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A physiological proteomic approach to address infection-related issues of Gram-positive bacteria
(2012)
Trotz der vielen wissenschaftlichen Fortschritten sind Infektionskrankheiten auch heute noch die Haupttodesursache weltweit. Sie haben nicht nur heute, sondern werden auch in der Zukunft eine groĂe epidemiologische Bedeutung haben. Die komplexe Infektionsthematik sollte unter zwei Gesichtspunkten betrachtet werden: der PrĂ€vention und der Behandlung. Zur PrĂ€vention von Infektionen zĂ€hlen neben der Dekontamination und Sterilisation auch die Impfungen sowie die Hygiene- und GesundheitsaufklĂ€rung. Bei der Behandlung von Infektionen kann auf Antibiotika zurĂŒckgegriffen werden, wenn das humane Immunsystem die Infektionen nicht auf natĂŒrliche Weise bekĂ€mpfen kann. Zwischen 1969 und 2000 wurde kein neues Antibiotikum den bereits vorhandenen Antibiotikaklassen hinzugefĂŒgt. Parallel zu dieser schwindenden Antibiotikaforschung, verbreiten sich nosokomiale Infektionen und community-acquired (vor allem Methicillin-resistente) Infektionen rapide. Von besonderer Bedeutung ist die Grundlagenforschung an infektionsassoziierten Mikroorganismen, wie dem humanen Erreger Staphylococcus aureus. Im Zusammenhang mit Infektionen spielen Virulenzfaktoren eine entscheidende Rolle. Sie sind entweder an der ZelloberflĂ€che platziert oder werden aktiv ins Medium sekretiert. Um das pathogene Potential von S. aureus besser zu verstehen und aufzuklĂ€ren ist ein VerstĂ€ndnis ĂŒber die Proteintransportwege essentiell. Momentan sind die Transportwege von Escherichia coli (Gram-negative) und Bacillus subtilis (Gram-positive) am besten charakterisiert. Viele Transportwegekomponenten wurden mittels Transkriptions und Proteomeanalysen auch in S. aureus konserviert gefunden und ermöglichten dadurch einen ersten Einblick in die Sekretionsmaschinerie. Das VerstĂ€ndnis, warum und wie Virulenzfaktoren Infektionen auslösen birgt ein groĂes Potential in der Suche nach verbesserter Infektionskontrolle und Behandlung. Kontaminierte medizinische Arbeitsmittel, wie zum Beispiel Katheter oder Endoskope können auch eine auslösende Quelle von Infektionen sein. Diese medizinischen Arbeitsmittel oder GerĂ€te bestehen immer hĂ€ufiger aus bio-kompatiblen Polymeren (z.B. Polyethylen (PE) oder Polyethylenterephthalat (PET). Diese thermosensitive Polymere können keinen hohen Temperaturen ausgesetzt werden, ohne dass sie beschĂ€digt werden. Damit sind herkömmliche Sterilisationsverfahren (z.B. Autoklavieren) nicht anwendbar. Alternative chemische Verfahren (z.B. Ethylenoxid-Sterilisation) sind mit Nebenwirkungen und Risiken verbunden, die im medizinischen Bereich nicht akzeptabel sind. Alternative Dekontaminationsverfahren fĂŒr diese thermosensitive Materialen sind also gefragt. Hierbei rĂŒckt das Niedertemperaturplasma (NTP) nicht nur bei den Physikern sondern auch bei den Biologen und Medizinern immer weiter in den Fokus der Forschung. NTP, welches unter atmosphĂ€rischen Druck erzeugt wird, ist aus einer Vielzahl von antimikrobiell aktiven Agentien und chemischen Produkten (z.B. atomarer Sauerstoff (O), Ozon (O3), Hydroxyl (OH), reaktive Sauerstoffspezies (ROS) und reaktive Stickstoffspezies (RNS)) zusammengesetzt und stellt damit ein wirksames Mittel fĂŒr die mikrobielle Dekontamination dar. Seit einiger Zeit wird NTP auch erfolgreich bei der Wundbehandlung angewendet. Erste Studien zeigen ein groĂes Potential von NTP-Wundbehandlungen in Hinblick auf verbesserte Wundheilung. Die Anwendung von Plasma in der Medizin könnte ganz neue Perspektiven eröffnet- das ist zumindest die Vision. Auf der praktischen Seite gibt es allerdings noch eine Vielzahl von offenen Fragen: (i) welche Art von Plasma ist fĂŒr welchen Zweck am besten geeignet; (ii) was sind die Vorteile von Plasma im Vergleich zu gĂ€ngigen medizinischen Behandlungen; (iii) ist Plasma ein ökonomische Alternative im Vergleich zu gĂ€ngigen Anwandelungen und Standards? Bevor Plasma sicher und routinemĂ€Ăig in KrankenhĂ€usern zu Einsatz kommen kann ist es zusĂ€tzlich von gröĂter Wichtigkeit den Einfluss von Plasma auf Zellen zu klĂ€ren. Erst wenn die Plasma-Zell-Interaktion (pro- und eukaryotische Zellen) grundsĂ€tzlich untersucht und verstanden ist kann eine sichere, erfolgreiche und vor allem akzeptierte Implementierung in den Krankenhausalltag stattfinden.
Die Serin/Threonin Proteinkinase pUS3 ist innerhalb der Alphaherpesvirinae konserviert. FĂŒr pUS3-Homologe der Subfamilie wurden bereits zahlreiche Funktionen bei der Beeinflussung des Zellstoffwechsels und der Virusreplikation gezeigt, dennoch ist pUS3 fĂŒr die Virusreplikation in vitro nicht essentiell. PrV exprimiert zwei unterschiedlich lange Isoformen dieses Proteins in unterschiedlicher Menge, so dass das kĂŒrzere pUS3S im Vergleich zu pUS3L die abundante Isoform darstellt. WĂ€hrend die carboxyterminalen Sequenzen beider Isoformen identisch sind, weist der Amino-Terminus der langen Form 54 zusĂ€tzliche AminosĂ€uren auf. Innerhalb der Wirtszelle liegt pUS3S vor allem im Nukleus vor, wohingegen pUS3L vorwiegend im Zytoplasma, der Plasmamembran und den Mitochondrien lokalisiert ist. Ziel dieser Arbeit war die Untersuchung der möglichen unterschiedlichen Funktionen der beiden pUS3-Isoformen und der Bedeutung des Expressionsniveaus dieser Isoformen wĂ€hrend der Virusmorphogenese. Im Vordergrund stand dabei die Analyse von Virusmutanten, bei denen die Expression von pUS3S bzw. pUS3L auf unterschiedliche Weise manipuliert wurde oder bei denen eine Inaktivierung der enzymatischen AktivitĂ€t erfolgte. Diese wurden auf empfĂ€nglichen Zelllinien dreier Tierarten phĂ€notypisch charakterisiert und auf Unterschiede hinsichtlich ihres Replikationsverhaltens untersucht. Ein weiterer Teil dieser Arbeit umfasste Untersuchungen zur Identifizierung potentieller Substrate der Proteinkinase pUS3 mittels 32P-RadioimmunprĂ€zipitation und Proteomanalytik, die eine weitere Analyse der Strukturkomponenten von PrV-Partikeln sowie die PrĂŒfung einer Methode zur PrĂ€paration nukleĂ€rer Proteine einschloss.
Die Ziele der vorliegenden Arbeit ergaben sich aus zwei Arbeitsschwerpunkten - dem Nachweis einer neuartigen prokaryotischen Phenoloxidase bei dem Bakterienisolat Azotobacter chroococcum SBUG 1484 und der DurchfĂŒhrung Phenoloxidase-katalysierter Biotransformationsreaktionen zur Derivatisierung von ortho- bzw. para-dihydroxylierten Verbindungen. Der zunĂ€chst unbekannte, eine neue Phenoloxidase bildende, Bakterienstamm sollte mittels morphologischer und physiologischer Tests sowie 16S-rDNA-Analysen einer Art zugeordnet werden. Da die Expression der Phenoloxidase nur unter bestimmten Bedingungen auftrat sollten die in AbhĂ€ngigkeit von verschiedenen Kultivierungsparametern zahlreich auftretenden Zelldifferenzierungsprozesse des Stammes untersucht und eine standardisierte Kultivierungsmethode zur Erzielung hoher Phenoloxidase-AktivitĂ€ten entwickelt werden. Die Untersuchung wesentlicher Eigenschaften der neubeschriebenen Phenoloxidase war fĂŒr eine Zuordnung in die Gruppe der Multikupfer-Oxidasen und eine PrĂŒfung der Eignung des Enzyms fĂŒr biotechnologische Anwendungen eine unbedingte Voraussetzung. In Phenoloxidase-katalysierten Reaktionen sollte die Aminierung von einfach alkylsubstituierten Brenzkatechinen und Hydrochinonen sowie mehrfach-substituierten ein- bzw. zweikernigen dihydroxylierten Aromaten mit aliphatischen sowie alicyclischen Amindonoren untersucht werden. Im Mittelpunkt der Betrachtungen standen dabei die AufklĂ€rung von Reaktionsmechanismen bei homo- und heteromolekularen Kopplungsreaktionen sowie die PrĂŒfung des Einflusses verschiedener Reaktionsparameter (u.a. Hydroxylierungspositionen der Enzymsubstrate, Substituenten, Eduktkonzentrationen, Katalysatoren, pH-Werte der Reaktionssysteme, Lösungsmittel) auf die Nebenreaktionen und Ausbeuten der anvisierten Zielverbindungen (sekundĂ€re Amine). Eine strukturchemische Analyse der Syntheseprodukte war dazu unerlĂ€sslich.
Die Analyse bakterieller Phosphoproteome rĂŒckt durch die Einflussnahme von Phosphorylierungsereignissen im Virulenzgeschehen pathogener Mikroorganismen immer weiter in den Vordergrund. Der Fokus dieser Arbeit lag auf der globalen Analyse bakterieller Phosphoproteome unter Anwendung verschiedener Techniken der Proteomforschung. Ziel war es, einen möglichst umfassenden Ăberblick ĂŒber das cytosolische Phosphoproteom zu gewinnen, die Dynamik der Protein-Phosphorylierungen unter verschiedenen physiologischen Bedingungen zu analysieren und daraus folgend Hinweise auf regulatorische Mechanismen zu erhalten. Im Zuge der Untersuchungen zum Phosphoproteom von Bacillus subtilis wurde das auf den phosphosensitiven Pro-QÂź Diamond-Farbstoff basierende 2D-Gel-FĂ€rbeprotokoll optimiert und validiert. Ferner wurde dieses Protokoll erfolgreich fĂŒr die Untersuchungen des Phosphoproteoms von Mycoplasma pneumoniae und Staphylococcus aureus eingesetzt. Durch die Etablierung einer Methode zur Phosphopeptidanreicherung konnte der Blick auf das Gesamtphosphoproteom von S. aureus komplementiert werden. Insgesamt war es dadurch möglich, 103 phosphorylierte Proteine und 68 verschiedene Phosphorylierungsstellen von S. aureus zu identifizieren, darunter z. B. den Virulenzregulator SarA, dessen Phosphorylierung einen Hinweis auf seine mögliche Regulation aufzeigt. ZusĂ€tzlich konnten die Phosphorylierungsergebnisse der Fruktose-1,6-Bisphosphataldolase erste Hinweise auf eine Regulation der Substratbindung liefern und einen ErklĂ€rungsansatz enstehen lassen, der die Wirkungslosigkeit einiger in der Literatur beschriebenen Enzyminhibitoren (potentielle antimikrobielle Wirkstoffe) in in vivo Studien darlegt. In einem auf der Pro-QÂź Diamond-FĂ€rbung beruhenden Quantifizierungsansatz konnten 10 signifikante VerĂ€nderungen in der SignalintensitĂ€t der phosphorylierten Proteine unter Glukosehunger, nitrosativem, oxidativem und osmotischem Stress festgestellt werden. Diese liefern erste Indizien auf durch Phosphorylierungsereignisse gesteuerte Regulationsmechanismen. Besonders die unter nitrosativen Stress neu auftretenden putativ phosphorylierten Proteinspots der Proteine FdaB (Fruktose-Bisphosphataldolase) und HchA (molekulares Chaperon Hsp31/Glyoxalase 3) lassen Spekulationen ĂŒber neue Stoffwechselwege, wie z. B. einen Methylglyoxal detoxifizierenden Mechanismus, zu. DarĂŒber hinaus konnten durch die Glukosehungerexperimente und die Spezifizierung der Phosphorylierungsstelle T537 der Pyruvatkinase von S. aureus ein Regulationsmechanismus vorgeschlagen werden, der das "Finetuning" des Energieladungszustandes der Zelle ĂŒber einen Phosphorylierungs- und Dephosphorylierungsmechanismus beschreibt. Von weiterem Interesse war die Identifizierung von am Arginin phosphorylierten Peptiden. Im Rahmen dieser Arbeit wurde hierfĂŒr das Phosphopeptid-anreicherungsprotokoll optimiert, so dass in Zusammenarbeit mit A. Elsholz (Inst. f. Mikrobiologie, EMAU Greifswald) die Identifizierung von phosphorylierten Argininresten der Argininkinase McsB und der ATPase ClpC in B. subtilis möglich wurde. DarĂŒber hinaus wurde die Methode in globalen Untersuchungen einer Phosphatasemutante (âywlE, B. subtilis) angewandt. Mittels der im Rahmen dieser Arbeit durchgefĂŒhrten massenspektrometrischen Analyse der angereicherten Peptide konnten 111 Arginin-Phosphorylierungsstellen identifiziert werden. Zur Verbesserung der Quantifizierung von phosphorylierten Proteinen in B. subtilis wurde ein Protokoll entwickelt, indem das Auftrennungspotential des 2D-Gels, die Identifizierung phosphorylierter Proteine anhand des Pro-QÂź Diamond-Farbstoffs und die auf die metabolische Markierung beruhende Quantifizierung miteinander kombiniert wurde. Im Ergebnis konnte anhand dieser Methode eine bessere Reproduzierbarkeit und eine höhere SensitivitĂ€t bei geringeren VerĂ€nderungen im Vergleich zu dem Pro QÂź Diamond basierten Quantifizierungsansatz erzielt werden.
Herpesviren nutzen zwei unterschiedliche Zellkompartimente fĂŒr die Morphogenese. WĂ€hrend der Kapsid-Zusammenbau und die DNA Verpackung im Zellkern stattfinden, erfolgt die weitere Assemblierung im Zytoplasma. Um dorthin zu gelangen muss die Kernmembranbarriere ĂŒberwunden werden. HierfĂŒr knospen die Nukleokapside an der inneren Kernmembran und erhalten dort eine primĂ€re VirushĂŒlle, die allerdings nach Fusion mit der Ă€uĂeren Kernmembran wieder verloren geht. FĂŒr diesen als envelopment-deenvelopment bezeichneten Vorgang ist ein Komplex aus zwei viralen Proteinen notwendig. Er besteht aus pUL34, einem Membranprotein der Kernmembran und dessen Interaktionspartner pUL31. Beide Proteine allein reichen aus, um Membranvesikel von der inneren Kernmembran abzuschnĂŒren. Ziel dieser Arbeit war, diesen nuclear egress weiter zu charakterisieren. HierfĂŒr sollte zunĂ€chst geklĂ€rt werden, welche DomĂ€nen von pUL34 fĂŒr dessen korrekte Lokalisierung in der Kernmembran und der Interaktion mit dem Komplexpartner pUL31 notwendig sind. Dazu wurden chimĂ€re Proteine aus Teilen des pUL34 und zellulĂ€ren Proteinen der inneren Kernmembran hergestellt. Die Ergebnisse zeigten, dass die pUL34-TransmembrandomĂ€ne keine virusspezifische Funktion besitzt und durch entsprechende Bereiche zellulĂ€rer Proteine ausgetauscht werden kann. Auch die Erweiterung der Substitution auf 50 C-terminale AminosĂ€uren fĂŒhrte zu einem funktionellen Protein, wĂ€hrend ein Konstrukt mit einem Austausch von 100 C-terminalen AminosĂ€uren durch entsprechende Lap2Ă Sequenzen den Defekt der PrV-deltaUL34-Deletionsmutante nicht mehr komplementieren konnte. Dennoch war noch immer eine Interaktion mit dem Komplexpartner möglich. Dies zeigte, dass zwischen den C-terminalen AminosĂ€uren 50 und 100 ein virusspezifischer, funktionell wichtiger Bereich liegt, der in nachfolgenden Arbeiten weiter eingegrenzt werden muss. In frĂŒheren Arbeiten konnte gezeigt werden, dass die AminosĂ€uren 1-162 des PrV pUL34 fĂŒr die Interaktion mit pUL31 ausreichen. FĂŒr das engverwandte HSV-1 konnte dieser Bereich jedoch auf die AminosĂ€uren 137 und 181 eingegrenzt werden. Um dies fĂŒr PrV pUL34 nĂ€her zu untersuchen wurde das Konstrukt pUL34-LapNT hergestellt, bei dem die 100 N-terminalen AminosĂ€uren durch Lap2Ă Sequenzen ersetzt wurden. Hier zeigte sich jedoch, dass pUL34-LapNT das pUL31 nicht mehr an die innere Kernmembran rekrutieren konnte und folglich den Defekt der PrV-delta UL34-Deletionsmutante nicht mehr komplementierte. Im Gegensatz zu HSV-1 scheinen hier auch die N-terminalen 100 AminosĂ€uren fĂŒr die Interaktion mit pUL31 notwendig zu sein. Da die Expression von pUL34 und pUL31 allein ausreicht, um die Bildung von Membranvesikeln von der inneren Kernmembran abzuschnĂŒren, sollte im Weiteren getestet werden, ob auch Kapside in diese Vesikel aufgenommen werden. Da bei Herpesviren die Kapside autokatalytisch gebildet werden und dies bereits fĂŒr einige Herpesviren ĂŒber Expression in rekombinanten Baculoviren nachgestellt werden konnte, sollte versucht werden, dies auch fĂŒr PrV zu etablieren. Dabei sollte die Kapsidbildung ĂŒber Transduktion in SĂ€ugerzellen unabhĂ€ngig von einer PrV Infektion nachgestellt werden. Hierbei sollte geklĂ€rt werden, welche weiteren viralen Proteine, neben den eigentlichen Kapsidproteinen, wie z.B. das pUL17 und pUL25, fĂŒr den nuclear egress notwendig sind. Obwohl alle Kapsidkomponenten kloniert und auch in Zellen exprimiert werden konnten, konnte keine Kapsidbildung nachgewiesen werden. Die Ursachen hierfĂŒr konnten nicht geklĂ€rt werden. AuffĂ€llig war, dass das Triplexprotein pUL38 in den Baculovirus-transduzierten Zelllysaten ein etwas anderes Laufverhalten als das in Zelllysaten PrV-infizierter Zellen aufwies, dessen Ursache nicht auf der Verwendung eines downstream lokalisierten Startkodons beruhte. Mit Hilfe dieser rekombinanten Baculovirusvektoren konnte jedoch gezeigt werden, dass das Hauptkapsidprotein pUL19 mit dem GerĂŒstprotein (pUL26 bzw. pUL26.5) und die Triplexproteine pUL18 und pUL38 gemeinsam in den Kern transportiert werden. Die Beteiligung zellulĂ€rer Proteine am nuclear egress sollte ĂŒber siRNA Experimente untersucht werden. In einer vorangegangen Arbeit war gezeigt worden, dass p97, eine zellulĂ€re AAA+ATPase, nach Infektion vermehrt exprimiert wurde. Ziel war es, die p97 Expression ĂŒber siRNA zu reduzieren und den Effekt auf die Virusinfektion zu untersuchen. Eine erfolgreiche siRNA Studie war bereits fĂŒr p97 in Rattenzellen publiziert und sollte hier angewandt werden. Leider waren die zur VerfĂŒgung stehenden Rattenzelllinien nur sehr ineffizient transfizierbar und zusĂ€tzlich auch schlecht mit PrV infizierbar. Das eigene Design und die Anwendung von p97 spezifischer siRNA fĂŒr Kaninchenzellen zeigte zwar die gewĂŒnschte Reduktion der p97 Expression, war jedoch nur sehr schlecht reproduzierbar und konnte daher nicht fĂŒr aussagekrĂ€ftige Infektionsversuche verwendet werden.