale Proteinanalyse (1)
- glutathione peroxidase (1)
- glutathione peroxidase-1 (1)
- graphite furnace atomic absorption spectrometry (1)
- helminth (1)
- hepatitis b (1)
- hepatobiliary excretion (1)
- hepatobiliäre Ausscheidung (1)
- heterofermentativ (1)
- high-resolution manometry (1)
- hochauflösende Proteomics (1)
- holobiont (1)
- homodimerization (1)
- homofermentativ (1)
- horse (1)
- host-microbe interactions (1)
- host-symbiont (1)
- hotmelt extrusion (1)
- human intestinal mucosa (1)
- hybrid molecules (1)
- hydrazones (1)
- hydrothermal vent (1)
- hydroxyl radicals (1)
- hydroxynorketamine (1)
- hydroxypropylmethylcellulose (1)
- imaging tools (1)
- imidazo[2,1-<i>c</i>][1,2,4]triazol-3(5<i>H</i>)-imines (1)
- immobilized (1)
- immune response (1)
- immune response stimulation (1)
- implant (1)
- in silico (1)
- in silico Wirkstoffdesign (1)
- in silico target prediction (1)
- in vitro anticancer activity (1)
- in vitro antitumor activity (1)
- in vitro cytotoxic activity (1)
- in vitro dissolution (1)
- in vitro drug release (1)
- in vitro model (1)
- in vitro-Wirkstofffreisetzung (1)
- in vitro–ex vivo correlation (1)
- in vivo disintegration (1)
- in vivo disolution (1)
- in vivo study (1)
- in-vitro (1)
- in-vitro Evaluierung (1)
- individualisierte Wirkstofffreisetzung (1)
- inflammation (1)
- integrative medicine (1)
- interaction (1)
- interactions (1)
- intervention measure (1)
- intervention measures (1)
- intestinal application (1)
- intestinal microdialysis (1)
- intestinal nematode (1)
- intestinale Mikrodialyse (1)
- intraluminal use (1)
- intraluminale Anwendung (1)
- intramuskulär (1)
- intravaginal ring (1)
- intravitreal implants (1)
- intravitreal injection (1)
- intravitreale Wirkstofffreisetzung und -verteilung (1)
- ion channels (1)
- isoprenoid degradation (1)
- isotherme Titrationskalorimetrie (1)
- keratinocyte (1)
- keratinocytes (1)
- kurstakin (1)
- leaf (1)
- lectin (1)
- lethal dose 50 (1)
- lipid mediator (1)
- lipid mediators (1)
- lipopeptide (1)
- local drug targeting (1)
- mRNA detection (1)
- mRNA-Detektion (1)
- mRNA-Stabilität (1)
- mRNA-stability (1)
- mTHPC (1)
- magnetic resonance imaging (1)
- management measures (1)
- manufacturing science (1)
- marine bacteria (1)
- marinen Pilze (1)
- materials science (1)
- medicinal herbs (1)
- medicinal plants (1)
- metabolic interactions (1)
- metabolic processes (1)
- metabolism (1)
- metabolites (1)
- metabolom (1)
- metabolome (1)
- metagenome (1)
- metaproteome (1)
- miR-205-5p (1)
- miRNA (1)
- microbial community (1)
- microbiota (1)
- mikrobielle Gemeinschaft (1)
- mini tablets (1)
- mitochondria (1)
- mobile learning (1)
- modeling (1)
- modified release dosage forms (1)
- molecular modelling (1)
- molecular weight (1)
- monocytes (1)
- monoterpene (1)
- mucoadhesion (1)
- mucoadhesive films (1)
- mucoadhesive polymer (1)
- multicomponent mixtures (1)
- multidrug resistant (1)
- mushrooms (1)
- nanoemulgel (1)
- naphthoquinones (1)
- necrosis (1)
- neutrophils (1)
- next-generation sequencing (1)
- nicotinamide (1)
- non-small cell lung cancer (1)
- nucleotide analogues (1)
- nutrients elements (1)
- oncology (1)
- online sample preparation (1)
- oral application (1)
- oral biopharmacy (1)
- orale Applikation (1)
- orale Bioverfügbarkeit (1)
- organic farming (1)
- orodispersible (1)
- oxidativer Stress (1)
- p53-Mutation (1)
- patient specific in vitro models (1)
- patientenspezifische Wirkstofffreisetzung (1)
- pectinase psychrophilic pseudoalteromonas haloplanktis ANT/505 (1)
- pediatrics (1)
- performance assessment (1)
- pericular injection (1)
- peristalsis (1)
- permeability coefficient (1)
- pharmaceutical care (1)
- pharmacokinetics (1)
- pharmacy education (1)
- pharmacy students (1)
- pharmazeutische Betreuung (1)
- phenolic compounds (1)
- photoactivity (1)
- photodynamic therapy (1)
- photopharmacology (1)
- photoswitches (1)
- phylogenetic analysis (1)
- phylogenomics (1)
- physicochemical characterization (1)
- phytochemicals (1)
- phytochemistry (1)
- phytotherapy (1)
- pig (1)
- plant growth promotion (PGP) (1)
- plasma (1)
- plasma diagnostics (1)
- platelets (1)
- platinum complexes (1)
- platinum-complexes (1)
- podcast (1)
- polypharmacology (1)
- polysaccharide degradation (1)
- poorly soluble drug (1)
- poorly soluble drugs (1)
- porcine small intestine (1)
- posttranslational modification (PTM) (1)
- poultry (1)
- predictive dissolution testing (1)
- pressure-sensitive dosage form (1)
- prolonged release tablet (1)
- propranolol HCl (1)
- protein expression (1)
- protein folding (1)
- protein-protein docking (1)
- prädiktive Freisetzungstests (1)
- public health (1)
- pulse oximetry (1)
- pylorus (1)
- quality assurance (1)
- quality control (1)
- quercetin (1)
- quinolines (1)
- rainbow trout (1)
- reactive oxygen species (1)
- reaktive Schwefelspezies (1)
- regulatory gene (1)
- replica-exchange molecular dynamics (1)
- resistance (1)
- resistome (1)
- respiration (1)
- ring-opening reactions (1)
- rotating magnetic field (1)
- saliva (1)
- saliva flow (1)
- salivary tracer (1)
- sandwich-cultured rat hepatocytes (1)
- scintigraphy (1)
- setups (1)
- sigma-receptors (1)
- silver nanoparticles (1)
- sirtuins (1)
- site-specific application (1)
- site-specific drug delivery (1)
- slaughterhouse (1)
- solubility enhancement, drug delivery, oral administration, SNEDDS, nanoemulsions, polymer, adsorption, celecoxib, efavirenz, fenofibrate (1)
- spark discharges (1)
- spinning process (1)
- spread (1)
- stability studies (1)
- staphylococcal enterotoxin gene (1)
- staphylococcal enterotoxins (1)
- stem bark (1)
- stent (1)
- stomach road (1)
- structure (1)
- structure-activity relationships (1)
- sub-ambient temperature (1)
- subcritical fluid chromatography (1)
- substituent (1)
- sulfonamides (1)
- supercomplexes (1)
- supercritical CO<sub>2</sub> (1)
- supercritical fluid extraction (1)
- surface modification (1)
- symbiosis (1)
- tannins and flavonoids (1)
- tannins and flavonoids; anti-biofilm; E. coli; Epilobium; Filipendula; R. chamaemorus; biological activities; ethnobotany (1)
- taste (1)
- telemetric capsules (1)
- tensile studies (1)
- terbinafine hydrochloride (1)
- texture analysis (1)
- thioureas (1)
- thumolycin (1)
- transcriptome (1)
- triamcinolone acetonide (1)
- upconversion (1)
- ureas (1)
- urine test strips (1)
- user perspective (1)
- vaginal rings (1)
- validation (1)
- vent (1)
- vessel-simulating flow-through cell (1)
- viral hemorrhagic septicaemia virus (1)
- virtual screening (1)
- virulence factors (1)
- vitreous substitute (1)
- wastewater (1)
- weinende Steinlinde (1)
- whole-genome sequencing (1)
- wild birds (1)
- wild boar (1)
- wild ruminant (1)
- wildlife (1)
- wound healing (1)
- xGND (1)
- zellvermittelte Zytotoxizität (1)
- zytotoxische Aktivität (1)
- (1)
- Ökologie (1)
- Übersättigung (1)
Institute
- Institut für Pharmazie (219) (remove)
Publisher
- MDPI (60)
- Wiley (11)
- Frontiers Media S.A. (7)
- BioMed Central (BMC) (5)
- Springer Nature (4)
- ACS Publications (1)
Previous research identified veterinary clinics as hotspots with respect to accumulation and spread of multidrug resistant extended-spectrum β-lactamase (ESBL)-producing Escherichia coli (EC). Therefore, promoting the prudent use of antibiotics to decrease selective pressure in that particular clinical environment is preferable to enhance biosecurity for animal patients and hospital staff. Accordingly, this study comparatively investigated the impact of two distinct perioperative antibiotic prophylaxis (PAP) regimens (short-term versus prolonged) on ESBL-EC carriage of horses subjected to colic surgery. While all horses received a combination of penicillin/gentamicin (P/G) as PAP, they were assigned to either the “single-shot group” (SSG) or the conventional “5-day group” (5DG). Fecal samples collected on arrival (t0), on the 3rd (t1) and on the 10th day after surgery (t2) were screened for ESBL-EC. All isolates were further investigated using whole genome sequences. In total, 81 of 98 horses met the inclusion criteria for this study. ESBL-EC identified in samples available at t0, t1 and t2 were 4.8% (SSG) and 9.7% (5DG), 37% (SSG) and 47.2% (5DG) as well as 55.6% (SSG) and 56.8% (5DG), respectively. Regardless of the P/G PAP regimen, horses were 9.12 times (95% CI 2.79–29.7) more likely to carry ESBL-EC at t1 compared to t0 (p < 0.001) and 15.64 times (95% CI 4.57–53.55) more likely to carry ESBL-EC at t2 compared to t0 (p < 0.001). ESBL-EC belonging to sequence type (ST) 10, ST86, ST641, and ST410 were the most prevalent lineages, with blaCTX–M–1 (60%) being the dominant ESBL gene. A close spatio-temporal relationship between isolates sharing a particular ST was revealed by genome analysis, strongly indicating local spread. Consequently, hospitalization itself has a strong impact on ESBL-EC isolation rates in horses, possibly masking differences between distinct PAP regimens. The results of this study reveal accumulation and spread of multi-drug resistant ESBL-EC among horses subjected to colic surgery with different P/G PAP regimens, challenging the local hygiene management system and work-place safety of veterinary staff. Moreover, the predominance of particular ESBL-EC lineages in clinics providing health care for horses needs further investigation.
Crab Spa, is a stable diffuse-flow hydrothermal vent site located at the 9°N hydrothermal vent field on the East Pacific Rise (EPR). Remarkably, the physicochemical conditions at Crab Spa have remained largely constant since its discovery in 2007 providing a uniquely stable environment in which a well-adapted and stable microbial community has evolved. This microbial community is dominated by the class Campylobacteria, accounting for up to 90% of the community. Little is known, however, about the metabolic pathways that allow the Campylobacteria to dominate the bacterial community at Crab Spa. To address this fundamental question, a two-pronged approach was taken consisting of first determining the dominant metabolic pathways in situ, and second to study those same metabolic pathways and their controls in more detail under defined conditions in vitro in the model campylobacterium Sulfurimonas denitrificans.
Metagenomic analysis of two environmental samples provided the blueprint to determine the metaproteomic profile of the Crab Spa microbial community. This allowed to identify the dominant organisms and their major metabolic pathways sustaining the microbial community at Crab Spa. About 90% of the genes for transcription and protein synthesis of the metagenome sequences belonged to just three genera of Campylobacteria: Sulfurimonas, Sulfurovum and Arcobacter. The metaproteomic analyses confirmed that the active microbial community was dominated by Campylobacteria, carrying out carbon fixation via the reductive TCA cycle predominantly fueled by the oxidation of sulfide and sulfur with nitrate and oxygen. The analysis further revealed that pathways might be partioned between different members of the bacterial community. Proteins involved in electron acceptor–related pathways, in particular denitrification, accounted for up to 20% of the whole metaproteome, which could be seen as an adaptation to the scarcity of electron acceptors at Crab Spa. Conversely, proteins related to electron donor–associated metabolic pathways accounted for less than 0.1% of the metaproteome, possibly in response to the high concentration of the electron donor. To follow up on this hypothesis, chemostat experiments with S. denitrificans were performed under either electron-acceptor or -donor limitation. These experiments confirmed that electron-acceptor limitation lead to the elevated expression of electron-acceptor proteins. However, a higher expression of electron-donor proteins was not observed under electron-donor limitation. Besides hydrogen sulfide, elemental sulfur has the potential to serve as an important electron donor at Crab Spa. However, up to know no information was available on how Campylobacteria might be able to utilize elemental sulfur. For this, S. denitrificans grew with either thiosulfate or cyclooctasulfur (S8) as sole electron donors and its transcriptome and proteome was compared. The results revealed a differential expression of the SOX sulfur oxidation pathway (soxCDYZ and soxABXYZ) in response to the two different sulfur compounds. Based on these findings, a model for the oxidation of cylcooctasulfur was proposed that also applies to other sulfur-oxidizing Campylobacteria and helps in the interpretation of environmental metatranscriptomic and –proteomic data (Götz, Pjevac, et al., 2018; Lahme et al., 2020). The presented results help to better understand the microbial processes at hydrothermal vents.
HPMC (Hydroxypropylmethylcellulose) based hydrophilic gel matrix tablets are one of the most commonly used monolithic extended release dosage forms used in the pharmaceutical industry. Drug release from the hydrated HPMC matrix is generally controlled by either diffusion or erosion, or a combination of both. Several studies have shown that for HPMC-based matrices with a high amount of poorly water-soluble additives, erosion is the predominant release mechanism. Erosion rates of these formulations vary significantly with changes in the matrix composition. Depending on the erosion rate, the drug delivery might occur over a shorter or longer time span and thus to different sites of action that are proximal or distal gastrointestinal tract (GIT). Erosion rates of HPMC-based matrices can be modulated by changing the amount and molecular weight of the HPMC. In the present study, four different HPMC-based hydrophilic matrix formulations developed by AstraZeneca R&D, Sweden, were investigated for in vitro as well as in vivo erosion behavior. Formulations F1, F2, and F3 consist of 40% HPMC, which is a mixture of two different HPMC viscosity grades (Methocel K100LV and Methocel K4M). Formulations F1, F2, and F3 contained 23%, 10%, and 0% of Methocel K4M, respectively, while formulation F4 was composed of 20% Methocel K100LV. Calcium hydrogen phosphate dihydrate (a poorly water-soluble compound) was used as the filling excipient. The in vitro HPMC release from the matrices was investigated using a USP dissolution apparatus II equipped with a stationary basket in a phosphate buffer (PB) pH 6.8 and simulated gastric fluid without pepsin (SGFsp) pH 1.2 at various rotation speeds. The HPMC concentration in the dissolution samples were analyzed using size exclusion chromatography coupled with multiangle light scattering and refractive index detectors (SEC-MALS/RI). In order to establish a correlation function between the magnetic moment and HPMC release, the formulations were tested in a magnetic moment dissolution tester (MMDT), a modified in vitro dissolution apparatus equipped with a magnetometer. The in vivo gastrointestinal imaging and erosion behavior of the tablets were investigated by magnetic marker monitoring (MMM) using a superconducting quantum interference devices (SQUIDs) sensor system in five healthy male volunteers at Physikalisch-Technische Bundesanstalt (PTB), Berlin. All formulations were administered after an overnight fast of at least 10 hours. However, formulations 3 and 4 were also administered 30 minutes after a standard FDA breakfast. The in vivo HPMC release was calculated using the correlation function from the recorded in vivo magnetic moment data. A linear correlation function was not observed, since the decrease of the magnetic signal was driven by both erosion and diffusion. The in vitro and in vivo erosion-time profiles show that erosion was strongly dependent on the composition of the formulation. The formulations containing a larger proportion of high molecular weight HPMC, or a higher content of HPMC, exhibited relatively slower erosion rates and vice versa. However, unlike in vitro erosion rates, the in vivo erosion rates for different formulations did not always significantly differ from each other. In vivo erosion rates of the investigated formulations were significantly higher under postprandial administration than under fasted state administration. No rapid disintegration of any of the formulations (that is, formulation failure that can potentially cause dose dumping) was observed. A good linear (point-to-point) correlation between the in vitro HPMC release at 50 rpm in PB pH 6.8 and the in vivo HPMC release was observed for all formulations in the individual volunteers for both administration conditions. The predictability of the in vivo HPMC release for all formulations in fasting as well as postprandial administrations was better with phosphate buffer pH 6.8 at 50 rpm in comparison to SGFsp pH 1.2 or higher stirring rate in phosphate buffer pH 6.8. In postprandial administrations, the gastric emptying time was significantly delayed compared to fasting administrations. For postprandial administrations, the localized erosion rate in the distal stomach was significantly higher than in the proximal stomach. The in vivo HPMC release of the investigated formulations under both intake conditions was not dependent on the motility of the tablet in the gastrointestinal tract. The in vivo HPMC release for all the investigated formulations when administered under fasting conditions was underestimated, while under postprandial conditions, the HPMC release was overestimated by the in vitro dissolution method in PB pH 6.8 at 50 rpm.
The investigated bacterial strain 64G3 was isolated from an offshore oil reservoir in Vung Tau, Vietnam. By means of 16S rDNA sequence alignment and DNA-DNA hybridization with Petrotoga mexicana DSM 14811, the isolate was identified as Petrotoga mexicana species. Morphologically, the 64G3 cells were rod-shaped and cell sizes varied widely from 1.0 µm up to 60 µm in length and from 0.6 to 1.2 µm in width. The cells appeared single, pairwise or in chains within a sheath-like structure (a typical characteristic of the order Thermotogales) that ballooned over the cell ends. Cells were immobile and no flagella were observed. Strain 64G3 grew anaerobically at temperatures ranging from 30 to 65°C and within the pH range of 5.0 to 8.5 with optimum growth at 55°C and the pH 7.0. Elemental sulfur and thiosulfate served as alternative electron acceptors whereas sulfate did not. Cellular extract of strain 64G3 grown in a basal medium containing soluble starch displayed hydrolytic activity towards soluble starch. The amylase system includes at least two individual enzymes. Amylase activity of the cell extract was detected in a wide temperature range (30-80°C), with optimal enzyme activity at 75°C. By using degenerate primer for PCR amplification of GH13 enzyme coding regions in combination with other molecular methods, a full amylase coding gene containing four conserved regions of α-amylase was obtained. The deduced sequence showed low identities (up to 40%) to other known amylases. This 1992 bp coding gene was heterologously expressed in E. coli and its product (amylase) was characterized. Under common expression conditions, the 77 kDa amylase (rAmyA) was predominantly produced as inclusion bodies (insoluble protein). The minor amount of soluble active amylase was used for purification and characterization of the enzyme. rAmyA was active on starch at temperatures between 30-55°C, with an optimum at 45oC. It is not thermostable because it was completely inactive after incubation at 65°C for 15 min. The enzyme was active over a pH range from 4.5-8.0, with an optimum at pH 6.5. Beside starch, rAmyA also hydrolysed glycogen, amylose, amylopectin and other oligosaccharides. Pullulan and cyclodextrins were not the substrates for this amylase. The enzyme hydrolyzed starch in an endo-acting manner, releasing maltose and maltotriose as major products and a lesser amount of glucose. On the basis of the primary structure, the substrate specificities and the hydrolysis pattern, rAmyA was classified as an endo-acting α-amylase (EC. 3.2.1.1). The cpn10/60 operon from psychrophilic O. antarctica was cloned and expressed in B. subtilis using a multi-copy plasmid. The amounts of soluble 60 kDa Cpn60 and 10 kDa Cpn10 produced at temperature ranging from 10 - 30°C were high and stable during cell growth. To investigate the impact of psychrophilic chaperonin on cold adaptation, cells with (cpn+) and without (cpn-) cpn10/60 operon were grown at 10 and 15°C. Growth comparison between two strains revealed that psychrophilic chaperonin did not support cold adaptation of B. subtilis at 10 and 15°C as it did in E. coli. A single copy of O. antarctica cpn10/60 operon was integrated into the amyE locus of the B. subtilis chromosome. The yeast α-glucosidase, a theoretic protein substrate for this chaperonin, was heterologously produced in B. subtilis at temperatures ranging from 15-30°C. Within this temperature range, the major amount of this protein appeared as inclusion bodies. Co-expression of O. antarctica cpn10/60 operon at 15°C, however, did not result in a higher activity of glucosidase. Moreover, SDS-PAGE analysis of cellular insoluble fractions revealed that the amount of insoluble enzyme produced in cpn+ cells did not decrease in comparison with that produced in cpn- cells, indicating that the recombinant chaperonin had no impact on recovery of active α-glucosidase from the inclusion bodies.
Klebsiella pneumoniae is a common member of the intestinal flora of vertebrates. In addition to opportunistic representatives, hypervirulent (hvKp) and antibiotic-resistant K. pneumoniae (ABR-Kp) occur. While ABR-Kp isolates often cause difficult-to-treat diseases due to limited therapeutic options, hvKp is a pathotype that can infect healthy individuals often leading to recurrent infection. Here, we investigated the clinical K. pneumoniae isolate PBIO3459 obtained from a blood sample, which showed an unusual colony morphology. By combining whole-genome and RNA sequencing with multiple in vitro and in vivo virulence-associated assays, we aimed to define the respective Klebsiella subtype and explore the unusual phenotypic appearance. We demonstrate that PBIO3459 belongs to sequence type (ST)20 and carries no acquired resistance genes, consistent with phenotypic susceptibility tests. In addition, the isolate showed low-level virulence, both at genetic and phenotypic levels. We thus suggest that PBIO3459 is an opportunistic (commensal) K. pneumoniae isolate. Genomic comparison of PBIO3459 with closely related ABR-Kp ST20 isolates revealed that they differed only in resistance genes. Finally, the unusual colony morphology was mainly associated with carbohydrate and amino acid transport and metabolism. In conclusion, our study reveals the characteristics of a Klebsiella sepsis isolate and suggests that opportunistic representatives likely acquire and accumulate antibiotic resistances that subsequently enable their emergence as ABR-Kp pathogens.
Antimicrobial resistance (AMR) is a serious global health threat and extended-spectrum beta-lactamase (ESBL)-producing Enterobacterales are a major contributor. This study aimed to gain a deeper insight into the AMR burden of wild animals. In total, 1595 fecal samples were collected by two systematic searches in Mecklenburg-Western Pomerania, north-east Germany. Samples were screened for ESBL-carrying Escherichia (E.) coli and isolates found were further analyzed using antimicrobial susceptibility testing and whole-genome sequencing. We found an estimated prevalence of 1.2% ESBL-producing E. coli in wild boar and 1.1% in wild ruminants. CTX-M-1 was the most abundant CTX-M type. We also examined fecal samples from wild boar and wild ruminants using shotgun metagenomics to gain insight into the resistome in wild animals. The latter revealed significantly lower normalized counts for AMR genes in wildlife samples compared to farm animals. The AMR gene levels were lower in wild ruminants than in wild boar. In conclusion, our study revealed a low prevalence of ESBL-producing E. coli and a low overall AMR gene burden in wild boar and wild ruminants, probably due to the secluded location of the search area.
Background
In addition to the broad dissemination of pathogenic extended-spectrum beta-lactamase (ESBL)-producing Escherichia (E.) coli in human and veterinary medicine and the community, their occurrence in wildlife and the environment is a growing concern. Wild birds in particular often carry clinically relevant ESBL-producing E. coli.
Objectives
We analyzed ESBL-producing and non-ESBL-producing E. coli obtained from wild birds in Mongolia to identify phylogenetic and functional characteristics that would explain the predominance of a particular E. coli clonal lineage in this area.
Methods
We investigated ESBL-producing E. coli using whole-genome sequencing and phylogenetics to describe the population structure, resistance and virulence features and performed phenotypic experiments like biofilm formation and adhesion to epithelial cells. We compared the phenotypic characteristics to non-ESBL-producing E. coli from the same background (Mongolian wild birds) and genomic results to publicly available genomes.
Results and Conclusion
We found ESBL-producing E. coli sequence type (ST) 1159 among wild birds in Mongolia. This clonal lineage carried virulence features typical for extra-intestinal pathogenic or enterotoxigenic E. coli. Comparative functional experiments suggested no burden of resistance in the ST1159 isolates, which is despite their carriage of ESBL-plasmids. Wild birds will likely disseminate these antibiotic-resistant pathogens further during migration.
Natürliche Metabolite sind Ausgangsstoff für eine Reihe von Arzneimitteln wie zum Beispiel Antibiotika. Doch bis zur Anwendung am Menschen sind viele Analyseschritte notwendig. Da viele Naturstoffe nicht in ausreichenden Mengen zur Verfügung gestellt werden können, wird deren Funktionsanalyse und Anwendung erschwert. Für dieses Defizit sind im Wesentlichen zwei Ursachen zu nennen. Entweder ist eine Vielzahl der Produzenten nicht kultivierbar oder eine ausreichende Synthese ist unter Laborbedingungen im Ausgangsstamm nicht möglich. Aus diesem Grund sind alternative Strategien wie zum Beispiel eine heterologe Expression dieser Synthese-Cluster in geeigneten Wirten notwendig. Dies war der Ansatzpunkt für die vorliegende Arbeit. Eine besondere Bedeutung innerhalb der Naturstoffe kommt der strukturell diversen und mitunter sehr komplexen Gruppe der Polyketide und nichtribosomalen Peptide zu, die oft pharmazeutisch relevante Wirkungen aufweisen. Die für ihre Synthese verantwortlichen Enzyme (PKS und NRPS) sind häufig beachtliche Multienzymkomplexe, die durch Gencluster codiert werden, deren Größe von 10–100 kbp reichen kann. Bisher wurden für die heterologe Produktion dieser Metabolite in erster Linie Actinomyceten wie zum Beispiel Streptomyces coelicolor und Myxococcus xanthus, die selbst eine Vielzahl an Polyketiden und nichtribosomalen Peptiden synthetisieren, oder Escherichia coli genutzt. In der vorliegenden Arbeit wurde Bacillus subtilis, der bereits breite Anwendung in der industriellen Herstellung von technischen und pharmazeutischen Proteinen findet, erstmals als heterologer Wirt für die Synthese eines Polyketids (6-Desoxyerythronolid B) und eines nichtribosomalen Peptids (Enniatin B) eingesetzt. Zu diesem Zweck wurde ein Klonierungsprotokoll für die schnelle und wiederholte Genommodifizierung entwickelt. Dieses basiert auf der Kombination von transformationssteigernden Elementen (sogenannten six-sites) mit der chromosomalen Integration einer induzierbaren Kopie des Kompetenzfaktors ComS. Zur Markerentfernung wurde das Cre-lox-System implementiert. Durch die zusätzliche Deletion des Restriktions- und Modifikationssystems wurde eine weitere Voraussetzung zur chromosomalen Integration großer Gencluster geschaffen. Damit steht nun ein optimiertes Protokoll für die Konstruktion von B. subtilis-Expressionsstämmen und deren weiterer genomischer Modifizierung zur Verfügung. Als Vertreter einer komplexen Polyketidsynthase wurde die Desoxyerythronolid B-Synthase (DEBS) aus Saccharopolyspora erythraea ausgewählt. Dieser aus drei ca. 300–350 kDa großen Proteinen (DEBS1–3) bestehende Enzymkomplex ist für die Bildung des Makrolids 6-Desoxyerythronolid B (6dEB) verantwortlich, das die Vorstufe des antibiotisch wirksamen Erythromycins darstellt. Das korrespondierende Gencluster umfasst drei ca. 10 kb große Gene (eryAI–III) und konnte erfolgreich in drei Operonstrukturen im Genom von B. subtilis lokalisiert werden: als i) natürliches Operon, ii) modifiziertes Operon mit optimierten RBS und iii) drei separate Expressionskassetten. Unter fed-batch-simulierenden Bedingungen (EnBase-System) gelang dabei ein positiver Metabolitennachweis für den Stamm mit drei separaten Expressionskassetten. Um das Zellwachstum und die 6dEB-Synthese zu verbessern, wurden weiterführende Genommodifizierungen des Produktionsstammes vorgenommen, von denen sich einige positiv auf die Produktbildung auswirkten. Mit diesem Versuch wurde erstmals die prinzipielle Eignung von B. subtilis als heterologer Produzent für komplexe Polyketide erbracht. Die Enniatin-Synthetase (ESyn) aus dem filamentösen Pilz Fusarium oxysporum wurde als Beispiel einer nichtribosomalen Peptidsynthetase in die Arbeit einbezogen. Aufgrund der handhabaren Größe des esyn-Gens (10 kb) wurde die Expression auf single- und multi-copy-Level untersucht. Dabei wurde auch der Einfluss verschiedener Genommodifizierungen und Änderungen in den Wachstumsbedingungen auf die Produktbildung analysiert. Die Kultivierungsversuche inklusive Metabolitenanalyse wurden in Kooperation mit dem Institut für Biologische Chemie an der TU Berlin durchgeführt. Abschließende Konzentrationen des entsprechenden Metaboliten (Enniatin B), einem zyklischen Hexadepsipetid mit zahlreichen antiinfektiven Wirkungen, wurden auf 4,5 µg/L (single-copy) bzw. 1,2mg/L (multi-copy) beziffert. Damit konnte in B. subtilis zum ersten Mal die heterologe Produktion eines gattungsfremden nichtribosomalen Peptids demonstriert werden. Zusammengefasst beschreibt die präsentierte Arbeit die erfolgreiche Produktion eines komplexen Polyketids und eines nichtribosomalen Peptids. Obwohl weitere Untersuchungen notwendig sind, um einige unerwartete Effekte bestimmter Genommodifizierungen aufzuklären und eine weitere Steigerung in der Produktausbeute zu erreichen, konnte eindeutig belegt werden, dass sich B. subtilis als Wirt für die heterologe Produktion von Sekundärmetaboliten eignet.
Highly Virulent and Multidrug-Resistant Escherichia coli Sequence Type 58 from a Sausage in Germany
(2022)
Studies have previously described the occurrence of multidrug-resistant (MDR) Escherichia coli in human and veterinary medical settings, livestock, and, to a lesser extent, in the environment and food. While they mostly analyzed foodborne E. coli regarding phenotypic and sometimes genotypic antibiotic resistance and basic phylogenetic classification, we have limited understanding of the in vitro and in vivo virulence characteristics and global phylogenetic contexts of these bacteria. Here, we investigated in-depth an E. coli strain (PBIO3502) isolated from a pork sausage in Germany in 2021. Whole-genome sequence analysis revealed sequence type (ST)58, which has an internationally emerging high-risk clonal lineage. In addition to its MDR phenotype that mostly matched the genotype, PBIO3502 demonstrated pronounced virulence features, including in vitro biofilm formation, siderophore secretion, serum resilience, and in vivo mortality in Galleria mellonella larvae. Along with the genomic analysis indicating close phylogenetic relatedness of our strain with publicly available, clinically relevant representatives of the same ST, these results suggest the zoonotic and pathogenic character of PBIO3502 with the potential to cause infection in humans and animals. Additionally, our study highlights the necessity of the One Health approach while integrating human, animal, and environmental health, as well as the role of meat products and food chains in the putative transmission of MDR pathogens.
Das In vitro-Testsystem der Gefäß-simulierenden Durchflusszelle (vessel-simulating flow-through cell, vFTC) ermöglicht die Untersuchung der Wirkstofffreisetzung und -verteilung aus Arzneistoff-freisetzenden Stents (drug-eluting stents, DES) zwischen dem Perfusionsmedium, dem Hydrogelkompartiment und dem in der Stentbeschichtung verbliebenden Wirkstoffanteil. Die vorliegende Forschungsarbeit hatte zum Ziel, die physikochemischen Eigenschaften des Gefäß-simulierenden Gelkörpers (ein 3 %iges Alginat-Gel) unter Erhaltung definierter Materialeigenschaften wie Elastizität, Festigkeit und Formstabilität der Hydrogelkompartimente unter Perfusionsbedingungen zu verändern und den Einfluss der Einbettungsbedingungen auf die Wirkstofffreisetzung und -verteilung von mit Modellwirkstoffen-beschichteten Stents in der vFTC zu untersuchen. Die Modifizierung der physikochemischen Eigenschaften des Alginat-basierten Hydrogelkompartimentes konnte durch Integration des hydrophoben Adsorbens LiChroprep® RP-18 sowie durch den Austausch der wässrigen Phase durch die o/w-Emulsion Lipofundin erfolgreich abgeschlossen werden. Dabei zeigte die 5 %ige LiChroprep-Formulierung eine schnelle Gelierung, ergab formstabile Gelkörper und beobachte Auswaschungseffekte des inkorporierten Adsorbens (bei einem Masseanteil im Gel von ≤ 10 %) unter Perfusion in der vFTC blieben aus. Eine maximale Änderungen der Verteilungseigenschaften ergab sich für die Kombination der hydrophoben Modellsubstanz Triamteren mit dem LiChroprep-Gel (Verteilungskoeffizient von ~ 5). Im Rahmen der Freisetzungs- und Verteilungsuntersuchungen in der vFTC konnte eine Anreicherung im LiChroprep-Gel (gegenüber dem Alginat-Gel) beziehungsweise eine Änderung der Wirkstoffverteilung zwischen den Kompartimenten Freisetzungsmedium, Hydrogel und Stentbeschichtung jedoch nicht bestätigt werden. Die numerische Modellierung der experimentellen Freisetzung mittels Finite-Elemente zeigte jedoch, dass im Fall von Triamteren der Einfluss einer Gelhydrophobisierung auf die Freisetzung und Verteilung mit steigender Entleerungsgeschwindigkeit des Modellwirkstoffes aus der Stentbeschichtung zunimmt. Für die In vitro-Testung von DES in der vFTC über einen verlängerten Versuchszeitraum von 28 Tagen konnten geeignete, Langzeit-stabile Gelformulierungen aus Agar, Agarose, Polyacrylamid und Polyvinylalkohol gefunden werden. Diese unterschieden sich hinsichtlich ihrer Herstellungstechnik, ihren Quellungseigenschaften, ihrer makroporösen Gelstruktur, ihren Verteilungs- und Diffusionseigenschaften sowie den Materialeigenschaften, Gelfestigkeit und Elastizität. Der Vergleich der mit Hilfe des Texture Analyser ermittelten Kraft-Deformations-Profile der Gelkörper vor und nach 28-tägiger Perfusion in der vFTC zeigte, dass die untersuchten Materialeigenschaften, Festigkeit und Elastizität, im Fall der Agarose-, Polyacrylamid- und Polyvinylalkohol-Gelkörper trotz kontinuierlicher Scherbeanspruchung durch Perfusion des Gellumens nahezu unverändert waren. Aufgrund der schnellen und simplen Herstellungstechnik, der milden Gelierungsbedingungen, der elastischen Eigenschaften und der nahezu unveränderten mechanischen Stabilität unter Flussbedingungen in der vFTC erscheint das Agarose-Gel der vielversprechendste Kandidat der für die vFTC neu entwickelten Gelformulierung zu sein. Die Untersuchung der Diffusions- und Verteilungseigenschaften in den Langzeit-stabilen Hydrogelkompartimenten ergab eine Gleichverteilung der hydrophoben Modellsubstanz Triamteren zwischen dem Agar-, dem Agarose- beziehungsweise dem Polyacrylamid-Gel und dem flüssigem Kompartiment, während für die Polyvinylalkohol-Formulierung eine minimale Anreicherung (Verteilungskoeffizient von ~ 2) im Hydrogel gezeigt werden konnte. Die Wirkstoffdiffusion im Gel variierte von 2 x 10-4 mm2/s für Polyvinylalkohol, 5 x 10-4 mm2/s für Alginat und Polyacrylamid bis 8 x 10-4 mm2/s für Agarose. Die theoretische Modellierung der experimentellen Freisetzung mittels Finite-Elemente-Methode ergab in Abhängigkeit unterschiedlicher Entleerungsgeschwindigkeiten aus dem Wirkstoffreservoir und unter Berücksichtigung der unterschiedlichen Verteilungs- und Diffusionseigenschaften von Triamteren in den Langzeit-stabilen Hydrogelkompartimenten die schnellste Wirkstofffreisetzung in das Gel und die höchste Wirkstoffanreicherung im Gel im Fall des Polyvinylalkohol-Gelkörpers. In Abhängigkeit unterschiedlicher Diffusionsgeschwindigkeiten in einem Modellgel (bei konstantem Verteilungskoeffizienten- und gleichbleibenden Entleerungsgeschwindigkeiten aus der Polymerbeschichtung) konnte gezeigt werden, dass die Geschwindigkeit der Wirkstofffreigabe ins Freisetzungsmedium mit steigender Wirkstoffdiffusion im Hydrogel reduziert ist. Gleichzeitig ist die Entleerungsgeschwindigkeit aus dem Wirkstoffreservoir gesenkt, während der absolut ins Hydrogel eluierte Wirkstoffanteil steigt sowie terminal anschließend langsamer ins Medium rückverteilt wird. So scheinen die physikochemischen Eigenschaften des Hydrogelkompartimentes im Rahmen der experimentell durchgeführten Gelmodifikationen/Gelbildnersubstitution eine untergeordnete Rolle auf das Freisetzungs- und Verteilungsverhalten der Modellwirkstoffe aus DES in der vFTC zu spielen. Die numerischen Modellierungen der experimentellen Wirkstofffreisetzung zeigen jedoch, dass eine Änderung der Verteilungs- und Diffusionskoeffizienten im Hydrogel und in der Stentbeschichtung zu Konzentrationsunterschieden in den Verteilungskompartimenten führen kann. So nimmt mit zunehmender Hydrophobisierung des Hydrogelkompartimentes, mit steigender Entleerungsgeschwindigkeit aus dem Wirkstoffreservoir und einer verlangsamten Diffusion im Hydrogel der Einfluss des Hydrogelkompartimentes auf die Wirkstofffreisetzung und verteilung in der vFTC zunimmt.
Ein Netzwerk aus Rezeptoren und Signalkaskaden reguliert Wachstum, Differenzierung und Überleben von Zellen. Wird dieses Netzwerk aus dem Gleichgewicht gebracht, können die Zellen zu Tumorzellen transformieren. Der epidermale Wachstumsfaktor Rezeptor (EGFR) stellt eine treibende Kraft in diesem Netzwerk dar und ist ein Ziel zahlreicher Tumortherapeutika. Aufgrund weitläufiger Resistenzbildung ist die Identifizierung verantwortlicher Strukturen von großer Bedeutung um die entarteten Signalkaskaden synergistisch einzudämmen. Nach Aktivierung des EGFR wird eine signalspezifische Antwort durch Rekrutierung von Adapterproteinen an die intrazelluläre Domäne initiiert. Die veränderte Zusammensetzung der Signalproteine könnte Angriffspunkte für neue Therapieansätze enthüllen. Um die zugrundeliegenden Mechanismen zu entschlüsseln, wurden mehrere Proteom-Untersuchungen auf Zelllysate angewendet. Ungeachtet der Sensitivität moderner Geräte stellt die Identifizierung niedrig-abundanter Proteine im Proteom einer Zelle jedoch eine Herausforderung dar. Die Identifizierung differentieller Proteinmuster des EGFR-Interaktom in Abhängigkeit von Resistenz und Rezeptor variante war das Ziel dieser Arbeit. Der EGFR samt seiner Interaktionspartner wurde aus Zelllysaten präzipitiert. Anschließend wurden die Proteine in einer SDS-PAGE aufgetrennt und nach in-Gel-Verdau mit LC-MS/MS analysiert. Aus Lysaten von A431-Zellen wurden 183 Proteine in vier Bioreplikaten detektiert. Darunter 15 direkte Interaktionspartner, wie GRB2, SHC1, SOS1/2, STAT1/3, AP2 sowie P85B. Die Berechnung des normalized spectral abundance factor (NSAF) anhand der Anzahl gemessener Spektren und der Molekularmasse eines Proteins ermöglichte eine relative Quantifizierung der Proteinmenge. Die Menge der copräzipitierten Proteine war nach EGFR-Aktivierung durch EGF für 14 Proteine mehr als zweifach erhöht. Davon waren Untereinheiten des AP2 Komplexes am stärksten an aktivierten EGFR assoziiert. Abschließend wurde die Interaktion mit AP2 und die neu aufgedeckte Interaktion mit CIP2A durch Immunfluoreszenz und Western Blot-Analyse bestätigt. Nachdem die Funktionalität der Methode gezeigt werden konnte, wurde die Anwendung um das Modell einer akuten Afatinib-Resistenz erweitert. Im A431-Zellmodell wurde durch die Inkubation in Fibroblasten-konditioniertem Medium eine Resistenz gegen Afatinib beobachtet. Im Rahmen dieser Arbeit sollte ermittelt werden, ob sich der Einfluss der temporären Resistenz am Interaktionsmuster des EGFR widerspiegelt. Die MS-Analyse identifizierte 145 Proteine deren Assoziation an EGFR durch Afatinib mindestens zweifach verringert wurde, darunter GRB2, SOS1, SHC1, STAT2/3 sowie PK3CB und P85B. Aus dieser Analyse wurde ein Pool aus 137 Proteinen ermittelt, die potentiell Teil des induzierten Resistenzmechanismus sein könnten. 32 Proteine, darunter TNAP2, AHNK, SPTCS und der Tumorsuppressor DIDO, weisen funktionelle Ähnlichkeit zu Lungenkrebs auf. Daraufhin wurde die Methode auf das Modell einer chronisch erworbenen Resistenz der Lungenkarzinom-Zelllinie HCC4006 gegen Erlotinib angewendet. Die Analyse sollte zunächst differentielle Proteinmuster des Grundzustandes in Abhängigkeit zur erworbenen Resistenz identifizieren. Die Morphologie der Erlotinib-resistenten HCC4006-Zellen weist Merkmale einer EMT auf, die als Resistenzmechanismus für verschiedene Tumore beschrieben ist. Im Einklang mit dieser Beobachtung wurden Hinweise auf rege Veränderungen des Zytoskeletts in der vorliegenden MS-Analyse der resistenten HCC4006-Zellen gefunden. In unbehandelten Zellen wurden abhängig vom Resistenz-Status der Zellen 178 Proteine mit mindestens zweifach veränderter Assoziation an EGFR detektiert. Darunter fanden sich die Proteine der Zytoskelettreorganisation Plectin, Spectrin und ZO1, welche in resistenten Zellen bis zu 70 fach erhöht waren. Das Angiogenese-Protein Nostrin ist hingegen nach Resistenzentwicklung stark vermindert. Nach Behandlung mit Erlotinib und EGF war die Assoziation von 148 Proteinen durch Erlotinib Resistenz verändert. Darunter befanden sich HEAT1, EF1A1, UBS3B und AP3B1 die in sensitiven Zellen durch Erlotinib stärker dissoziierten als in den resistenten Zellen. Abschließend wurde die differentielle Analyse auf zwei EGFR VarianteIII (vIII) transfizierte Glioblastomzelllinien übertragen. In den P3-Zellen sind 95 Proteine in Abhängigkeit der Rezeptorvariante zweifach verändert an EGFR assoziiert. Darunter waren JAK1, GRB2, PRKDC und SNX-3, 17 und 27 vermehrt an vIII assoziiert, wohingegen PHB2 bevorzugt an Wildtyp-EGFR assoziiert. In den NCH421k Glioblastomzellen ist die Affinität für vIII bei 245 Proteinen zweifach verändert. Darunter die Phosphokinasen P85A und P85B mit stark erhöhter vIII-Affinität. Für vIII ist eine bevorzugte Initiierung des PI3K/AKT Signalweges, sowie eine konstitutive Aktivität bereits beschrieben. Mit dem Abschluss dieser Arbeit liegt ein Protokoll zur differentiellen Analyse der EGFR Interaktionsmuster vor
Non-thermal atmospheric pressure plasma has drawn more and more attention to the field of wound healing research during the last two decades. It is characterized by a unique composition, which includes amongst others free radicals, ions and electrons. Furthermore, non-thermal plasma exhibits temperatures that are below those inducing thermal cell damage. Next to its well-established anti-bacterial properties, plasma can have lethal as well as stimulating effects on mammalian cells. Therefore, the medical application of non-thermal plasma on chronic wounds seems to be a promising tool to enable healing processes. However, less is known about the plasma-mediated induction of intracellular signaling pathways in human immune cells, which play a leading part in the process of wound recovery and removal of pathogens. Therefore, this thesis examined the cellular effects of a non-thermal atmospheric pressure plasma treatment on human immune cells using the argon plasma jet kinpen 09. Here, the CD4+ T helper cell line Jurkat, the monocyte cell line THP-1 as well as the corresponding primary cells were investigated. First, cell survival and apoptosis induction was assessed in response to non-thermal plasma treatment by growth curves and flow cytometric assays. On the one hand it could be shown that primary cells are more susceptible to plasma treatment than the respective cell lines. On the other hand, monocytes responded less sensitive to plasma exposure than lymphocytes. Furthermore, this thesis outlined the impact of non-thermal plasma treatment on the gene expression level of immune cells. Therefore, DNA microarray analysis was performed with the cell lines Jurkat and THP-1. It became obvious that plasma exposure modulated the expression of several genes in both cell types. Differential expression of distinct target genes was further validated by quantitative PCR in the immune cell lines. Here, elevated gene expression levels of JUN and FOS in Jurkat cells and increased transcription of JUND in THP-1 cells in response to plasma treatment were made visible. JUN, FOS and JUND are components of the transcription factor AP-1, which is involved amongst others in gene expression of IL-8 and HMOX-1. Consequently, transcriptional induction of the inflammatory cytokine IL-8 as well as the enzymes HMOX-1 and GSR was detected in plasma-treated THP-1 cells. In addition, alterations in the protein activation levels were analyzed in plasma-treated Jurkat, THP-1 cells and primary monocytes. Since some of the identified target genes are known to be associated with the MAPK pathways, the regulation of these cascades was further investigated by western blot analysis. In all investigated cell types the pro-proliferative signaling molecules ERK 1/2 and MEK 1/2 as well as the pro-apoptotic signaling proteins p38 MAPK and JNK 1/2 were activated in a plasma treatment time dependent manner. In contrast to Jurkat and primary monocytes, the anti-apoptotic HSP27 was only induced in THP-1 cells in response to plasma exposure. Moreover, modulation of cytokine production and secretion was examined in the different immune cell types and co-cultured THP-1 and HaCaT keratinocytes by ELISA or flow cytometry. While Jurkat cells showed no plasma-mediated regulation of cytokine expression, THP-1 cells revealed an increased IL-8 secretion after long plasma time duration (360 s). Additionally, the intracellular expression levels of IL-6 and IL-8 were modulated in primary monocytes by plasma exposure. While short plasma treatment caused no alteration of the number of cells expressing IL-8 an up-regulation of the intracellular IL-6 level occurred after 30 s of plasma treatment. Long plasma treatment times resulted in a significant decrease of the intracellular IL-8 and IL-6 production levels. Furthermore, co-cultured THP-1 and HaCaT cells as well as mono-cultured THP-1 and HaCaT cells were examined regarding their cytokine secretion profile. Here, cells treated with plasma (180 s) as well as LPS and plasma (180 s and LPS) were compared with untreated cells. IL-6, IL-8 and GM-CSF secretion was induced by both plasma and plasma combined with LPS treatment in mono-cultivated HaCaT cells and co-cultured cells. Though, the highest cytokine secretion levels were reached in the plasma and LPS exposed co-culture. In contrast, mono-cultivated THP-1 cells only showed an increased secretion of IL-6, IL-8 and TNFa after incubation with plasma together with LPS exposed medium. In conclusion, this study revealed for the first time the non-thermal plasma-modulated expression of numerous genes and cytokines and the activation state of various signaling cascades in human immune cells. Thus, it contributes to gain a better understanding of the immune-modulatory impacts of plasma that might promote the wound healing process.
There is a growing interest in the application of non-thermal atmospheric pressure plasma for the treatment of wounds. Due to the generation of various ROS and RNS, UV radiation and electric fields plasma is a very promising tool which can stimulate skin and immune cells. However, not much is known about the mammalian cell responses after plasma treatments on a molecular level. The present work focusses on the impact of plasma on cell signaling in the human keratinocyte cell line HaCaT by using the methods DNA microarray, qPCR, ELISA and flow cytometry. Here, cell signaling mediators such as cytokines and growth factors which could promote wound healing by enhancing angiogenesis, reepithelization, migration and proliferation were of major interest. Additionally, the crosstalk between keratinocytes and monocytes was studied using a co-culture. For the first time extensive investigations on the impact of plasma on cell signaling in human keratinocytes were conducted. The most prominent cytokines and growth factors which were regulated by plasma at gene and protein level were VEGF-A, GM-CSF, HB-EGF, IL-8, and IL-6. The latter was not activated due to the JAK/STAT-pathway but probably by a combined activation of MAPK- and PI3K/Akt-pathways. By the use of conditioned medium it was found out that ROS and RNS generated directly after plasma treatment induced larger effects on cell signaling in keratinocytes than the subsequently secreted growth factors and cytokines. Furthermore, monocytes and keratinocytes hardly altered their secretion profiles in co-culture. From these results it is deduced that the plasma generated reactive species are the main actors during cell signaling. In order to differentiate the impact of ROS and RNS on the cellular response the ambience of the plasma effluent was controlled, varying the ambient gas composition from pure nitrogen to pure oxygen. Thereby a first step towards the attribution of the cellular response to specific plasma generated reactive species was achieved. While IL-6 expression correlated with ROS generated by the plasma source, the cell signaling mediators VEGF-A, GM-CSF and HB-EGF were significantly changed by RONS. Above all hydrogen peroxide was found to play a dominant role for observed cell responses. In summary, plasma activates wound healing related cell signaling mediators as cytokines and growth factors in keratinocytes. It was also shown that the generated reactive species mainly induced cell signaling. For the first time cell responses can be correlated to ROS and RONS in plasma treated cells. These results underline the potential of non-thermal atmospheric pressure plasma sources for their applications in wound treatment.
Oral administration of drugs is the most common, convenient, safest and economical route of drug administration. There is lack of established tools to study the function of transporters in the intestinal absorption of drugs. Because of its favorable physico-chemical, pharmacokinetic and pharmacodynamic characteristics, trospium could be potentially used as a probe substrate to study the function of drug transporters. Therefore, this study was conducted to examine the suitability of trospium chloride as a probe drug to study the function of multidrug transporters in the human body. To this end, two randomized, controlled, four-period, cross-over pharmacokinetic drug interaction studies of oral and intravenous trospium with co-medication of oral clarithromycin or ranitidine were performed in 24 healthy subjects to mechanistically characterize the role of P-gp, OATP1A2, OCT1, OCT2, MATE1 and MATE2-K in the absorption and disposition of trospium. The contribution of the drug transporters in the absorption and disposition of trospium were examined in isolated systems using in vitro uptake and inhibition assays in transporter transfected human cell lines.
OCT1 (Vmax = 0.8 ± 0.1 nmol/min × mg) is a high capacity transporter of trospium compared to OCT2 (Vmax = 0.04 ± 0.01 nmol/min × mg). But the OCT2 (Km = 0.5 ± 0.1 µM) transporter demonstrated a high affinity in the transport of trospium compared to OCT1 (Km = 17.4 ± 2.1 µM). OCT1 genetic alleles *2, *3, *4 and *7 resulted in significant loss of activity and the alleles *5 and *6 caused complete loss of uptake of trospium. The common OCT2 genetic allele Ser270 caused slight but significant increase in activity of OCT2.
Ranitidine inhibits OCT1 (IC50 = 186 ± 25 µM), MATE1 (IC50 = 134 ± 37 µM) and MATE2-K (IC50 = 35 ± 11 µM)-mediated uptake of trospium in vitro. But it is a weak inhibitor of OCT2 transporter (IC50 = 482 ± 105 µM). Using FDA and EMA in vitro to in vivo extrapolation models, ranitidine was predicted to have a potential inhibition effect on intestinal OCT1 ([I]2/IC50 ~40), renal MATE1 ([I]1/IC50 ~0.02) and MATE2-K ([I]1/IC50 ~0.1) transporters in vivo. Clarithromycin was predicted to cause DDI by inhibiting P-gp-mediated efflux of trospium at the intestine ([I]2/IC50 of ~310) and hepatocytes ([I]3/IC50 ~1). Therefore, co-medication of oral clarithromycin was expected to result in an increase in oral absorption and hepatic clearance of trospium but not changes in distribution volume.
In healthy subjects, oral trospium is slowly (MAT ~10 h) and poorly (F ~10 %) absorbed from the jejunum and cecum/ascending colon, widely distributed into the body (Vss = 5 - 6 l/kg) and slowly eliminated (t1/2 = 9 - 10 h) majorly via renal glomerular filtration and tubular secretion (CLR ~500 ml/min). After co-medication of clarithromycin (inhibitor of P-gp), on the contrary to our IVIVE prediction, we found a non-expected but significant expansion of the shallow and deep distribution spaces for trospium by ~27 %. A single dose administration of trospium with co-medication of ranitidine (inhibitor of OCT1) resulted in no effect on the intestinal absorption of trospium. But the renal clearance of trospium decreased slightly (15 %) but significantly.
Intravenously administered trospium (2 mg TC) might be a suitable probe drug to evaluate the effects of a P-gp inhibitor on distribution of a drug. Oral trospium chloride can be selected for DDI studies with new chemical entities (NCE) with predicted inhibitory potential on OCT1 and P-gp and which are available after oral absorption along the small intestine and in the cecum/ascending colon. Another kind of application of trospium chloride might be pharmacogenomics studies in subjects with functionally relevant polymorphisms of P-gp and OCT1 or in patients with suspected transport failure due to intestinal diseases. The function of the efflux transporters MATE1 and MATE2-K in the PTC of the kidneys can be well assessed with the probe drug trospium by measuring its renal clearance.
Im Laufe der letzten Jahre hat sich herausgestellt, dass Transportproteine einen entscheidenden Beitrag zur Absorption, Verteilung und Elimination zahlreicher Endo- und Xenobiotika leisten. Vor allem die hepatobiliäre Elimination nimmt eine Schlüsselrolle in systemischen Clearance-Prozessen ein. Vor dem Hintergrund, dass immer mehr hochmolekulare und metabolisch stabile Stoffe Eingang in die Arzneistoffentwicklung finden und diese vorwiegend hepatobiliär eliminiert werden, wurde es erforderlich, differenziertere Kompartimentmodelle zu entwickeln, um singuläre Substanzeffekte auf zellulärer Ebene zu untersuchen. Gerade Interaktionen zwischen simultan verabreichten Arzneistoffen können zu erheblichen Nebenwirkungen durch Veränderung pharmakokinetischer Eliminationsprozesse in Kombination mit erhöhter oder eingeschränkter Bioverfügbarkeit führen. Das Ziel der vorliegenden Arbeit war es daher, für die frühe Arzneistoffentwicklung ein In vitro-Modell auf Basis des pharmakokinetischen Standardtiermodells der Ratte zu konzipieren, welches eine einfache Analyse hepatobiliärer Elimination auf indirektem Weg über die Interaktion mit fluoreszierenden Modellsubstraten ermöglicht. Die Zielvorgabe wurde umgesetzt, indem auf Basis literaturbeschriebener Methoden ein In vitro-Rattenhepatozytenmodell etabliert wurde. Hierfür war es zunächst unerlässlich, geeignete Kultivierungsbedingungen zu identifizieren und zu optimieren. Es konnte gezeigt werden, dass primäre Hepatozyten nur befähigt wurden, sich in vitro zu repolarisieren und eine in vivo-ähnliche Morphologie anzunehmen, wenn sie eingebettet zwischen zwei extrazellulären Kollagenmatrices kultiviert wurden. Diese sogenannte Sandwichkultivierung der Zellen und die Supplementierung des Zellkulturmediums mit dem Glukokortikoid Dexamethason erwiesen sich hierfür als wesentliche Faktoren. Die Hepatozyten reformierten sich folglich innerhalb von 96 Stunden unter Ausbildung eines vollständigen und sehr einheitlichen Gallengangssystems, welches nahezu jeden Hepatozyten umschloss. Nach Etablierung der Zellkultur wurden die sandwichkultivierten Hepatozyten hinsichtlich der Proteinexpression, ausgewählte Transportproteine und Cytochrome umfassend, über einen Kultivierungszeitraum von 10 Tagen charakterisiert, um die Validität des Zellsystems zu gewährleisten. Unter Bei-behaltung der optimierten Kultivierungsbedingungen konnte mit zunehmendem Repolarisierungsstatus der Zellen ein Anstieg der apikalen Transportproteinexpression unter Begleitung einer Erhöhung der molekularen Masse der Transportproteine verzeichnet werden. Als Grund für die Molekulargewichtszunahme im Laufe des Redifferenzierungsprozesses der Zellen konnte die posttranslationale N-Glykosylierung am Beispiel der Transportproteine P-gp, Mrp2 und Bcrp identifiziert werden. Verifiziert wurden die Proteinexpressionsdaten, die apikalen Effluxtransporter P-gp, Mrp2, Bsep und Bcrp betreffend, über die Bestimmung der funktionellen Aktivität unter Verwendung fluoreszierender Modellsubstrate über einen Kultivierungszeitraum von 8 Tagen. Diese funktionelle Aktivität der Transportproteine wurde durch das Erscheinen fluoreszierender Moleküle in den Lumina der Gallenkanälchen ersichtlich und nahm mit voranschreitender Maturierung des Gallenkanalnetzwerkes sowie mit Verstärkung der Transportproteinexpression, gekoppelt mit dem Grad der N-Glykosylierung, zu. Die Selektivität der einzelnen Modellsubstrate wurde mittels in der Literatur beschriebener Substrate und Inhibitoren untersucht und bestätigt. Auf Basis der funktionellen Charakterisierung wurde im Anschluss eine indirekte In vitro-Methode entwickelt, welche die Voraussetzung schuf, Interaktionspotentiale von Arzneistoffen mit Effluxtransportproteinen zu evaluieren. Die Inhibition eines apikalen Transportproteins resultierte dabei prinzipiell in Abhängigkeit der eingesetzten Substanzkonzentration in einer Reduktion des eliminierten fluoreszierenden Modellsubstratanteils, was mit einer Zunahme der intrazellulären Fluoreszenz korrelierte. So konnte aufgezeigt werden, dass bekannte Inhibitoren und Substrate die Transport-proteinaktivität konzentrationsabhängig reduzierten, ohne dass der sichtbare Effekt auf toxische Effekte der eingesetzten Substanzen zurückzuführen war. Dies konnte mittels des Zelltoxizitätsmarkers Alamar blue nachgewiesen werden. Clonidin, welches nicht als ABC-Transportersubstrat beschrieben worden ist, interagierte erwartungsgemäß auch mit keinem der Transportprozesse. Der Einsatz eines derartigen In vitro-Systems in der frühen Arzneistoffentwicklung könnte helfen, geeignete Arzneistoffkandidaten auszuwählen, welche ein geringes Potential aufweisen, mit hepatobiliären Effluxsystemen zu interagieren, um die Gefahr schwerer Arzneimittelnebenwirkungen zu minimieren.
Die meisten der auf dem Markt befindlichen Arzneimittel sind so konzipiert, dass sie ihren Wirkstoff schnell und reproduzierbar im oberen Gastrointestinaltrakt abgeben, um die Absorption aus dem Dünndarm zu erlauben. Für das Zerfalls- und Freisetzungsverhalten dieser Arzneiformen spielt vor allem die gastrale Physiologie eine entscheidende Rolle. Das Zusammenspiel der Formulierung mit bestimmten Parametern des Magens, insbesondere der Magenentleerung, ist aber noch nicht völlig verstanden. Im Rahmen dieser Arbeit wurde deshalb mit Hilfe von In vivo- und In vitro-Methoden untersucht, wie das Freisetzungsverhalten fester, oraler Arzneiformen nach nüchterner Applikation von der gastrointestinalen Physiologie beeinflusst wird.
Im ersten Teil der Arbeit beschäftigten wir uns mit den Ergebnissen einer Bioäquivalenzstudie, in der von einem Industriepartner zwei schnell freisetzende N-Acetylcystein-Formulierungen untersucht wurden. Dabei wurde der Originator, eine schnell freisetzende Tablette eingenommen mit Wasser, mit einem Granulat verglichen, welches einmal mit Wasser und einmal trocken eingenommen wurde. In beiden Studienarmen der Granulat-Formulierung konnte die Bioäquivalenz zum Originator gezeigt werden. Darüber hinaus wurden die Bioäquivalenzkriterien ebenso für die beiden Granulat- Studienarme erfüllt. Aufgrund der guten Permeabilität und der hohen Wasserlöslichkeit des N-Acetylcysteins war ein Einfluss der begleitenden Wassergabe auf die Pharmakokinetik erwartet worden. Die Ursachen für das Abweichen von dieser Erwartung wurden mittels In vitro-Freisetzungsmethoden weiter untersucht. Um die komplexen Bedingungen des Magens In vitro simulieren zu können, wurde das von Garbacz und Weitschies entwickelte biorelevante Freisetzungsmodell Dynamic Open Flow-Through Test Apparatus zur Untersuchung der beiden Formulierungen angewendet. Dabei konnte durch Simulation von biorelevanten Magenentleerungsprofilen gezeigt werden, dass die Wassergabe einen geringen Beitrag zum Transport des Arzneistoffes in den Dünndarm hat. Aufgrund dieser In vitro-Versuche konnten die Ergebnisse der Bioäquivalenzstudie umfassender erklärt werden.
Um die physiologischen Begebenheiten, welche für den Zerfall schnell freisetzender Arzneiformen kritisch sind, In vivo untersuchen zu können, wurde die Salivary Tracer Technique entwickelt. Diese Technik beruht auf der Einnahme einer geringen Dosis Koffein zusammen mit Wasser und anschließender Koffeinkonzentrationsmessung im Speichel. In einer MRT-Humanstudie konnten wir zeigen, dass die Entleerungskinetiken des eingenommenen Wassers aus dem Magen eng mit den Koffeinprofilen im Speichel korrelieren. Je nach Kinetik der Magenentleerung, erreichte gelöstes Koffein den Dünndarm und wurde dort schnell resorbiert und über das Blut in die Speicheldrüsen transportiert. Damit war die Magenentleerung der geschwindigkeitsbestimmende Schritt für das Anfluten von Koffein im Speichel. Somit war es möglich, indirekt, einfach und wenig kostenintensiv, die Magenentleerung einer akalorischen Flüssigkeit zu bestimmen, ohne auf die MRT mit entsprechend geschultem Personal zurückgreifen zu müssen.
In einem nächsten Schritt wurde die Salivary Tracer Technique genutzt, um die In vivo-Zerfallszeiten von Hartgelatinekapseln zu bestimmen. Als Referenz- und Goldstandardmethode diente wiederum die MRT, da es durch die Zugabe von Eisenoxid im MRT möglich war, die Hartgelatinekapseln sichtbar zu machen und deren Integrität zu beurteilen. Um parallel den Zerfall mit der Salivary Tracer Technique zu bestimmen, wurden die Kapseln zusätzlich mit 50 mg Koffein befüllt. In einer Humanstudie wurden die mit den beiden Markersubstanzen beladenen Kapseln auf nüchternen Magen appliziert. Direkt im Anschluss wurden die Probanden im MRT platziert und Messungen in kurzen Zeitintervallen durchgeführt. Nach jeder Messung mussten die Probanden selbständig eine Speichelprobe von geringem Volumen abgeben. Sobald eine Koffeinkonzentration, die größer als die dreifache Bestimmungsgrenze der analytischen Methode war, in einer Speichelprobe nachgewiesen werden konnte, wurde dieser Zeitpunkt als Zerfallszeitpunkt bestimmt. Der statistische Vergleich der Zerfallszeitpunkte der beiden Methoden zeigte eine robuste Korrelation der Werte. Ein geringer Versatz der Zerfallszeitpunkte bei der Salivary Tracer Technique ließ sich dadurch erklären, dass mittels MRT der Zerfall direkt im Magen bestimmt wurde, während für den Koffeinnachweis im Speichel noch das Verteilen, das Lösen und/oder die Entleerung des Koffeins aus dem Magen mit anschließender Resorption im Dünndarm erfolgen muss. Trotz des Versatzes der beiden Methoden von circa 4 min konnte die Studie belegen, dass die Salivary Tracer Technique geeignet ist, mit einer robusten Korrelation zu etablierten Methoden und mit moderatem Studienaufwand den Zerfall schnell freisetzender Arzneiformen zu bestimmen. Besonders der relative Vergleich mehrerer verschiedener Formulierungen in einem Cross-over-Design erscheint mit der Salivary Tracer Technique sinnvoll, da hierbei der Einfluss der Magenentleerung auf die Zerfallszeiten der verschiedenen Formulierungen gleichbleibend sein sollte.
Da eine In vivo-Testung von (Entwicklungs-)Formulierungen, trotz der vereinfachten Methodik, nicht immer möglich und angemessen ist, wurde das Fed Stomach Model als In vitro-Freisetzungsmodell im Rahmen dieser Arbeit weiterentwickelt. Die wesentlichen Modifizierungen des GastroDuos gegenüber dem Fed Stomach Model sind die dünnwandige, transparente Magenzelle, welche geringe Volumina von bis zu 25 mL simulieren kann sowie biorelevante Temperaturprofile des eingebrachten Mediums. Weiterhin wurde die Möglichkeit geschaffen, diese Medien anzusäuern und so verschiedene pH-Profile zu simulieren. Eine weitere Neuheit des GastroDuo ist die Fähigkeit der kontinuierlichen Konzentrationsmessung direkt am Ausgang über ein UV- Lichtleitersystem. Das System eignet sich somit dazu, Druck, Bewegung, pH-Wert, Temperatur und Hydrodynamik in physiologisch relevanter Weise zu simulieren. Diese Parameter werden in sechs Testprogrammen, welche sowohl die mittleren Bedingungen im Magen simulieren als auch die physiologischen Extrema berücksichtigen, in unterschiedlicher Weise abgebildet.
In einer ersten Studie wurde das GastroDuo genutzt, um das Freisetzungsverhalten von vier schnell freisetzenden Arzneiformen genauer zu untersuchen. Weiterhin wurden vergleichende Freisetzungsdaten mittels kompendialer Methoden erhoben. In diesem Screening wurde der Zerfall und die Freisetzung von Koffein aus einer Hartgelatinekapsel, zwei verschiedenen HPMC-Kapseln sowie einer Filmtablette verglichen. Die Auswertung der Freisetzungsuntersuchungen zeigte, dass manche Formulierungen empfindlich gegenüber bestimmten Parametern waren, während eine andere Formulierung dies für diesen Parameter nicht war. Im erstellten Datensatz ergab sich so ein sehr heterogenes Bild der Freisetzungsdaten, das abhängig vom Testprogramm und der jeweiligen Formulierung war.
Im Folgenden sollte untersucht werden, ob die in vitro generierten Daten prädiktiv für das Verhalten der Arzneiformen im Menschen waren. Dafür wurden dieselben vier Formulierungen in einer „4-Wege cross-over“- Humanstudie, mit Hilfe der Salivary Tracer Technique, auf ihr In vivo-Verhalten untersucht. Es ließ sich feststellen, dass das GastroDuo in der Lage war zwischen den Arzneiformen zu unterscheiden, die auch in vivo Unterschiede aufweisen. Dies war mit kompendialen Methoden nicht immer möglich. Der signifikante Vorteil des GastroDuo gegenüber anderen Systemen ist die Möglichkeit, physiologische Extrema getrennt voneinander darzustellen und ihren Einfluss zu quantifizieren. Daher bietet das GastroDuo ein wertvolles Werkzeug, um den Zerfall und die Freisetzung von schnell freisetzenden Arzneiformen besser zu verstehen.
Abschließend lässt sich sagen, dass es uns in der vorliegenden Arbeit gelungen ist, wichtige Hilfsmittel für das Verständnis des Zerfalls- und Freisetzungsverhalten von schnell freisetzender Arzneiformen im nüchternen Magen weiterzuentwickeln. Es ist uns gelungen, bestehende In vitro-Modelle technisch zu verbessern, eine neue In vivo-Methode zu entwickeln und zu valideren, welche eine sinnvolle Ergänzung zu bereits bestehenden In vivo- Methoden darstellt.
The microbiome of the colon is characterized by its great diversity. This varies not only intra- but also interindividually and is influenced by endogenous and exogenous factors, such as dietary and lifestyle factors. The aim of this work was to investigate the extent to which the degradation of the drug sulfasalazine is influenced by different microbiota. Therefore, the in vitro model MimiCol3 was used, which represents the physiological conditions of the ascending colon. In addition to a representative physiological volume, the pH value, redox potential and an anaerobic atmosphere are important to provide the bacteria with the best possible growth conditions. Stool samples were taken from three healthy subjects, comparing omnivorous, vegetarian and meat-rich diets, and cultured for 24 h. However, the nutrient medium used for cultivation led to the alignment of the bacterial composition of the microbiota. The previously observed differences between the diets could not be maintained. Nevertheless, the similar degradation of sulfasalazine was observed in all microbiota studied in MimiCol3. This makes MimiCol3 a suitable in vitro model for metabolism studies in the gut microbiome.
The biological decontamination and sterilization is a crucial processing step in producing and reprocessing of medical devices. Since polymer-based materials are increasingly used for the production of medical devices, the application of conventional sterilization processes are restricted to a certain extent. Conventional sterilization techniques on the basis of high temperatures, toxic gases, or ionizing radiation can be detrimental to the functionality and performance of polymeric materials. For this reason, alternative, gentle, and efficient decontamination processes are required. One possible approach is the use of non-thermal physical plasmas. Especially atmospheric pressure plasma is receiving great interest due to the absence of vacuum systems which is highly attractive for the practical applicability. Its mechanisms of action enable the efficient killing and inactivation of micro-organisms which are attributed to the interaction of plasma-generated reactive oxygen and nitrogen species (ROS, RNS) as well as plasma-emitted (V)UV radiation. Owing to the moderate gas temperatures (near or at room temperature) so-called cold plasmas are well-suitable for the treatment of heat-sensitive materials, such as polymers, without affecting their bulk properties. The present work focuses on the investigation of atmospheric pressure plasma processes for the biological decontamination of polymers. The objective is to help elucidate on the one hand the impact of varied plasma process parameters on the inactivation of micro-organisms and on the other hand the influence of plasma on the surface properties of the substrate. The investigations were performed by means of a high-frequency driven plasma jet (from the product line kINPen) operated with argon and argon-oxygen mixtures. Three main aspects were analyzed: 1. The effect of plasma on the viability of micro-organisms dependent on working gas, treatment time, and the sample distance (distance between the jet nozzle and the substrate). 2. The plasma-based removal of microbial biofilms. 3. The effects of the plasma treatment on the surface properties of selected polymers. Additionally to the capability of the applied plasma jet in killing microbes the efficacy of this plasma jet for the removal of complex biological systems (e.g. biofilms) is shown. To model cell constituents of bacteria different synthetic polymers were chosen to gain insight into the decomposition process responsible for biofilm degradation. By investigating the impact of atmospheric pressure plasma on physico-chemical surface properties of various synthetic aliphatic and aromatic polymers the interaction mechanisms between plasma and plasma-exposed material are discussed. These studies are accompanied by applying different optical plasma diagnostic techniques (optical emission spectroscopy and two-photon absorption laser induced fluorescence spectroscopy) to obtain information on the plasma gas phase which contributes to the elucidation of the reaction mechanisms occurring during plasma exposure. Moreover, it is presented to which extent the plasma treatment influences the surface properties of polymers during the plasma-based bio-decontamination process and further, the benefits of surface-functionalized polymers for biomedical application is discussed.
Research on the science and the fiction of supercritical fluid chromatography (SFC) has been ongoing for more than five decades. Today, packed column SFC promises speedy solutions to chiral and semi-preparative separation problems, but academia has been reluctant to incorporate SFC into its curriculum, as doubts linger concerning its practicability. This work sought to explore the merits of SFC in hyphenation with electrospray ionization--single quadrupole mass spectrometry (ESI-MS) and supercritical fluid extraction (SFE) in various aspects of medicinal chemistry and bioanalysis within an academic setting.
SFC was investigated for its usefulness in assessing the purity and the stability of synthesis products, and the quantification of chiral and achiral metabolites - domains conventionally occupied by high performance liquid chromatography (HPLC).
Confronted with analytes prone to hydrolysis (cyclic polysulfides) and UV-induced configurational changes (aza-stilbenes), fast elution by water-free SFC-MS proved complementary to traditional chromatographic techniques.
The quantification of antidepressant ketamine metabolites presented an opportunity to assess supercritical fluid techniques within a bioanalytical context. While SFC hyphenated to single quadrupole MS did not reach the sensitivity levels of HPLC coupled to triple quadrupole MS/MS, exploitation of supercritical CO2 reduced analysis times more than six-fold (60 minutes by HPLC vs 10 minutes by SFC). When coopted for both extraction and analysis, SFE-SFC-MS simplified sample preparation and promoted the transition from off- to on-line bioanalysis. Similar results were obtained when SFC was applied to acidic and basic metabolites of the controversial anodyne flupirtine. Again, SFC featured shorter run times but also expanded the target metabolite spectrum covered within one run.
Finally, a tiered approach to validation demonstrated the reliability achievable by SFC. Critical applications such as quantification of the newly approved antidepressant ketamine or the recently withdrawn analgesic flupirtine were comprehensively validated according to guidelines on bioanalytical method validation by the European Medicines Agency. Notably, this included the first fully validated chromatographic methods for the putative antidepressant (2R,6R)-6-hydroxynorketamine, and the first report of EMA-conforming quantification by on-line SFE-SFC-MS from urine.
Separation scientists find themselves confronted with diverse problems and tools. Although parsing only a microscopic subsection of the available chemical and analytical space, the results obtained here suggest SFC to be a fast and versatile addition to conventional chromatographic methods employed at the intersection of medicinal chemistry and bioanalysis.
Hypoxia is common in marine environments and a major stressor for marine organisms inhabiting benthic and intertidal zones. Several studies have explored the responses of these organisms to hypoxic stress at the whole organism level with a focus on energy metabolism and mitochondrial response, but the instrinsic mitochondrial responses that support the organelle’s function under hypoxia and reoxygenation (H/R) stress are not well understood. We studied the effects of acute H/R stress (10 min anoxia followed by 15 min reoxygenation) on mitochondrial respiration, production of reactive oxygen species (ROS) and posttranslational modifications (PTM) of the proteome in a marine facultative anaerobe, the blue mussel Mytilus edulis. The mussels’ mitochondria showed increased OXPHOS respiration and suppressed proton leak resulting in a higher coupling efficiency after H/R stress. ROS production decreased in both the resting (LEAK) and phosphorylating (OXPHOS) state indicating that M. edulis was able to prevent oxidative stress and mitochondrial damage during reoxygenation. Hypoxia did not lead to rearrangement of the mitochondrial supercomplexes but impacted the mitochondrial phosphoproteome including the proteins involved in OXPHOS, amino acid- and fatty acid catabolism, and protein quality control. This study indicates that mussels’ mitochondria possess intrinsic mechanisms (including regulation via reversible protein phosphorylation) that ensure high respiratory flux and mitigate oxidative damage during H/R stress and contribute to the hypoxia-tolerant mitochondrial phenotype of this metabolically plastic species.
The use of digital tools can positively impact higher education for both scholars and faculty. In recent years, it has become apparent that podcasts are a suitable medium for use in teaching. They are provided almost exclusively by lecturers for students, with students passively listening to them rather than actively participating in their production. However, this could also be valuable for students. Therefore, this pilot study investigated the extent to which the creation of a podcast would be accepted by students as a method for capturing pharmacy students’ understanding of the learning content. The evaluation was performed as part of the “Clinical Chemistry” practical course, which was attended by third-year pharmacy students in groups of three. After passing the station dealing with practical clinical chemistry relevant diagnostic systems, the groups were asked to produce an educational podcast covering the essential content on the topics of urine test strips or pulse oximetry, respectively. Student attitudes toward the adoption of podcasts as a tool for performance assessment were determined with an anonymous and voluntary survey. The respondents reported that they had fun creating the podcast, which enabled them to look at the instructional content from a different perspective. Competencies such as social and communication skills and media literacy as well as self-organized and self-directed learning were also promoted. However, the students assumed that the tool is not ideally suited for dealing with extensive topics. Nonetheless, the students clearly support the continued creation of podcasts as a performance assessment tool. In addition, they suggest integrating podcasts into other courses within the pharmacy curriculum. This may also be related to the infrequent use of novel technologies, such as podcasts, in their education thus far.
Accelerated drug release tests are essential for quality control (QC) of long acting (non-oral) controlled release formulations. Real-time release experiments are usually required for product development, to understand the mechanism of release and to establish a correlation with in vivo release. Ideally, the accelerated test should maintain the biorelevant aspect of the in vitro method and the mechanism of release should not change under accelerated test conditions. At the same time adequate discriminatory ability is a prerequisite as the accelerated test should be able to discriminate between batches with respect to manufacturing variables that can impact on bioavailability. The objective of this thesis was to develop accelerated drug release tests for intravaginal rings (IVRs) and to gain a mechanistic understanding of the principles that facilitate in vitro drug release under accelerated test conditions. A detailed evaluation of the in vitro release characteristics of the formulations under real-time test conditions was considered as a prerequisite for developing predictive accelerated tests. Two formulations were subject of this study, in which the mechanism of release is primarily governed by drug diffusion. One formulation was the commercially available Nuvaring®, a combined hormonal contraceptive IVR that releases etonogestrel and ethinylestradiol with a constant rate over a duration of 3 weeks. The second formulation was a prototype of an investigational IVR that is supposed to be bioequivalent to the marketed formulation. The Nuvaring® provides an example of a reservoir system in which a membrane mediates diffusion, resulting in release rates that are almost constant with time, whereas the investigational IVR is a matrix-type IVR. In these devices drug release is driven by Fickian diffusion through a homogeneous matrix and decays with time. Both IVRs are based on different grades of polyethylene vinyl acetate (PEVA). Accelerated drug release tests were performed at elevated temperature and in hydro-organic solvents since these two parameters were expected to increase drug diffusion through the semicrystalline EVA copolymer. Release experiments with IVRs or endcapped segments were performed in an incubator shaker. The devices were placed in stoppered flasks containing an adequate release medium that was continuously shaken and completely replaced at predetermined time points. Release experiments with endcapped segments were also performed in a small volume version of UPS apparatus 7 (the Reciprocating Holder). Results from release experiments in these two setups were in general comparable when the release from segments was standardized to release per ring with respect to the mass ratio (segment/IVR). Real-time drug release in an aqueous release medium at a temperature of 37 °C from the Nuvaring® was slightly affected by variations in the in vitro test conditions, i.e. media volume and composition (addition of solubility enhancing agents). These variations, however, did not affect the release kinetics that continued to be zero-order with exception of the initial burst. In contrast, real-time drug release from the matrix IVR was affected by the steroid solubility in the release medium, increased with increasing media volume and reached a maximum in release media containing solubility enhancing agents, resulting in distinct release kinetics. Interestingly the steroid solubility had a distinct influence on the release rate under conditions that are commonly assumed to provide sink conditions. Even under experimental conditions that provided minimum drug solubility, the concentration of ethinylestradiol in the receptor medium never exceeded 3 % of the saturation solubility. Accelerated drug release from both IVRs could be observed after exposure to elevated temperature and/or hydro-organic release media. Overall, increased drug release in different hydro-organic media correlated with polymer swelling. The higher swelling capacity of the investigational IVR, when compared with the Nuvaring®, was accounted for a stronger degree of acceleration in different hydro-organic release media. These observations were in agreement with literature sources that report that swelling as well as diffusivity in EVA copolymers increases with increasing VA content, which is lower in the rate-controlling membrane of the Nuvaring®. For the investigational IVR a good correlation between accelerated and real-time release profiles could be obtained if changes in steroid solubility under accelerated conditions were taken into consideration. For example, a good correlation could be observed between accelerated release profiles in hydro-organic media and real-time release profiles in media containing surfactants that provide maximum drug solubility and thus eliminate boundary layer effects. This observation appears reasonable since hydro-alcoholic release media also enhance steroid solubility in the receptor compartment. In case of the Nuvaring® variations in the in vitro test parameters under real-time test conditions did not affect the release kinetics. For this IVR, the mechanism of release was maintained in hydro-organic release media and at elevated temperature. The quantitative relationship between the zero-order release constants and the test temperature could be described by the Arrhenius equation, indicating that accelerated release is governed by an increase in drug diffusion. Validation of the accelerated method with a prototype of the investigational IVR with a different drug load demonstrated that the accelerated methods were able to detect formulation changes with similar discriminatory ability as the real-time test. However, the temperature-controlled accelerated method was less sensitive to detect changes in the release characteristics of a Nuvaring® that have been induced by preliminary heat-treatment, indicating that the accelerated method may be less sensitive to detect changes in IVRs that are a result of physical aging. When the aim is to develop an accelerated method for batch release it is therefore crucial to validate the accelerated method with appropriate samples from non-conforming batches that are out of specification under real-time test conditions and have been obtained by small but deliberate variations in the critical process parameters. In both formulations the degree of acceleration could be further increased by combining the effect of hydro-organic release media with an increase in temperature. Under these test conditions the ability to differentiate between the different prototypes of the investigational IVR was maintained. Moreover, in both IVRs the mechanism of release was not affected by an additional increase in temperature when compared with release profiles in hydro-organic solvents. In conclusion, the results of this study indicate that both temperature and hydro-organic release media are valid parameters to accelerate drug release from delivery systems in which the mechanism of release is primarily governed by diffusion through dense (inert) polymer matrices (i.e. inserts, implants). A correlation between real time and accelerated release will be facilitated if drug release under real-time test conditions is independent of the test parameters. To assure the outcome of the test with respect to quality and safety it is crucial to validate the accelerated method with appropriate batches.
In vitro assays play a crucial role in the biopharmaceutical assessment of drugs. During the past two decades, biorelevant media became an indispensable tool to forecast the in vivo solubility and dissolution of pharmaceutical drug candidates, and to assess absorption risks like low solubility or drug precipitation. Nevertheless, in vitro set-ups are still a simplification of the conditions in the human GI tract. This thesis aimed to shed light on some of the remaining open questions, aiming at providing a better understanding of the effects of biorelevant media on solubility, dissolution, and precipitation processes, and providing guidance for a more streamlined usage in the future. The results of this work can be outlined in brief as follows: First, a new design of experiment-based method development was introduced which increased the robustness and accuracy of derivative UV spectrophotometric methods for drug quantification in biorelevant precipitation assays. Second, based on this new approach, the impact of SIF powder aging on the supersaturation and precipitation behavior of the model drug ketoconazole was investigated. Recommendations on the use of biorelevant media for precipitation assays were developed to further improve the reproducibility of transfer experiments and to enhance data reliability. Third, it was investigated under which circumstances the physiological bicarbonate buffer should be applied to Fasted State Simulated Intestinal Fluid medium for in vitro solubility, dissolution, and precipitation testing to resemble the in vivo conditions.
Antimicrobial resistance (AMR) is of paramount importance in the context of One Health, an integrated and unifying approach that aims to achieve a sustainable balance in the well-being of people, domestic and wild animals, plants, and their shared environments. Whenever bacteria become resistant to the therapeutic effects of antibiotics, they can cause infections that are difficult to treat effectively, increasing the risk of severe disease progression and death. Although AMR can develop naturally over time and is per se “ancient”, the excessive use of antibiotics in human and veterinary medicine over the past century has significantly accelerated its emergence and spread. Opportunistic Gram-negative enterobacteria, particularly Escherichia coli (E. coli ) and Klebsiella pneumoniae (K. pneumoniae) strains, increasingly exhibit resistance to multiple classes of clinically used antibiotics, thus presenting multidrug-resistant (MDR) phenotypes. To make matters worse, some of these strains combine multidrug resistance with high-level virulence, posing a threat to both immunocompromised and healthy individuals. Consequently, MDR E. coli and K. pneumoniae have been designated as high-risk pathogens by the World Health Organization, underscoring the urgent need for new antibiotic development.
This thesis is motivated by the fact that only a limited number of international high-risk clonal E. coli and K. pneumoniae lineages stand out across all One Health dimensions and dominate the broad pool of MDR enterobacteria. While we only know little about the underlying drivers and contributing factors impacting their occurrence, emergence, and adaptation across different ecologies, this thesis employs a diverse range of bioinformatics and phenotypic approaches to identify the key factors important for the success of these lineages, also in rather under-explored settings. It includes three main components: (i) the analysis of genomic survey data of MDR E. coli isolates from ecologies in sub-Saharan Africa, (ii) the application of functional genomics and phenotyping techniques to characterize bacterial virulence and assess its clinical relevance in a food-borne E. coli strain, and (iii) the investigation of evolutionary pathways that promote the development of resistance to a novel drug combination and exploring compensatory mechanisms in a K. pneumoniae strain. To achieve these objectives, this research integrates genomics and transcriptomics with molecular biology and functional studies encompassing a comprehensive set of in vitro and in vivo virulence and resilience assays to explore MDR bacteria in-depth.
We provide compelling evidence for the broad occurrence of successful high-risk clonal lineages in the One Health context and their circulation among clinics, wildlife, and food in international locations. In the first study, we isolated extended-spectrum β-lactamase (ESBL)-producing E. coli strains from houseflies collected from various wards at the University Teaching Hospital of Butare (Rwanda). In a follow-up study, we then examined in-depth the genomes of additional ESBL-producing E. coli from the same clinic and obtained from hospitalized patients, their caregivers, associated community members, and pets. The analyses revealed that the sample sets from this sub-Saharan African context consisted predominantly of globally recognized E. coli lineages, including sequence types (ST)131, ST167, ST410, and ST617. They play a pivotal role in the further dissemination and stabilization of AMR across diverse habitats within the One Health context. Moreover, our genomic results emphasize that these One Health-related high-risk clonal lineages exhibit the ability to successfully combine multidrug resistance with high-level bacterial virulence.
To gain a more detailed understanding of the sophisticated interplay of virulence and AMR, we developed and refined a set of in vitro and in vivo methods for virulence phenotyping. These methodologies enabled us to characterize pathogens based on crucial clinical aspects such as biofilm formation, siderophore secretion, resistance to complement-mediated killing, and their capacity to cause mortality in Galleria mellonella larvae. By using a food-borne E. coli strain from an internationally recognized high-risk clonal lineage, we verified the remarkable combination of a MDR phenotype with clinically significant virulence properties, including synthesis of curli fibers and cellulose as part of biofilm formation, extensive secretion of siderophores, resilience against complement-containing human serum and pronounced mortality in the infection model.
Nevertheless, the success of One Health-related high-risk clonal lineages does not rely solely on an “ideal” synergistic interplay between bacterial virulence and AMR. It also depends on their ability to rapidly mitigate the fitness costs associated with AMR acquisition, as these costs manifest in the form of reduced competitiveness and virulence in the absence of antibiotics. However, this is at odds with the observation of the global distribution of One Health-related high-risk clonal lineages across various One Health dimensions, even in environments with expectedly low selection pressures. To comprehensively address this, we conducted experimental evolution studies selecting for ceftazidime-avibactam-resistant mutants, which illuminated the rapid adaptations to changing environments. The adaptations and compensatory mechanisms were seemingly driven by major bacterial regulators, including the envelope stress response regulator RpoE on genomic and transcriptomic levels.
In conclusion, the results of this thesis shed light on the fundamental principles that govern the character and interplay between AMR and bacterial virulence and advance our understanding of the contributors and drivers of successful MDR international high-risk clonal lineages in the One Health context. This is also important for effective and alternative intervention strategies to prospectively further address the global threat of AMR.
Marine Organismen haben sich im Laufe der Evolution hervorragend an die besonderen Bedingungen unter Wasser angepasst. Diese Tatsache führte aufgrund von Adaptationsprozessen unter anderem zur Bildung neuer biologisch aktiver Naturstoffe, die sich in ihrer Struktur und Wirkung häufig von bekannten terrestrischen Naturstoffen unterscheiden. Während Makroorganismen marinen Ursprungs schon länger intensiv untersucht werden, nahm das Interesse an marinen Mikroorganismen erst in den letzten zehn Jahren stark zu. Pilze im marinen Habitat wurden sehr spät beschrieben. Die ersten Funde wurden 1869 bekannt, doch erst in den 40er Jahren des 20. Jahrhunderts wurde langsam klar, dass auch im marinen Lebensraum eine reichhaltige Pilzflora zu finden ist. Hierbei stellen besonders Mikroorganismen des marinen Habitats wichtige potentielle Quellen auf der Suche nach neuen pharmakologisch aktiven Wirkstoffen dar, da ihre biotechnologische Fermentation in nahezu unbegrenzter Menge möglich ist, ohne dass eine Ausbeutung begrenzter natürlicher Ressourcen erfolgen muss. Im Vordergrund dieser Arbeit stand daher die Isolierung bioaktiver Naturstoffe aus marinen Pilzen. Die Pilze wurden unter verschiedenen Bedingungen kultiviert, mit geeigneten Lösungsmitteln extrahiert und die Extrakte chemisch analytisch sowie auf ihre antimikrobielle Aktivität hin untersucht. Biologisch aktive sowie analytisch aussichtsreich erscheinende Extrakte wurden zur Isolierung der in ihnen enthaltenen Sekundärstoffe ausgewählt. Die Naturstoffisolierung sowie die nachfolgende Strukturaufklärung erfolgten mithilfe verschiedener chromatographischer sowie spektroskopischer Methoden (HPLC, LC-MS, NMR, DC, verschiedene säulenchromatographische Techniken). Isolierte Reinsubstanzen wurden auf ihre biologische Aktivität gescreent. Aus dem Ethylacetat-Extrakt des taxonomisch bis jetzt nicht einordenbaren marinen Pilzes 222 konnten insgesamt elf verschiedene Verbindungen strukturell aufgeklärt werden. Dabei stellten sich 6-Deoxybostrycoidin (1), 5-Deoxyanhydrofusarubin (2) und Altechromone A (3) als bereits bekannte Verbindungen heraus. Die acht Verbindungen Balticol A-F (4, 5, 6, 7, 8, 9), Balticofuran (10) und Balticolid (11) stellten sich als neue Naturstoffe heraus. In Biotests zeigte 6- Deoxybostrycoidin antibakterielle Aktivität gegen humanpathogene Keime (Staphylococcus aureus und Bacillus subtilis) und fischpathogene Keime (Vibrio anguillarum, und Pseudomonas anguilliseptica). Die antimikrobielle Aktivität dieser Ver¬bin¬dun¬g gegen fischpathogene Erreger wurde in der Literatur bisher nicht beschrieben. Die neuen Verbindungen Balticol A-F (4-8) und Balticolid (11) zeigten starke antivirale Aktivität gegen Herpes Simplex-Virus Typ 1 und Influenza Virus Typ A. Am stärksten war die Wirkung von Balticol E (8) mit einem IC50-Wert von 0,01 µg/ml gegen HSV 1. Balticol D (7) zeigte auch antiinflammatorische Eigenschaften. Die neue Verbindung Balticofuran A (10) zeigte gute Radikalfängereigenschaften. Aus dem Pilz Lophiostoma sp. konnten drei Verbindungen isoliert und strukturell aufgeklärt werden. Dabei stellten sich Oxasetin (12) , Erogosterolperepoxid (13) und Cerebrosid C (14) als bereits bekannte Verbindungen heraus, die aber zum ersten Mal aus Lophpiostoma sp. isoliert wurden. Das antibakteriell aktive Oxasetin war vorher nur aus dem Pilz Vaginatispora aquatica beschrieben worden. Oxsetin erwies sich im Test als antiviral aktiv gegen Herpes Simplex-Virus Typ 1 und Influenza Virus Typ A . Die antimikrobielle Aktivität dieser Ver¬bin-dun¬g gegen fischpathogene Erreger und die antivirale Aktivität wurden in der Literatur bisher nicht beschrieben.
Despite recent advances in the treatment of non-small cell lung cancer (NSCLC), acquired drug resistance to targeted therapy remains a major obstacle. Epithelial-mesenchymal transition (EMT) has been identified as a key resistance mechanism in NSCLC. Here, we investigated the mechanistic role of key EMT-regulating small non-coding microRNAs (miRNAs) in sublines of the NSCLC cell line HCC4006 adapted to afatinib, erlotinib, gefitinib, or osimertinib. The most differentially expressed miRNAs derived from extracellular vesicles were associated with EMT, and their predicted target ZEB1 was significantly overexpressed in all resistant cell lines. Transfection of a miR-205-5p mimic partially reversed EMT by inhibiting ZEB1, restoring CDH1 expression, and inhibiting migration in erlotinib-resistant cells. Gene expression of EMT-markers, transcription factors, and miRNAs were correlated during stepwise osimertinib adaptation of HCC4006 cells. Temporally relieving cells of osimertinib reversed transition trends, suggesting that the implementation of treatment pauses could provide prolonged benefits for patients. Our results provide new insights into the contribution of miRNAs to drug-resistant NSCLC harboring EGFR-activating mutations and highlight their role as potential biomarkers and therapeutic targets.
Marine Bacteroidetes that degrade polysaccharides contribute to carbon cycling in the ocean. Organic matter, including glycans from terrestrial plants, might enter the oceans through rivers. Whether marine bacteria degrade structurally related glycans from diverse sources including terrestrial plants and marine algae was previously unknown. We show that the marine bacterium Flavimarina sp. Hel_I_48 encodes two polysaccharide utilization loci (PULs) which degrade xylans from terrestrial plants and marine algae. Biochemical experiments revealed activity and specificity of the encoded xylanases and associated enzymes of these PULs. Proteomics indicated that these genomic regions respond to glucuronoxylans and arabinoxylans. Substrate specificities of key enzymes suggest dedicated metabolic pathways for xylan utilization. Some of the xylanases were active on different xylans with the conserved β-1,4-linked xylose main chain. Enzyme activity was consistent with growth curves showing Flavimarina sp. Hel_I_48 uses structurally different xylans. The observed abundance of related xylan-degrading enzyme repertoires in genomes of other marine Bacteroidetes indicates similar activities are common in the ocean. The here presented data show that certain marine bacteria are genetically and biochemically variable enough to access parts of structurally diverse xylans from terrestrial plants as well as from marine algal sources.
The polysaccharide β-mannan, which is common in terrestrial plants but unknown in microalgae, was recently detected during diatom blooms. We identified a β-mannan polysaccharide utilization locus (PUL) in the genome of the marine flavobacterium Muricauda sp. MAR_2010_75. Proteomics showed β-mannan induced translation of 22 proteins encoded within the PUL. Biochemical and structural analyses deduced the enzymatic cascade for β-mannan utilization. A conserved GH26 β-mannanase with endo-activity depolymerized the β-mannan. Consistent with the biochemistry, X-ray crystallography showed the typical TIM-barrel fold of related enzymes found in terrestrial β-mannan degraders. Structural and biochemical analyses of a second GH26 allowed the prediction of an exo-activity on shorter manno-gluco oligosaccharides. Further analysis demonstrated exo-α-1,6-galactosidase- and endo-β-1,4-glucanase activity of the PUL-encoded GH27 and GH5_26, respectively, indicating the target substrate is a galactoglucomannan. Epitope deletion assays with mannanases as analytic tools indicate the presence of β-mannan in the diatoms Coscinodiscus wailesii and Chaetoceros affinis. Mannanases from the PUL were active on diatom β-mannan and polysaccharide extracts sampled during a microalgal bloom at the North Sea. Together these results demonstrate that marine microorganisms use a conserved enzymatic cascade to degrade β-mannans of marine and terrestrial origin and that this metabolic pathway plays a role in marine carbon cycling.
Rich knowledge about global nutrient cycles and functional interactions can be gained from the perspective of complex microbial proteomes. In this thesis, the application of environmental proteomics allowed for a direct in situ analysis of habitat-specific proteomes expressed by respective microbial communities from two different marine ecosystems. In the first part of this thesis, unculturable symbiont populations from tubeworms that colonize hydrothermal vents of the Pacific deep sea became accessible by use of community proteomics. This branch of environmental proteomics is generally employed to ascertain simple microbial assemblages derived from in situ samples. The proteome study was aimed at analyzing adaptations of seemingly monospecific symbionts to different hosts, the tubeworms Tevnia jerichonana und Riftia pachyptila. A comparison of the newly sequenced genomes of symbiont populations from both hosts confirmed that both symbioses involve the same bacterial species. Also the proteome analysis by 2D-PAGE showed a high physiological homogeneity for symbionts from both worm species, although the hosts are exposed to different geochemical conditions. Thus, the hosts provide their symbionts with a relatively stable internal environment by attenuation of external influences. Only minor variations in the symbionts proteomes reflected the differential environmental conditions outside the worms. Hence, the symbionts were able to fine-tune major metabolic pathways and oxidative stress in response to only minor chemical changes within their hosts. Moreover, new components of important physiological processes of the bacterial symbionts, like the sulfide oxidation and carbon fixation, were identified by in-depth proteomics of the Riftia symbiosis model system. The in situ protein samples showed as well that, in contrast to an earlier hypothesis, nitrate is used as an alternative electron acceptor. In the second part of this thesis, another branch of environmental proteomics called metaproteomics was applied to investigate the response of a bacterioplankton community to a spring phytoplankton bloom in the North Sea. Recurrent plankton blooms are a common phenomen of coastal areas, which however has only been investigated with limited resolution in biodiversity. Based on large-scale proteomic data sets it was found that specialized populations of Bacteroidetes, Gammaproteobacteria and Alphaproteobacteria exhibited differential protein expression patterns. These involved oligomer transporters, glycoside hydrolases and phosphate acquisition proteins. A successive utilization of algal organic matter by microbes indicated a series of ecological niches occupied by the heterotrophic picoplankton. Key proteins, identified by metaproteomics, were further investigated by studying a model bacterium to define their specificities regarding the utilization of algal glycans. By isotope labeling of proteins, quantitative proteomics of the North Sea isolate Gramella forsetii KT0803, a Bacteroidetes representative could be conducted. The adaptation to the algal polysaccharides alginate and laminarin in comparison with glucose was analyzed. G. forsetii proved to be a specialist for the chosen algal polymers, in particular for glucans like laminarin. Primarily comprehensive clusters, the so-called polysaccharide utilization loci (PULs) were activated. The results of this model study complemented the basic concepts obtained by the metaproteomic approach about carbon cycling in coastal systems. The accessibility of numerous unculturable marine microbes by environmental proteomics allows to improve our understanding of interactions that drive symbioses or complex communities. Adaptations to environmental parameters, such as the abundance of substrates, can be analyzed and associated with respective populations. Thus statements can be made for functional groups of microorganisms, their ability for the creation of niches and their flexibility to respond to varying environmental impacts. The increasing number of marine model bacteria enables targeted analysis of specificities and adaptations and hence to support the environmental proteomics approach.
Massebilanzdefizite
(2013)
Kapitel 1 beschreibt Untersuchungen zu der Fragestellung, ob Matrixalterung eine Ursache für Massebilanzdefizite sein kann. Diese Vermutung blieb bislang in der Literatur unberücksichtigt und wurde nun anhand einer breit angelegten Studie überprüft. Verschiedene Fertigarzneimittel und für die Studie entwickelte Formulierungen mit PCA und E2 wurden in Klimakammern und Trockenschränken gelagert, um unterschiedliche Alterungszustände der Formulierungsmatrices zu simulieren. In definierten Zeitabständen wurden Proben hinsichtlich der PCA- und E2-Wiederfindung analysiert. Ausgewählt wurden Formulierungen mit geringen Konzentrationen der Modellsubstanzen, da dies als worst-case angesehen wurde und auch die Anforderungen für die Aufklärung von Massebilanzdefiziten bei sehr gering dosierten Arzneimitteln stetig steigen. Im vorliegenden Fall konnte bei 67 % aller untersuchten Proben eine signifikante Änderung der Wiederfindung und somit eine potentielle Ursache für Massebilanzdefizite festgestellt werden. Tritt in der Praxis ein Massebilanzdefizit auf, das mithilfe der etablierten Lösungsansätze nicht aufzuklären ist, so ist die Überprüfung der Wiederfindung der betreffenden Substanz aus der gealterten Matrixstruktur sinnvoll und kann unter Umständen eine Optimierung und ggf. Revalidierung der analytischen Methode erforderlich machen. Ausgangsgedanke für Kapitel 2 war die Tatsache, dass die chromatographische Trennung eines Arzneistoffes und aller seiner Abbauprodukte für die Aufstellung einer lückenlosen Massebilanz entscheidend ist. Die E2-Abbauprodukte delta6- und delta9,11-E2 konnten bislang im Rahmen von Stabilitätsstudien mit E2-Formulierungen nicht separat quantifiziert werden. Zum Teil wird in der Literatur delta6-E2 als Abbauprodukt, delta9,11-E2 jedoch mit dem Verweis auf sehr ähnliche Retentionszeiten lediglich als Syntheseverunreinigung angesehen, was im Gegensatz zu praktischen Erfahrungen und Untersuchungen von Vertretern der pharmazeutischen Industrie steht. Das Kapitel 2 beschreibt die Entwicklung einer chromatographischen Trennmethode für E2 und die Abbauprodukte 6alpha-E2, 6beta-E2, 6-Keto-E2, delta6-E2, beta-Equilenol und delta9,11-E2. Die Trennung aller Komponenten wurde mittels einer Hochleistungsflüssigchromatographie (HPLC) unter der Verwendung einer pentafluorphenylierten Kieselgelphase realisiert. Praktische Anwendung konnte anhand des Marktproduktes Vagifem® gezeigt werden, für welches aufgrund der niedrigen Arzneistoffkonzentration und sehr komplexen Tablettenmatrix zunächst die Entwicklung einer geeigneten Probenvorbereitung durchgeführt wurde. Abschließend wurde die Methode hinsichtlich Selektivität, Sensitivität, Linearität, Präzision und Richtigkeit validiert. Kapitel 3 nimmt Bezug auf die Arzneimittelsicherheit von Fertigarzneimitteln unter analytischen Gesichtspunkten. Die Identität und der Verbleib eines Arzneistoffes und aller seiner Abbauprodukte sind bei der Lagerung von Arzneimitteln nicht nur unter dem Aspekt der Massebilanz von Bedeutung. Entstehen während der Lagerung genotoxische Abbauprodukte, müssen diese in engen Grenzen überwacht werden. Diese Aspekte wurden anhand des Fertigarzneimittels Paludrine® (Arzneistoff Proguanil) verdeutlicht. Zunächst wurde der Übergang des genotoxischen Abbauproduktes PCA in die Gasphase während der Lagerung bei erhöhten Temperaturen überprüft. Simultan wurde der Anstieg von PCA sowie der Proguanilgehalt in den Tabletten bestimmt, um Rückschlüsse auf die Massebilanz zu erhalten. Es konnte gezeigt werden, dass PCA unter den gewählten Bedingungen in der Gasphase über den Tabletten nachweisbar war. Der entsprechende Gehalt war jedoch in Relation zum PCA-Gehalt und Proguanilgehalt in den Tabletten vernachlässigbar gering. Ein Einfluss auf die Massebilanz konnte folglich ausgeschlossen werden. Für eine Massebilanz entscheidend sind weiterhin Kenntnisse über alle Abbauprodukte. Im Fall von Proguanil lieferte die Literatur Hinweise auf bislang unidentifizierte Abbauprodukte, für welche Strukturvorschläge erarbeitet wurden. Im Hinblick auf die Genotoxizität des Hauptabbauproduktes PCA, wurden auch für die neu vorgeschlagenen Strukturen erste toxikologische Bewertungen mittels DEREK, MCASE und Vitic erstellt. Abschließend wurde die Anwesenheit von allen Abbauprodukten in künstlich gealterten Tabletten überprüft.
In drei verschiedenen Teilanalysen wurden Erkenntnisse über die Wirksamkeit von Interventionsmaßnahmen gegen das Vorkommen und die Verbreitung von ESBL/AmpC-bildenden E. coli in der Hühnermast gewonnen. Literaturdaten und praktische Laborergebnisse, die teilweise selbst erhoben wurden, flossen in ein mathematisches Modell ein, um die Auswirkungen von Haltungsparametern und konkreten Interventionsmaßnahmen prädiktiv berechnen zu können. Die zusammengefassten Ergebnisse zeigen einen Einfluss der Maßnahmen „Competitive Exclusion“, „Reinigung und Desinfektion“ sowie den Haltungsparametern „Rasse“, „geringe Besatzdichte“ und „erhöhte Einstreumenge“ auf das Vorkommen von bestimmten ESBL/AmpC-bildenden E. coli. Zusätzlich zu den Einzelmaßnahmen wurden im Modell mehrere Kombinationen getestet, wobei zwei unterschiedlichen Szenarien verwendet wurden, entweder der Stall oder die Eintagsküken waren zu Beginn der Mastperiode positiv. Diese Kombinationen ergaben eine deutliche Reduktion der resistenten E. coli in den infizierten Tieren, in deren Ausscheidungen und in der Einstreu. In diesem Zusammenhang wären Daten aus tierexperimentellen Studien zu kombinierten Maßnahmen interessant. Weitere wissenschaftliche Ergebnisse könnten zu einem optimierten Modell beitragen, damit es die realen Bedingungen besser widerspiegelt. Zu einer weiteren Präzisierung könnte zum Beispiel die dezidierte mathematische Berechnung des Wachstums von resistenten E. coli in den unterschiedlichen Teilen des Gastrointestinaltrakts des Huhns und in der Einstreu führen, unter Berücksichtigung von pH-Wert und Temperatur. Ungeachtet dessen bietet die vorliegende Version des Modells eine nützliche Unterstützung bei der Vorhersage der Auswirkung unterschiedlicher Maßnahmen auf das Auftreten und die Verbreitung von ESBL/AmpC-bildenden E. coli in Masthuhnbetrieben. Diese Ergebnisse können zu einer umfassenden Quantitativen mikrobiologischen Risikobewertung (QMRA) beitragen, mittels derer die Effizienz von Risikominderungsmaßnahmen in der gesamten Broilerproduktionskette, von der Brüterei und Aufzucht über die Mast, Schlachtung, Verarbeitung und den Einzelhandel bis hin zum Verzehr - from farm to fork, bestimmt werden kann.
Metabolic engineering enables Bacillus licheniformis to grow on the marine polysaccharide ulvan
(2022)
Background
Marine algae are responsible for half of the global primary production, converting carbon dioxide into organic compounds like carbohydrates. Particularly in eutrophic waters, they can grow into massive algal blooms. This polysaccharide rich biomass represents a cheap and abundant renewable carbon source. In nature, the diverse group of polysaccharides is decomposed by highly specialized microbial catabolic systems. We elucidated the complete degradation pathway of the green algae-specific polysaccharide ulvan in previous studies using a toolbox of enzymes discovered in the marine flavobacterium Formosa agariphila and recombinantly expressed in Escherichia coli.
Results
In this study we show that ulvan from algal biomass can be used as feedstock for a biotechnological production strain using recombinantly expressed carbohydrate-active enzymes. We demonstrate that Bacillus licheniformis is able to grow on ulvan-derived xylose-containing oligosaccharides. Comparative growth experiments with different ulvan hydrolysates and physiological proteogenomic analyses indicated that analogues of the F. agariphila ulvan lyase and an unsaturated β-glucuronylhydrolase are missing in B. licheniformis. We reveal that the heterologous expression of these two marine enzymes in B. licheniformis enables an efficient conversion of the algal polysaccharide ulvan as carbon and energy source.
Conclusion
Our data demonstrate the physiological capability of the industrially relevant bacterium B. licheniformis to grow on ulvan. We present a metabolic engineering strategy to enable ulvan-based biorefinery processes using this bacterial cell factory. With this study, we provide a stepping stone for the development of future bioprocesses with Bacillus using the abundant marine renewable carbon source ulvan.
Symbiotic interactions are a key element of biological systems. One powerful strategy to gain insight into these interactions, and into biological systems in general, is the analysis of proteins expressed in situ using metaproteomics. In this thesis, host-microbe interactions in two mutualistic associations between chemosynthetic sulfur-oxidizing endosymbionts and marine invertebrates, the deep-sea tubeworm Riftia pachyptila and the shallow-water clam Codakia orbicularis, were studied by adapted and optimized metaproteomics methods.
The Riftia symbiosis, which inhabits hydrothermal vents in the deep sea, and in which the host completely depends on its symbiont for nutrition, has fascinated researchers for about four decades. Yet, the interaction mechanisms between both partners have been understudied so far. Additionally, while different aspects of the host’s biology have been described, a comprehensive analysis has been lacking. Moreover, although only one symbiont 16S rRNA phylotype is present in Riftia, the symbiont population of the same host expresses proteins of various redundant or opposed metabolic pathways at the same time. As the symbionts also exhibit a wide variety in size and shape, symbionts of different size might have dissimilar physiological functions, which remained as of now to be elucidated. In this thesis, we addressed both, the host-symbiont interaction mechanisms, and physiological roles of symbiont subpopulations. A comprehensive Riftia host and symbiont protein database was generated as prerequisite for metaproteomics studies by de novo sequencing the host’s transcriptome and combining it with existing symbiont protein databases. This database was then used for metaproteomics comparisons of symbiont-containing and symbiont-free Riftia tissues, to gain insights into host-symbiont interactions on the protein level. The impact of energy availability on host-symbiont interactions was studied by comparing specimens with stored sulfur (i.e., high energy availability) with specimens in which sulfur storages were depleted. We employed optimized liquid chromatography peptide separation to increase metaproteome coverage. With this analysis, we identified proteins and mechanisms likely involved in maintaining the symbiosis, under varying environmental conditions. We unraveled key interaction mechanisms, i.e.: (i) the host likely digests its symbionts using abundant digestive enzymes, and, at the same time, (ii) a considerable part of the worm’s proteome is involved in creating stable internal conditions, thus maintaining the symbiont population. Furthermore, (iii) the symbionts probably employ eukaryote-like proteins to communicate with the host. (iv) Under conditions of restricted energy availability, the host apparently increases digestion pressure on the symbiotic population to sustain itself.
Riftia symbionts of different size apparently have dissimilar metabolic roles, as revealed in this thesis. We enriched symbionts of different sizes using gradient centrifugation. These enrichments were subjected to protein extraction using a protocol optimized for the small sample amount available. Metaproteomics analysis included a gel-based workflow and evaluation of the complex dataset with machine learning techniques. Based on our metaproteomics study, we propose that Riftia symbionts of different cell size correspond to dissimilar physiological differentiation stages. Smaller cells are apparently engaged in cell differentiation and host interactions. Larger cells, on the other hand, seem to be more involved in synthesis of various organic compounds. Supposedly, in large symbionts endoreduplication cycles lead to polyploidy. Our results indicate that the Riftia symbiont employs a large part of its metabolic repertoire at the same time in the stable host environment.
The symbiont of the shallow-water clam Codakia orbicularis, which, like the Riftia symbiont, relies on reduced sulfur compounds as energy source and fixes inorganic carbon, is, unexpectedly, also able to fix atmospheric nitrogen, as shown by metaproteomic, genomic and biochemical analysis. Potentially, this benefits the host, as Codakia digests its symbiont and might thus supplement its diet with organic nitrogen fixed by the symbionts in addition to organic carbon in its nitrogen-poor seagrass habitat.
Eukaryotische Mikroalgen werden seit einigen Jahrzehnten hinsichtlich ihrer Eignung als Wirkstoffproduzenten intensiv untersucht, wobei bisher nur wenige potentiell nutzbare Verbindungen identifiziert wurden. Trotzdem lässt alleine die riesige Artenvielfalt die Vermutung zu, dass es Produzenten interessanter Sekundärstoffe geben muss. In den letzten Jahren zeigte sich außerdem, dass Mikroalgen Lieferanten von Wertstoffen, beispielsweise im Bereich der regenerativen Energien, sein können. Hier sind vor allem die hohen Kultivierungskosten und die geringe Produktausbeute noch zu überwindende Hürden.
Im Rahmen dieser Arbeit wurden 70 eukaryotische Mikroalgenstämme auf ihre Eignung als Produzenten neuartiger Wirk- und Wertstoffe untersucht. Außerdem wurde durch Variation der Kultivierungsbedingungen ermittelt, ob die Kultivierungskosten gesenkt und die Ausbeuten an relevanten Produkten aus Mikroalgen gesteigert werden können. Die untersuchten Mikroalgen stammten aus der Stammsammlung der Pharmazeutischen Biologie der Universität Greifswald, aus kommerziellen Stammsammlungen oder wurden aus Gewässerproben der Greifswalder Umgebung isoliert. Neue Isolate wurden mit molekulargenetischen Methoden identifiziert. Alle Mikroalgen wurden zunächst unter Standardbedingungen kultiviert, die Biomasse-Raum-Zeit-Ausbeute bestimmt und bewertet. Anschließend wurde die biochemische Zusammensetzung der Biomasse analysiert. Dazu wurden im Rahmen der Arbeit sechs Methoden zur Gesamtlipid-, Gesamtkohlenhydrat- und Gesamtproteingehaltsbestimmung sowie zur Analytik der Lipid- und Kohlenhydratzusammensetzung etabliert.
Die Algen zeigten bei Kultivierung unter Standardbedingungen Biomasseausbeuten bis 90 mg L-1 d-1. Die höchsten Wachstumsraten erreichten verschiedene Scenedesmus spp. Die biochemische Zusammensetzung der Algenbiomasse war sehr variabel. Häufig war jedoch der Proteinanteil mit ca. 50 % am höchsten, gefolgt von Kohlenhydraten mit etwa 30 % und einem Lipidanteil von ca. 10 %. Anhand der Modellalge Scenedesmus obtusiusculus konnte gezeigt werden, dass die Biomassezusammensetzung durch Variation der Kultivierungsbedingungen beeinflusst werden kann. So führten erhöhte Beleuchtung sowie Nitrat- und Eisenmangel zu vermehrter Lipid- und Kohlenhydratakkumulation. Basierend auf diesen Erkenntnissen wurde ein neues Kulturmedium entwickelt, in dem die Modellalge lipid- und kohlenhydratreiche Biomasse ohne Wachstumseinbußen im Vergleich zum Standardmedium produziert. Durch Verwendung natürlicher Wasserquellen als Basis für das Kulturmedium konnten darüber hinaus die Kultivierungskosten deutlich reduziert werden. Durch die gleichzeitige Steigerung der Produktausbeute und Senkung der Kultivierungskosten konnte gezeigt werden, dass auch eine großtechnische Produktion von Wertstoffen aus Mikroalgen wirtschaftlich sein kann.
Zur Bewertung des Potenzials der Mikroalgen als Produzenten von interessanten Sekundärstoffen wurde beispielhaft die antimikrobielle Aktivität von Extrakten der Algenbiomasse untersucht. Es zeigte sich, dass vor allem lipophile Extrakte gegen grampositive Bakterien wirksam waren, wofür wahrscheinlich die in den Extrakten nachgewiesenen mehrfach ungesättigten FS verantwortlich sind. Einige Mikroalgenarten wiesen zudem einen hohen Betaglucangehalt auf. Diesen Polysacchariden werden, wenn bestimmte Strukturvoraussetzungen erfüllt sind, diverse gesundheitsfördernde Effekte zugeschrieben. Durch Optimierung der Kultivierungsbedingungen konnten bei einigen Algenarten mit einem Gehalt von bis zu 35 % deutlich höhere Werte im Vergleich mit anderen betaglucanreichen Lebensmitteln wie Getreide (bis 10 %) oder Pilzen (bis 25 %) erreicht werden. Damit konnte gezeigt werden, dass Mikroalgen neben ihrer Eignung als Wertstoffproduzenten auch interessante Wirkstoffe liefern können.
Livestock animals, especially poultry, are a known reservoir for extended-spectrum beta-lactamase (ESBL)-producing Escherichia coli (E. coli). They may enter the pen either via positive day-old chicks or via the environment. We developed a mathematical model to illustrate the entry and dissemination of resistant bacteria in a broiler pen during one fattening period in order to investigate the effectiveness of intervention measures on this infection process. Different management measures, such as varying amounts of litter, a slow-growing breed or lower stocking densities, were tested for their effects on broiler colonization. We also calculated the impact of products that may influence the microbiota in the chicks’ digestive tract, such as pre- or probiotics, feed supplements or competitive exclusion products. Our model outcomes show that a contaminated pen or positive chicks at the beginning of the fattening period can infect the entire flock. Increasing the amount of litter and decreasing the stocking density were shown to be effective in our model. Differences in the route of entry were found: if the chicks are already positive, the litter quantity must be increased to at least six times the standard of 1000 g/m2, whereas, if the pen is contaminated on the first day, three times the litter quantity is sufficient. A reduced stocking density of 20 kg/m2 had a significant effect on the incidence of infection only in a previously contaminated pen. Combinations of two or three measures were effective in both scenarios; similarly, feed additives may be beneficial in reducing the growth rate of ESBL-producing E. coli. This model is a valuable tool for evaluating interventions to reduce the transmission and spread of resistant bacteria in broiler houses. However, data are still needed to optimize the model, such as growth rates or survival data of ESBL-producing E. coli in different environments.
The potassium channel opening drugs flupirtine and retigabine have been withdrawn from the market due to occasional drug-induced liver injury (DILI) and tissue discoloration, respectively. While the mechanism underlying DILI after prolonged flupirtine use is not entirely understood, evidence indicates that both drugs are metabolized in an initial step to reactive ortho- and/or para-azaquinone diimines or ortho- and/or para-quinone diimines, respectively. Aiming to develop safer alternatives for the treatment of pain and epilepsy, we have attempted to separate activity from toxicity by employing a drug design strategy of avoiding the detrimental oxidation of the central aromatic ring by shifting oxidation toward the formation of benign metabolites. In the present investigation, an alternative retrometabolic design strategy was followed. The nitrogen atom, which could be involved in the formation of both ortho- or para-quinone diimines of the lead structures, was shifted away from the central ring, yielding a substitution pattern with nitrogen substituents in the meta position only. Evaluation of KV7.2/3 opening activity of the 11 new specially designed derivatives revealed surprisingly steep structure–activity relationship data with inactive compounds and an activity cliff that led to the identification of an apparent “magic methyl” effect in the case of N-(4-fluorobenzyl)-6-[(4-fluorobenzyl)amino]-2-methoxy-4-methylnicotinamide. This flupirtine analogue showed potent KV7.2/3 opening activity, being six times as active as flupirtine itself, and by design is devoid of the potential for azaquinone diimine formation.
Die Zusammenhänge zwischen der Aktivität Epigenetik-assoziierter Enzyme und Krankheitsgeschehen neoplastischer Art konnten nicht nur experimentell bestätigt, sondern auch spätestens mit der Zulassung von Inhibitoren der DNA-Methyltransferase und Histon-Desacetylasen kausal bewiesen werden. Die weniger gut untersuchten 2-Oxoglutarat- und Eisen(II)-abhängigen JumonjiC-Domänen enthaltenden Histon-Demethylasen (KDMs) werden aufgrund von Überexpression in einigen Tumorzellen ebenfalls als mögliches epigenetisches Target in der Tumortherapie angesehen.
Die in dieser Arbeit synthetisierten KDM4-Inhibitoren basierten zum einen auf Tetrazol- und Hydrazid-haltigen Motiven, für welche synthetische Routen in weitergehenden Untersuchungen entwickelt wurden, um das aliphatische Rückgrat der Moleküle mit aromatischen Resten zu modifizieren oder komplett durch eines auf Basis der Anthranilsäure zu ersetzen. Zum anderen sollten Synthesewege für verschiedenartige (1H-Tetrazol-5 yl)pyridine gefunden werden. Dafür wurde ein Tetrazol in Position vier des Pyridinrings eingefügt, um anschließend systematische Untersuchungen der Seitenkette in Position zwei des Pyridinrings vorzunehmen. Neben direkten Heteroatomverknüpfungen wurden auch Carbonylverbindungen wie Carbonsäureamide oder eine Hydroxamsäure dargestellt. Über zahlreiche Wege konnten ebenfalls Methylengruppen-haltige Verbindungen erfolgreich synthetisiert werden.
Die biologische Testung der Verbindungen erfolgte mit einem Antikörper-basierten LANCE-Assay gegen KDM4A. Zusätzlich konnten vier der Substanzen röntgenkristallographisch in der Isoform KDM4D vermessen werden. Eine in Position zwei des Pyridinrings eingefügte Hydroxamsäure zeigte relevante Interaktionen im Enzym und veranschaulichte zugleich, dass (1H-Tetrazol-5 yl)pyridine zu einer hohen Affinität bestimmter Isoformen der Histon-Demethylasen neigen können.
Zusätzlich zu den bereits ansatzweise verstandenen Zusammenhängen zwischen Epigenetik und neoplastischen Krankheiten, weisen Experimente im Nagermodell darauf hin, dass epigenetisch modifizierende Enzyme auch an der Entstehung von depressionsartigen Phänotypen beteiligt sind. Die grundsätzliche Erforschung neuer Therapieoptionen abseits der Monoaminhypothese für die Indikation Depression ist jedoch auch deshalb notwendig, weil zugelassene medikamentöse Behandlungsoptionen zum Teil zu starken Nebenwirkungen führen und bis zur Entfaltung der vollen Wirkung oftmals mehrere Wochen vergehen können. Mit dem NMDA-Rezeptorantagonisten Ketamin behandelte depressive Patienten zeigten häufig eine rasche Symptomlinderung bei vergleichsweise günstigem Nebenwirkungsprofil. Welche Moleküle für diese Effekte ursächlich sind, ist noch Gegenstand aktueller Forschung, da neben Ketamin selber auch Metaboliten wie 2R,6R-Hydroxynorketamin mit antidepressiven Wirkungen assoziiert werden. Für die qualitativen und quantitativen Analyse von R- und S-Ketamin sowie den Metaboliten R- und S-Norketamin, R- und S-Dehydronorketamin und 2R,6R- und 2S,6S Hydroxynorketamin in menschlichem Urin wurde in der vorliegenden Arbeit eine chromatographische Methode entwickelt und validiert, welche die Techniken der überkritischen Fluidchromatographie und Massenspektrometrie nutzt (SFC-MS). Die für die SFC charakteristischen Eigenschaften wie hohe Flussraten und Trenneffizienz sowie die Nutzung von Kohlenstoffdioxid als mobile Phase konnten ausgenutzt werden, um das Trennproblem in nur einer Methode mit kurzer Laufzeit zu lösen. Gleichzeitig wurde der Verbrauch von organischen Lösungsmitteln reduziert. Damit kann die erarbeitete Methode einen nachhaltigen Beitrag für zukünftige Ketaminforschung leisten.
Die at-line Expressionsanalyse von Bioprozess-relevanten Markergenen auf der Grundlage von elektrischen Biochip-Verfahren ist eine viel versprechende Strategie für eine prozessbegleitende Beurteilung der Zellphysiologie des Produktionswirtes. Eine derartige direkte Methode für die Bestimmung des physiologischen Status würde zu einer umfassenderen Überwachung und Kontrolle von industriellen Fermentationsprozessen beitragen. Die Expressionsanalyse der Markergene mit den verwendeten elektrischen Biochips beruht auf dem Nachweis der entsprechenden mRNA über eine Sandwich-Hybridisierung und der elektrochemischen Detektion der Hybride. Hierbei sind sowohl Bead-basierte als auch Array-basierte Formate möglich. Der Bead-basierte mRNA-Nachweis nutzt paramagnetische Partikel (Beads) für die Immobilisierung von Gen-spezifischen Fängersonden. Während der Hybridisierung wird die nachzuweisende mRNA auf den Beads gebunden. Gleichzeitig hybridisiert eine Detektionssonde in einem anderen Bereich der mRNA und ermöglicht so die Markierung mit einem Enzym. Dieses setzt para-Aminophenol (pAP) frei, das an den Elektroden des Biochips über zyklische Oxidations- und Reduktionsprozesse (Redox-Recycling) amperometrisch detektiert wird. Der resultierende elektrische Strom dient als Maß für die mRNA-Menge in der Probe. Die Array-basierte mRNA-Detektion nutzt elektrische Biochips mit 16 individuell auslesbaren Elektrodenpositionen. In diesem Format werden die Fängersonden direkt auf der Elektrodenoberfläche immobilisiert. Durch die Hybridisierung wird die nachzuweisende mRNA auf den jeweiligen Elektrodenpositionen gebunden. Die Detektion erfolgt positionsspezifisch über das Enzym-kontrollierte Redox-Recycling von pAP. Der Fokus der vorliegenden Arbeit lag vor allem auf der Verkürzung, Optimierung und Automation der Bead-basierten mRNA-Detektion. Durch erste Optimierungen einzelner Protokollschritte der Bead-basierten Sandwich-Hybridisierung konnte eine Verkürzung des Protokolls von ursprünglich 4 h auf unter 3 h erzielt werden. Der Übergang zu einer Sandwich-Hybridisierung in Lösung führte vor allem zu einer verbesserten Handhabbarkeit und Reproduzierbarkeit des Protokolls. Die Neuanordnung der Sondenbindestellen auf der Ziel-mRNA und die Einführung einer zweiten Detektionssonde resultierten in signifikanten Steigerungen der Hybridisierungssignale. Dies ermöglichte eine Verkürzung der Detektionszeit auf ca. 75 min. Durch weitere Optimierungen einzelner Aspekte des Protokolls konnte schließlich eine mRNA-Detektionszeit von ca. 45 min realisiert werden. Somit wurde das Protokoll für die Bead-basierte mRNA-Detektion mit dem elektrischen Biochip, ausgehend von isolierter Gesamt-RNA, von ursprünglich 4 h auf 45 min verkürzt. Gleichzeitig konnte die Sensitivität des Protokolls um das etwa Fünffache gesteigert werden. Die Automatisierung mithilfe eines Pipettierroboters erlaubte eine parallele Bearbeitung und die automatische, sequentielle Detektion von 8 Proben innerhalb von ca. 1 h. Weiterhin wurde die Array-basierte mRNA-Detektion etabliert und teilweise optimiert. Dies ermöglichte eine parallele, elektrochemische Detektion von derzeit 4 verschiedenen mRNAs in einer Probe isolierter Gesamt-RNA innerhalb von 20 min. Allerdings sind vor der automatischen Messung noch zusätzliche Schritte für die manuelle Bearbeitung der RNA-Proben (ca. 25 min) erforderlich. Die Anwendbarkeit der entwickelten Protokolle wurde jeweils am Beispiel von ausgewählten Markergenen des industriell bedeutsamen Wirtes Bacillus licheniformis getestet. Die mithilfe der elektrischen Biochip gemessenen Expressionsprofile der Markergene korrelierten mit den mittels real-time RT-PCR bestimmten mRNA-Mengen. Somit konnte im Rahmen der vorliegenden Dissertation die Grundlage für eine Bioprozess-begleitende mRNA-Analytik, basierend auf elektrischen Biochips, geschaffen werden.
Multidrug-resistant gram-negative pathogens such as Escherichia coli have become increasingly difficult to treat and therefore alternative treatment options are needed. Targeting virulence factors like biofilm formation could be one such option. Inhibition of biofilm-related structures like curli and cellulose formation in E. coli has been shown for different phenolic natural compounds like epigallocatechin gallate. This study demonstrates this effect for other structurally unrelated phenolics, namely octyl gallate, scutellarein and wedelolactone. To verify whether these structurally different compounds influence identical pathways of biofilm formation in E. coli a broad comparative RNA-sequencing approach was chosen with additional RT-qPCR to gain initial insights into the pathways affected at the transcriptomic level. Bioinformatical analysis of the RNA-Seq data was performed using DESeq2, BioCyc and KEGG Mapper. The comparative bioinformatics analysis on the pathways revealed that, irrespective of their structure, all compounds mainly influenced similar biological processes. These pathways included bacterial motility, chemotaxis, biofilm formation as well as metabolic processes like arginine biosynthesis and tricarboxylic acid cycle. Overall, this work provides the first insights into the potential mechanisms of action of novel phenolic biofilm inhibitors and highlights the complex regulatory processes of biofilm formation in E. coli.
Der Sepsis sowie einer Reihe von Autoimmunerkrankungen wie Multipler Sklerose und Diabetes mellitus Typ 1 ist, ebenso wie zahlreichen weiteren Krankheitsbildern, gemein, dass für diese eine Beteiligung der induzierbaren Stickstoffmonoxid-Synthase (iNOS) an deren Pathogenese durch exzessive Freisetzung von Stickstoffmonoxid bewiesen ist bzw. diskutiert wird. Die Auffindung von effektiven und selektiven Inhibitoren der iNOS stellt einen möglichen, erfolgversprechenden Ansatz dar, zumindest die Symptomatik dieser Erkrankungen positiv zu beeinflussen. Im Rahmen der vorliegenden Arbeit sollten neue Wirkstoffe als potentielle Inhibitoren der iNOS zugänglich gemacht und auf ihre Aktivität getestet werden. Ein wesentlicher Ansatzpunkt für das Wirkstoff-Design ist die strukturelle Modifikation des natürlichen Substrats der iNOS, der Aminosäure Arginin. Ein bekannter Arginin analoge Hemmstoff der iNOS ist Aminoguanidin. Das Konzept der vorliegenden Arbeit zur strukturellen Abwandlung dieses Moleküls beinhaltete dessen Integration in ein heterobicyclisches System, mit dem Ziel, die Flexibilität der Aminoguanidin-Struktur herabzusetzen, um somit die Hemmwirkung und die iNOS-Spezifität zu verbessern. Die bisher wenig erschlossene Verbindungsklasse der [1,2,4]Triazolo[1,2-a]pyridazine erschien sehr gut geeignet, dieses Konzept zu realisieren. So wurden verschieden substituierte Vertreter dieses Grundkörpers als Analoga zu Aminoguanidin dargestellt. Als Hauptsyntheseroute wurde die Darstellung von Hexahydro[1,2,4]triazolo[1,2-a]pyridazinen über Ringschluss von Hexadyro-1-carbothioamid mit Aldehyden / Ketonen verfolgt. Anschließend wurden diese durch S-Methylierung mit Iodmethan zu 1-Methylsulfanyl-5,6,7,8-tetrahydro-3H-[1,2,4]triazolo[1,2-a]pyridazinen umgesetzt und schließlich mittels S-N-Austausch Tetrahydro-3H-[1,2,4]triazolo[1,2-a]pyridazin-1-amine dargestellt. Die erhaltenen Vertreter der Zielverbindungen aller Synthesestufen wurden auf ihre Aktivität gegenüber der induzierbaren Stickstoffmonoxid-Synthase und mögliche zytotoxische Effekte mittels eines Zellkultur-Modells getestet. Im Ergebnis der chemisch-synthetischen und strukturanalytischen Arbeiten wurde eine Vielzahl von Verbindungen mit [1,2,4]Triazolo[1,2-a]pyridazin-Struktur einschließlich entsprechender Vorstufen neu- bzw. resynthetisiert. Alle Verbindungen wurden umfassend strukturanalytisch charakterisiert. So war es möglich eine umfangreiche Substanzbibliothek mit diversen Substitutionsmustern zu generieren, welche für die Überprüfung der generellen Eignung von Abkömmlingen des [1,2,4]Triazolo[1,2-a]pyridazins als Inhibitoren der induzierbaren NO-Synthase genutzt werden konnte. Für diese biologischen Untersuchungen zur Inhibition der induzierbaren NO-Synthase (iNOS) durch die synthetisierten Titelverbindungen wurde ein optimiertes Zellkultur-Testverfahren unter Verwendung der Ratten-Insulinom Zelllinie RINm5F für den Arbeitskreis etabliert. Diese wurden mit den proinflammatorischen Zytokinen Interleukin-1β und Interferon-γ zur Expression von induzierbarer NO-Synthase stimuliert. Nach der Inkubation mit den potentiellen Hemmstoffen wurde die verbleibende NO-Produktion der Zellen durch Ermittlung der Nitritkonzentration im Überstand bestimmt. Anschließend wurde an den bereits behandelten Zellen auf mögliche Zytotoxizität der Substanzen durch einen MTT-Assay getestet. Mit diesem Verfahren wurden eine Reihe der Titelverbindungen bezüglich ihrer iNOS-hemmenden und zytotoxischen Eigenschaften untersucht. Davon inhibierten etliche in Position 3 unterschiedlich substituierte [1,2,4]Triazolo[1,2-a]pyridazin-1-thione dem Aminoguanidin vergleichbar oder stärker die NO-Produktion der iNOS bei nur geringem, zytotoxischem Effekt. Im Rahmen der vorliegenden Arbeit ist es gelungen, die Verbindungsklasse der [1,2,4]Triazolo[1,2-a]pyridazine mit einer breiter Palette von Derivaten synthetisch zu erschließen und eine iNOS-inhibierende Wirkung für eine Anzahl von Vertretern zu belegen.
Within the last decades cancer treatment improved by the availability of more specifically
acting drugs that address molecular target structures in cancer cells. However, those target-sensitive
drugs suffer from ongoing resistances resulting from mutations and moreover they are affected
by the cancer phenomenon of multidrug resistance. A multidrug resistant cancer can hardly be
treated with the common drugs, so that there have been long efforts to develop drugs to combat
that resistance. Transmembrane efflux pumps are the main cause of the multidrug resistance in
cancer. Early inhibitors disappointed in cancer treatment without a proof of expression of a respective
efflux pump. Recent studies in efflux pump expressing cancer show convincing effects of those
inhibitors. Based on the molecular symmetry of the efflux pump multidrug resistant protein (MRP) 4
we synthesized symmetric inhibitors with varied substitution patterns. They were evaluated in a
MRP4-overexpressing cancer cell line model to prove structure-dependent effects on the inhibition
of the efflux pump activity in an uptake assay of a fluorescent MRP4 substrate. The most active
compound was tested to resentisize the MRP4-overexpressing cell line towards a clinically relevant
anticancer drug as proof-of-principle to encourage for further preclinical studie
Bacillus licheniformis is one of the most important hosts used in the biotechnological industry for the production of technical enzymes, antibiotics and a number of biochemicals. Although this bacterium has been used for a long time as an expression host, only little information on expression systems of this host is available. An expression system could be controlled by a cell density signal, a specific chemical inducer or a thermal shift. A limiting substrate such as glucose or phosphate limitation is suggested to use as the signal for the induction of an expression system. When B. licheniformis cells are subjected to nutrient limitation conditions, numerous genes involved in the metabolism of alternative nutrient sources are induced in order to keep cell survival. Therefore, the main topic of this study was to identify and investigate the regulation of genes or operons which are strongly induced in B. licheniformis cells grown under nutrient limitation conditions in order to apply for the construction of potential new expression systems. The research includes studies on the regulation of genes which are responsible for the acetoin and 2,3-butanediol utilization in B. licheniformis cells grown under glucose limitation conditions. Furthermore, we also analyzed the regulation of phytase gene expression as well as investigated the function of a putative ribonuclease expressed in B. licheniformis under phosphate limitation conditions. From this study, it was shown that in B. licheniformis, the utilization of acetoin and 2,3-butanediol was mainly mediated by enzymes encoded by the acoABCL operon. The transcription of this operon was regulated by sigma L transcription factor and was induced by acetoin. The acuABC operon was suggested to play as an indirect regulatory role for the acetoin utilization in B. licheniformis. This operon was controlled by a typical sigma A dependent promoter, however, acetoin was not an inducer for its expression. Furthermore, the regulation of phytase gene expression was suggested to be controlled by PhoPR-two component systems. The results showed that phytate, which is the substrate of phytase enzyme, was not an inducer for the expression of phy gene. However, growth experiments revealed that phytate served as a good alternative phosphate source for the growth of B. licheniformis cells under these conditions. Finally, the inactivation of BLi03719 gene, coding for a putative ribonuclease, resulted in an increase of the total RNA concentration of B. licheniformis cells grown in phosphate limited medium. However, the mutation did not affect the expression of the heterologous reporter gene. Therefore, it could be speculated that the putative ribonuclease BLi03719 plays a role in ribosomal RNA degradation under these conditions.
Humans consume snail flesh as part of their diet. To assess its nutritional value and toxicity, chemical analyses were conducted to confirm the presence of protein, total and reduced carbohydrates, fat, fatty acid composition and mineral components. Furthermore, an acute toxicity study was carried out to determine the safety of Helix aspersa Müller snail flesh. H. aspersa Müller snail flesh exhibits a high nutritional content, a good ω3/ω6 ratio and higher levels of unsaturated fatty acids. Various minerals have been found in the flesh of H. aspersa Müller. Around 76.91 kcal, or 3.84% of the energy of a daily meal of 2000 kcal, are present in 100 g of this flesh. The evaluation of the antioxidant capacity indicated that the flesh’s extracts contained a large quantity of antioxidant biomolecules. Administration of the aqueous extract of H. aspersa Müller flesh didn’t cause death in laboratory rats, indicating that the lethal dose 50 is greater than 2000 mg·kg−1 body weight. The consumption of the flesh of H. aspersa Müller is highly recommended for human consumption due to its high concentration of nutrients and essential elements, as well as unsaturated fats, and due to its safety.
Ziel dieser Arbeit war die Entwicklung von Arzneiformen mit neuartigen, auf der Mechanik des GIT basierenden Freisetzungsmechanismen. Für die Herstellung dieser Arzneiformen sollten additive Fertigungsprozesse entwickelt und etabliert werden. Für die Herstellung von Arzneiformen wurden 3D-Drucker modifiziert, sodass es möglich war, pharmazeutische Polymere als Ausgangsstoff nutzen zu können. Die Polymere wurden mittels eines eigens zu diesem Zweck entworfenen und gebauten Extruders in Filamente überführt. Die Mechanik der verwendeten 3D-Drucker wurde an die Materialeigenschaften der Polymere angepasst. Insbesondere die geringe Flexibilität und erhöhte Sprödigkeit machten Modifikationen notwendig. Mit Eudragit® RS konnte ein Prozess etabliert werden, der die Herstellung von drucksensitiven Arzneiformen ermöglicht. Eine speziell für den Druck dieser Objekte entwickelte Software wurde angewendet, um den Steuercode für den 3D-Drucker zu erzeugen und die Freisetzungsparameter der Arzneiform einstellen zu können. Vorversuche mit technischem PLA Filament dienten der Entwicklung der Herstel- lungsmethode. Aus Eudragit® RS wurden anschließend Arzneiformen hergestellt und auf ihr Bruchverhalten untersucht. Drei Chargen wurden in der Stresstest- apparatur für orale Arzneiformen einer Freisetzungprüfung unterzogen. Es konnte gezeigt werden, dass der entwickelte Prozess Arzneiformen mit verschiedenen Bruchdrücken produzieren kann. Alle Chargen wiesen allerdings geringere Belastbarkeiten auf, als für eine Anwendung am Menschen notwendig wäre. Freisetzungssysteme dieser Art könnten auch verwendet werden, um wirkstoffhaltige Filme gezielt auf die Dünndarmschleimhaut aufzubringen. Die Geometrie von Objekten, die mittels additiver Verfahren gefertigt werden, ist in weiten Bereichen variabel. Der Einfluss der äußeren Form auf die Freisetzungsrate ist bereits Gegenstand der Forschung. Wie sich von bekannten Arzneiformen abweichende Geometrien auf die Schluckbarkeit auswirken, war ein weiterer Bestandteil der Untersuchungen
dieser Arbeit. Zur Beurteilung der Schluckbarkeit wurde eine Humanstudie durcheführt, in der gesunde Probanden Schluckvorgänge von verschiedenen Objekten bewerteten. Die untersuchten Geometrien orientierten sich zum Teil an bekannten Arzneiformen. Zusätzlich wurden neuartige Geometrien untersucht, die aufgrund ihrer Eigenschaften interessant für die Entwicklung von Arzneiformen erschienen und durch additive Fertigungsverfahren zugänglich sind. Die Herstellung der Arzneiformen aus Isomalt erfolgte mittels eines modifizierten 3D-Druckers. Dieser als Lebensmittelzusatzstoff zugelassene Stoff eignet sich zum Einsatz in Fused Deposition Modelling Prozessen aufgrund der hohen Viskosität bei Temperaturen im Schmelzbereich. Das 3D-Drucksystem zur Verarbeitung spröder Filamente wurde im Rahmen dieser Arbeit entwickelt und bot die Möglichkeit, vier identische Objekte zur gleichen Zeit zu produzieren. Auf diese Weise konnte der Herstellungsprozess der für die Studie benötigten Testkörper verkürzt werden. Neben einem mechanisch stark überarbeiteten Düsensystem kam an diesem Drucker auch eine modifizierte elektronische Steuereinheit zum Einsatz, die den Einsatz der höheren Düsenanzahl zuließ und Funktionen für die komfortable Einrichtung und Reinigung des Druckers bereitstellte.
In der Humanstudie wurde gezeigt, dass die Geometrie einen starken Einfluss auf die Schluckbarkeit der Testkörper und das Empfinden während des Schluckvorgangs hat. Als negativ haben sich Geometrien erwiesen, deren Kanten in spitzen Winkeln zulaufen und keine längliche Form aufweisen, die eine parallele Orientierung im Rachenbereich zulässt. Vorteilhaft hingegen sind Formen, die sich in Schluckrichtung ausrichten können und in einer Schnittebene einen deutlich kleineren Querschnitt aufweisen, als in den rechtwinklig dazu angeordneten Schnittebenen. Neben der Einwirkung von Druck durch den GIT wurde auch die Bewegung einer oralen Arzneiform in Relation zur Oberfläche des Lumens des GIT für das drug targeting genutzt. Die entwickelte Arzneiform sollte die gezielte Arzneistoffapplikation auf der Mukosa des Ösophagus ermöglichen. Erkrankungen in diesem Bereich des GIT können bislang lokal kaum behandelt werden, da die Kontaktzeit eines oral verabreichten Arzneistoffes sehr kurz ist. Die aus diesem Grund notwendige systemische Behandlung ist mit einer hohen Arzneistoffbelastung des Organismus und damit einhergehenden unerwünschten Wirkungen verbunden. Im Rahmen dieser Arbeit wurde ein schluckbares mechanisches System entwickelt, welches die gesteuerte Applikation eines Films über die gesamte Länge des Ösophagus auf dessen Schleimhaut ermöglicht. Die mukoadhäsiven Eigenschaften des Films können zu einer erhöhten Kontaktzeit führen, wodurch lokale Erkrankungen des Ösophagus einer topischen Therapie zugänglich gemacht werden könnten. Die entwickelte Arzneiform besteht aus einem Film, der mit Wirkstoff beladen werden kann und einer Hülle, die gleichzeitig das orale Applikationssystem dar- stellt. Mittels eines speziellen Applikators wird die Arzneiform geschluckt. Der Film ist in seiner Hülle so gelagert, dass er durch den Transport durch Mund- und Rachenraum sowie den Ösophagus aus dem Applikationssystem gezogen wird. Bei Kontakt mit dem kollabierenden Ösophagus verweilt der Film aufgrund seiner mu- koadhäsiven Eigenschaften auf der Schleimhaut, während das Applikationssystem den Magen erreicht und rasch disintegriert. Der Film quillt auf der Schleimhaut und kann den Arzneistoff über längere Zeit freisetzen. Es konnte gezeigt werden, dass neben den etablierten Freisetzungsmechanismen zur Steuerung oraler arznei- stoffbeladener Systeme auch die Mechanik des GIT für das drug targeting genutzt werden kann. In Verbindung mit additiven Fertigungsverfahren lassen sich orale Arzneiformen entwickeln, deren Freisetzungsparameter ausschließlich mittels digitaler Informationen variiert werden können.
Vertreter der Gattung Bacillus werden nicht zuletzt wegen ihrer guten Sekretionsleistung als Expressionswirte in der pharmazeutischen und chemischen Industrie genutzt und stellen eine Alternative zum gramnegativen Bakterium Escherichia coli, Hefepilzen und anderen Organismen dar. Die Art B. licheniformis ist besonders für die Proteaseproduktion geeignet, während B. subtilis zusätzlich als Produktionswirt für die industrielle Herstellung von Wirk- und Zusatzstoffen wie Bacitracin und Riboflavin verwendet wird.
Das Genom beider Arten wurde vollständig sequenziert und ermöglicht die Analyse einzelner Gene und deren Funktionen. Um die Effizienz von industriellen Fermentationsprozessen zu erhöhen, können verschiedene genetische Modifikationen hilfreich sein. So kann beispielsweise die Deletion einzelner Gene bzw. Gencluster als auch die heterologe Expression bestimmter Gene zu einer Weiterentwicklung eines Produktionsstammes beitragen und die Vorteile mehrerer Stämme in einem vereinen. Ein Ziel der vorliegenden Arbeit beinhaltet u. a. die Erstellung eines optimierten Wirtssystems.
Im Mittelpunkt der dazu durchgeführten Untersuchungen zu B. subtilis standen verschiedene Enzyme des Acetoinstoffwechsels. Es konnte anhand der Überexpression der homologen Xylanase XynA gezeigt werden, dass die Deletion des Operons acoABCL in B. subtilis
6051HGW zu einer verbesserten Autoinduktion des acoA-Promotors führt. Durch einen alsDS-knock out hingegen wird diese verringert. Eine verbesserte Acetoinproduktion des Stammes B. subtilis 6051HGW konnte durch die Expression einer zweiten Kopie der Gene der beiden Untereinheiten einer Acetolactat-Synthase (IlvBH) erreicht werden. Zudem wurde während der stationären Phase ein verbessertes Wachstumsverhalten dieser Mutante auf Minimalmedium beobachtet.
Weiterhin wurde das Gen einer putativen Diacetyl-Reduktase aus dem Stamm B. subtilis TU-B-10 untersucht. Dieses Enzym könnte für die Reduktion des nichtenzymatisch entstandenen
Metaboliten Diacetyl zu Acetoin verantwortlich sein. Nach Integration des entsprechenden Gens in B. subtilis 6051HGW war jedoch keine erhöhte Acetoinkonzentration im Kulturüber-
stand zu messen.
B. subtilis 6051HGW LS8PD zeichnet sich u. a. durch seine 8-fache Proteasedefizienz aus. Anhand zweier Modellenzyme wurde die Eignung des Stammes als Expressionswirt heterologer Proteine untersucht. Mit Hilfe eines simulierten fed-batch-Verfahrens konnte das aus dem eukaryotischen Wirt S. cerevisiae stammende Gen sOx in B. subtilis 6051HGW LS8PD erfolgreich exprimiert und in den Überstand sekretiert werden. Nach Expression des Gens einer DnaseI aus Bos taurus konnte das entsprechende Protein extrazellulär dagegen nicht nachgewiesen werden.
Andere Untersuchungen, die im Rahmen der vorliegenden Arbeit durchgeführt wurden, beschäftigten sich mit dem Glyoxylatstoffwechsel von B. subtilis 6051HGW. Die Gene des
Glyoxylatzyklus sind nicht im Genom von B. subtilis enthalten. Werden sie aus B. licheniformis in B. subtilis6051HGW transferiert, kann der generierte Stamm B. subtilis ACE Überflussmetabolite wie Acetoin oder Acetat für das Wachstum nutzen. Dabei reichert sich jedoch extrazellulär der Metabolit Glycolat an, was möglicherweise zu einer Beeinträchtigung des Glyoxylatzyklus führen kann. Da die Akkumulation von Glycolat in B. licheniformis nicht erfolgt, wurde vermutet, dass die Aktivität der putativen Glyoxylat-Reduktase GyaR dafür verantwortlich ist.
Für weitere genetische Modifikationen von B. subtilis ACE war eine Neukonstruktion des Stammes erforderlich. Ein anschließender Transfer des Gens gyaR in B. subtilis konnte die extrazelluläre Glycolatkonzentration jedoch nicht senken. Auch die Deletion von gyaR in B. licheniformis
führte nicht zu höheren Konzentrationen dieses Metaboliten. Es kann geschlussfolgert werden, dass das untersuchte Gen gyaR nicht für eine Glyoxylat-Reduktase codiert.
Weitere Untersuchungen beschäftigten sich mit der Zellheterogenität von B. licheniformis P300. Das Auftreten von Subpopulationen in einer Bakterienkultur kann zu einem unterschiedlichen Verhalten der einzelnen Zellen und einer verringerten Gesamteffizienz in Produktions-
prozessen führen. In Zellkulturen des Stammes B. licheniformis P300 konnten verschiedene Subpopulationen identifiziert werden.
Um die genetische Zugänglichkeit zu optimieren, wurden verschiedene Untersuchungen zur natürlichen Kompetenz von B. licheniformis P300 durchgeführt. Zur Vereinheitlichung der
während der Kultivierung des Stammes auftretenden Subpopulationen wurden sigD- und sipW-tasA-yqxM-Deletionsmutanten erstellt. Zur Stammkonstruktion kam ein Verfahren zur Anwendung, das clean deletions im Genom erzeugte. Das Protokoll der Kolonie-PCR zur Identifizierung von potentiellen Deletanten wurde im Rahmen der vorliegenden Arbeit optimiert.
Die generierten Mutanten zeigten im Gegensatz zum Wildtypstamm keine sigD-vermittelte Motilität und Chemotaxis sowie keine tasA-vermittelte Biofilmbildung. Nach Auftrennung der Zellen durch Dichtegradientenzentrifugation wurden die auftretenden Banden mit denen des Wildtyps verglichen. Dabei zeigte sich, dass eine Deletion von sigD zur Vereinheitlichung der Subpopulationen führt. Die generierte Mutante wies weiterhin ein verbessertes Wachstum
als der Wildtyp und einen veränderten Phänotyp auf, zeigte aber eine verringerte Effizienz bei der Transformation von DNA durch Elektroporation.